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万見
- PDB-8oyv: De novo designed Claudin fold CLF_4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oyv
タイトルDe novo designed Claudin fold CLF_4
要素De novo designed soluble Claudin
キーワードDE NOVO PROTEIN / claudin / solubilized / de novo designed
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Pacesa, M. / Correia, B.E.
資金援助 スイス, European Union, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
European Research Council (ERC)716058European Union
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Computational design of soluble and functional membrane protein analogues.
著者: Casper A Goverde / Martin Pacesa / Nicolas Goldbach / Lars J Dornfeld / Petra E M Balbi / Sandrine Georgeon / Stéphane Rosset / Srajan Kapoor / Jagrity Choudhury / Justas Dauparas / ...著者: Casper A Goverde / Martin Pacesa / Nicolas Goldbach / Lars J Dornfeld / Petra E M Balbi / Sandrine Georgeon / Stéphane Rosset / Srajan Kapoor / Jagrity Choudhury / Justas Dauparas / Christian Schellhaas / Simon Kozlov / David Baker / Sergey Ovchinnikov / Alex J Vecchio / Bruno E Correia /
要旨: De novo design of complex protein folds using solely computational means remains a substantial challenge. Here we use a robust deep learning pipeline to design complex folds and soluble analogues of ...De novo design of complex protein folds using solely computational means remains a substantial challenge. Here we use a robust deep learning pipeline to design complex folds and soluble analogues of integral membrane proteins. Unique membrane topologies, such as those from G-protein-coupled receptors, are not found in the soluble proteome, and we demonstrate that their structural features can be recapitulated in solution. Biophysical analyses demonstrate the high thermal stability of the designs, and experimental structures show remarkable design accuracy. The soluble analogues were functionalized with native structural motifs, as a proof of concept for bringing membrane protein functions to the soluble proteome, potentially enabling new approaches in drug discovery. In summary, we have designed complex protein topologies and enriched them with functionalities from membrane proteins, with high experimental success rates, leading to a de facto expansion of the functional soluble fold space.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Computational design of soluble functional analogues of integral membrane proteins.
著者: Goverde, C.A. / Pacesa, M. / Goldbach, N. / Dornfeld, L.J. / Balbi, P.E.M. / Georgeon, S. / Rosset, S. / Kapoor, S. / Choudhury, J. / Dauparas, J. / Schellhaas, C. / Kozlov, S. / Baker, D. / ...著者: Goverde, C.A. / Pacesa, M. / Goldbach, N. / Dornfeld, L.J. / Balbi, P.E.M. / Georgeon, S. / Rosset, S. / Kapoor, S. / Choudhury, J. / Dauparas, J. / Schellhaas, C. / Kozlov, S. / Baker, D. / Ovchinnikov, S. / Vecchio, A.J. / Correia, B.E.
履歴
登録2023年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年8月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De novo designed soluble Claudin
B: De novo designed soluble Claudin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4212
ポリマ－45,4212
非ポリマー00
水181
1
A: De novo designed soluble Claudin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7111
ポリマ－22,7111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: De novo designed soluble Claudin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7111
ポリマ－22,7111
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.560, 50.770, 54.930
Angle α, β, γ (deg.)107.610, 90.490, 90.060
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 101 or resid 108 through 186))
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLUASNA2 - 101
d_12ens_1SERGLYA103 - 181
d_21ens_1GLUGLYB1 - 179

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.999966831339, 0.000295780047617, 0.00813933265649), (0.000317636741611, -0.9999963472, -0.00268415603045), (0.00813850900534, 0.00268665235169, -0.999963272611) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.999966831339, 0.000295780047617, 0.00813933265649), (0.000317636741611, -0.9999963472, -0.00268415603045), (0.00813850900534, 0.00268665235169, -0.999963272611)
ベクター: -17.6814855045, -3.03858385237, 28.7760689496)

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要素

#1: タンパク質 De novo designed soluble Claudin


分子量: 22710.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.89 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5, 0.1 M Sodium/Potassium phosphate pH 5.5, 0.1M Rubidium Chloride, 25% v/v PEG smear medium

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→52.35 Å / Num. obs: 8007 / % possible obs: 88.03 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 77.62 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1069 / Net I/σ(I): 6.34
反射 シェル解像度: 2.795→2.895 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 1.588 / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / Num. unique obs: 858 / CC1/2: 0.437 / % possible all: 95.12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.79→52.35 Å / SU ML: 0.458 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 42.9096
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3176 367 4.6 %
Rwork0.2725 7614 -
obs0.2744 7981 88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 97.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→52.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2950 0 0 1 2951
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47713992
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0364460
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036508
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.33211206
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.423568396936 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.79-3.20.44281530.39662738X-RAY DIFFRACTION95.76
3.2-4.030.4034950.3292158X-RAY DIFFRACTION74.78
4.03-52.350.26111190.2312718X-RAY DIFFRACTION93.45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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