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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oyf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ASBTNM in lipidic cubic phase without substrate bound | ||||||
要素 | Transporter運搬体タンパク質 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Secondary Membrane Transporter | ||||||
機能・相同性 | Bile acid:sodium symporter/arsenical resistance protein Acr3 / Bile acid:sodium symporter / Sodium Bile acid symporter family / Sodium/solute symporter superfamily / 生体膜 / NICKEL (II) ION / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / ホスファチジルエタノールアミン / 運搬体タンパク質 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Becker, P. / Cameron, A.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023 タイトル: Mechanism of substrate binding and transport in BASS transporters. 著者: Becker, P. / Naughton, F.B. / Brotherton, D.H. / Pacheco-Gomez, R. / Beckstein, O. / Cameron, A.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8oyf.cif.gz | 227.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8oyf.ent.gz | 150.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8oyf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/8oyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/8oyf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8oygC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 33836.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌) 遺伝子: NMB0705 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K0A9 |
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-非ポリマー , 6種, 43分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PTY / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NI / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7 詳細: 0.1M Sodium Chloride, 0.1M Hepes pH 7.0, 30% PEG 300 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→59 Å / Num. obs: 20744 / % possible obs: 99.37 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 30.01 Å2 / CC1/2: 0.957 / CC star: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.1356 / Rpim(I) all: 0.05402 / Rrim(I) all: 0.1467 / Net I/σ(I): 6.68 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.8541 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique obs: 14741 / CC1/2: 0.658 / CC star: 0.891 / Rpim(I) all: 0.3315 / Rrim(I) all: 0.9198 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→58.96 Å / SU ML: 0.2151 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.3578 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→58.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 3.36249657173 Å / Origin y: -9.71381233022 Å / Origin z: -19.890386443 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |