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- PDB-8p01: Crystal structure of human STING ectodomain in complex with BI 74... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p01
タイトルCrystal structure of human STING ectodomain in complex with BI 7446, a potent cyclic dinucleotide STING agonist with broad-spectrum variant activity for the treatment of cancer
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / agonist / complex / innate immune response
機能・相同性
機能・相同性情報


STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / STING mediated induction of host immune responses / serine/threonine protein kinase complex / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / cGAS/STING signaling pathway ...STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / STING mediated induction of host immune responses / serine/threonine protein kinase complex / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / cGAS/STING signaling pathway / proton channel activity / pattern recognition receptor signaling pathway / reticulophagy / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / protein complex oligomerization / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to interferon-beta / positive regulation of defense response to virus by host / signaling adaptor activity / antiviral innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / activation of innate immune response / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of interferon-beta production / autophagosome / cytoplasmic vesicle membrane / secretory granule membrane / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / peroxisome / regulation of inflammatory response / defense response to virus / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / cilium / ciliary basal body / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / STING transmembrane domain / : / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-W78 / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.094 Å
データ登録者Nar, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of BI 7446: A Potent Cyclic Dinucleotide STING Agonist with Broad-Spectrum Variant Activity for the Treatment of Cancer.
著者: Kuttruff, C.A. / Fleck, M. / Carotta, S. / Arnhof, H. / Bretschneider, T. / Dahmann, G. / Gremel, G. / Grube, A. / Handschuh, S. / Heimann, A. / Hofmann, M.H. / Impagnatiello, M.A. / Nar, H. ...著者: Kuttruff, C.A. / Fleck, M. / Carotta, S. / Arnhof, H. / Bretschneider, T. / Dahmann, G. / Gremel, G. / Grube, A. / Handschuh, S. / Heimann, A. / Hofmann, M.H. / Impagnatiello, M.A. / Nar, H. / Rast, G. / Schaaf, O. / Schmidt, E. / Oost, T.
履歴
登録2023年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0372
ポリマ－28,3441
非ポリマー6941
水54030
1
A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子

A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0754
ポリマ－56,6882
非ポリマー1,3872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_654-x+1,y,-z-11
Buried area4340 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area16050 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)89.698, 77.593, 35.975
Angle α, β, γ (deg.)90, 98.08, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon genes protein / hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / ...hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / Transmembrane protein 173


分子量: 28343.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING1, ERIS, MITA, STING, TMEM173 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86WV6
#2: 化合物 ChemComp-W78 / 3-[(1~{R},3~{R},6~{R},8~{R},9~{R},10~{R},12~{R},15~{R},17~{R},18~{R})-8-(6-aminopurin-9-yl)-9-fluoranyl-18-oxidanyl-3,12-bis(oxidanylidene)-3,12-bis(sulfanyl)-2,4,7,11,13,16-hexaoxa-3$l^{5},12$l^{5}-diphosphatricyclo[13.2.1.0^{6,10}]octadecan-17-yl]-6~{H}-imidazo[4,5-d]pyridazin-7-one


分子量: 693.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22FN9O10P2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% polyethelene glycol 3350, 200mM tri-sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.094→58.43 Å / Num. obs: 9077 / % possible obs: 62.8 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.094→2.332 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.288 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 452 / Rsym value: 1.288 / % possible all: 11.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROCデータ削減
XDSMay 1, 2016データ削減
autoPROC1.1.7データスケーリング
Aimlessデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.094→58.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.405 / SU Rfree Blow DPI: 0.256
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2623 422 -RANDOM
Rwork0.2401 ---
obs0.2411 9077 62.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 76.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.0753 Å20 Å23.591 Å2
2--4.2326 Å20 Å2
3---0.8427 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.094→58.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1465 0 44 30 1539
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0073002HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.895395HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d918SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes484HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1543HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion197SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2380SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.57
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.18
LS精密化 シェル解像度: 2.094→2.33 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3106 18 -
Rwork0.323 --
obs--11.05 %
精密化 TLSOrigin x: 34.3792 Å / Origin y: 4.4731 Å / Origin z: -18.5045 Å
111213212223313233
T-0.1578 Å2-0.0425 Å20.0523 Å2-0.0534 Å2-0.0892 Å2--0.0591 Å2
L4.5359 °2-0.9567 °20.0378 °2-5.9104 °20.5755 °2--3.0415 °2
S0.098 Å °-0.2392 Å °0.2367 Å °-0.2392 Å °-0.1168 Å °-0.5097 Å °0.2367 Å °-0.5097 Å °0.0188 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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