PDB-8oz3: Crystal structure of scFv ATOR 1017 bound to human 4-1BB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oz3

タイトル

Crystal structure of scFv ATOR 1017 bound to human 4-1BB

要素

(Single chain Fv) x 2
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

キーワード

IMMUNE SYSTEM / complex / single chain Fv / tumor necrosis factor

機能・相同性

機能・相同性情報

TNFs bind their physiological receptors / regulation of immature T cell proliferation in thymus / signaling receptor activity / regulation of cell population proliferation / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Hakansson, M. / Von Schantz, L. / Rose, N.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Cancer Immunol.Immunother. / 年: 2023
タイトル: ATOR-1017 (evunzekibart), an Fc-gamma receptor conditional 4-1BB agonist designed for optimal safety and efficacy, activates exhausted T cells in combination with anti-PD-1.
著者: Enell Smith, K. / Fritzell, S. / Nilsson, A. / Barchan, K. / Rosen, A. / Schultz, L. / Varas, L. / Sall, A. / Rose, N. / Hakansson, M. / von Schantz, L. / Ellmark, P.

履歴

登録	2023年5月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oz3.cif.gz	696.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oz3.ent.gz	452.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oz3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8oz3_validation.pdf.gz	473.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oz3_full_validation.pdf.gz	485.7 KB	表示
XML形式データ	8oz3_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	8oz3_validation.cif.gz	36.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/8oz3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/8oz3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (5) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (5)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Single chain Fv

B: Single chain Fv

C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

H: Single chain Fv

L: Single chain Fv

126 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Single chain Fv

B: Single chain Fv

C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
63.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

H: Single chain Fv

L: Single chain Fv

登録者が定義した集合体
63.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.923, 125.214, 128.785
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	A	2 - 117
2	1	1	A	2 - 117
3	2	2	A	2 - 110
4	2	2	A	2 - 110
5	3	3	A	26 - 161
6	3	3	A	26 - 161

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: 抗体	Single chain Fv 分子量: 24449.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Single chain Fv 分子量: 23603.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 / 4-1BB ligand receptor / CDw137 / T-cell antigen 4-1BB homolog / T-cell antigen ILA 分子量: 15118.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF9, CD137, ILA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07011
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 1.1 M sodium/potassium tartrate and 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.992 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.992 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→89.8 Å / Num. obs: 18851 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 3.1→3.31 Å / Num. unique obs: 3345 / CC_1/2: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
autoXDS		データ削減
autoXDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→89.776 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / WR_factor R_free: 0.312 / WR_factor R_work: 0.201 / SU B: 66.285 / SU ML: 0.456 / Average fsc free: 0.9089 / Average fsc work: 0.9377 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.472 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2708	915	4.865 %	RANDOM
R_work	0.2047	17894	-	-
all	0.208	-	-	-
obs	-	18809	99.942 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 130.402 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.3 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	13.769 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.469 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→89.776 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5463	0	0	10	5473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.011	5601
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4998
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.332	1.646	7586
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.461	1.568	11579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.666	5	719
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.62	5	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.416	10	902
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.181	10	235
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	805
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6669
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	854
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.217	0.2	4683
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	2693
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	3080
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.137	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	9.145	9.689	2894
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	9.144	9.689	2894
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	13.319	17.448	3607
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	13.317	17.447	3608
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.502	10.348	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	10.5	10.348	2708
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	15.127	18.803	3979
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	15.126	18.801	3980
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	18.577	120.773	22311
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	18.577	120.771	22312
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.085	0.05	3557
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.139	0.05	3254
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.159	0.05	3708

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08524	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08524	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13892	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13892	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15905	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15905	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.1-3.18	0.445	64	0.405	1274	0.407	1338	0.788	0.851	100	0.411
3.18-3.267	0.466	51	0.374	1292	0.378	1343	0.747	0.854	100	0.369
3.267-3.362	0.379	51	0.359	1214	0.359	1265	0.832	0.853	100	0.349
3.362-3.465	0.312	76	0.342	1206	0.34	1283	0.873	0.868	99.9221	0.335
3.465-3.579	0.373	64	0.285	1175	0.289	1239	0.853	0.914	100	0.276
3.579-3.704	0.321	69	0.27	1089	0.273	1159	0.903	0.933	99.9137	0.263
3.704-3.844	0.258	56	0.203	1100	0.206	1157	0.946	0.966	99.9136	0.191
3.844-4	0.237	45	0.19	1052	0.191	1099	0.961	0.976	99.818	0.18
4-4.178	0.229	59	0.169	1011	0.173	1070	0.971	0.98	100	0.163
4.178-4.381	0.215	38	0.167	972	0.169	1012	0.964	0.981	99.8024	0.16
4.381-4.618	0.201	58	0.152	918	0.155	976	0.971	0.984	100	0.147
4.618-4.897	0.179	43	0.132	867	0.135	911	0.977	0.987	99.8902	0.128
4.897-5.234	0.19	28	0.142	847	0.144	875	0.973	0.987	100	0.141
5.234-5.652	0.266	43	0.179	775	0.183	819	0.951	0.979	99.8779	0.179
5.652-6.189	0.196	33	0.17	720	0.172	753	0.968	0.984	100	0.17
6.189-6.915	0.266	26	0.196	658	0.199	684	0.96	0.978	100	0.199
6.915-7.977	0.286	29	0.191	589	0.195	618	0.953	0.974	100	0.195
7.977-9.751	0.226	27	0.17	495	0.172	522	0.967	0.982	100	0.185
9.751-13.709	0.208	32	0.206	398	0.206	430	0.975	0.982	100	0.219
13.709-89.776	0.523	23	0.288	242	0.308	267	0.822	0.945	99.2509	0.395

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0783	0.1218	1.0203	4.996	-2.785	2.8389	-0.3979	-0.2685	0.8952	0.0315	0.2119	0.1539	-0.7005	0.1915	0.1861	0.4793	-0.1785	0.0513	0.1859	-0.0819	0.5249	-37.4152	-16.6811	-10.3733
2	6.379	1.6863	-0.8005	3.4216	-1.892	2.4194	0.1062	-1.153	-0.5711	0.3912	-0.0416	0.0907	0.0531	-0.3545	-0.0646	0.1478	-0.1144	0.0486	0.53	-0.0301	0.2376	-39.9286	-35.4257	1.688
3	1.464	-1.1834	-3.0265	1.4628	2.7168	7.2394	-0.0796	0.0392	-0.2601	-0.042	-0.1667	0.1317	-0.0605	0.0047	0.2462	0.138	-0.091	-0.0364	0.2766	0.0235	0.3241	-20.9362	-27.2217	14.6097
4	1.3914	-2.4154	1.1367	6.931	-3.731	2.068	-0.1905	-0.1006	0.1458	0.173	0.0988	-0.1778	-0.0968	-0.0386	0.0916	0.2704	-0.0168	-0.0184	0.0621	-0.0303	0.3758	9.7547	12.0304	27.269
5	5.4104	0.8783	0.3054	4.4725	-0.1704	6.2794	-0.1331	0.4236	0.046	-0.4122	0.1126	-0.3248	-0.0872	-0.0182	0.0205	0.0542	-0.0083	0.0008	0.036	-0.0107	0.0815	-8.5534	-13.4916	18.7741
6	5.808	-0.3759	-2.3967	2.6206	0.5652	4.3474	0.2022	-0.781	0.7775	0.2949	-0.0726	0.549	-0.4914	-0.4108	-0.1296	0.1625	0.0472	0.0091	0.2673	-0.1433	0.4216	-11.0689	-0.2891	36.5504

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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