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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ozv | ||||||
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タイトル | Imine Reductase from Ajellomyces dermatitidis in complex with 2,2-difluoroacetophenone | ||||||
![]() | Oxidoreductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Imine reductase / Amine / Dehydrogenase / NADP | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sharma, M. / Grogan, G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the imine reductase from Ajellomyces dermatitidis in three crystal forms. 著者: Sharma, M. / Cuetos, A. / Willliams, A. / Gonzalez-Martinez, D. / Grogan, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ozwC ![]() 8p2jC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30128.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NDP / |
#3: 化合物 | ChemComp-W65 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.17 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 100 mM PO4 buffer pH 8.6; 0.2 M MgCl2; 20% (w/v) PEG 3350; 2M NADP+; 10 mM ligand |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.52→42.22 Å / Num. obs: 55313 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 10.3 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rpim(I) all: 0.014 / Net I/σ(I): 52.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.52→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 24 / Num. unique obs: 2742 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.03 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.842 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.52→42.22 Å
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拘束条件 |
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