PDB-8oy0: ATP phosphoribosyltransferase (HisZG ATPPRT) from Acinetobacter b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oy0

タイトル

ATP phosphoribosyltransferase (HisZG ATPPRT) from Acinetobacter baumanii

要素

ATP phosphoribosyltransferase
ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit

キーワード

TRANSFERASE / ATPPRT / HisZG / histidine / biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase activity / L-histidine biosynthetic process / glycosyltransferase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii ATCC 17978 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Alphey, M.S. / Read, B. / da Silva, R.G.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Crystal Structure, Steady-State, and Pre-Steady-State Kinetics of Acinetobacter baumannii ATP Phosphoribosyltransferase.
著者: Read, B.J. / Cadzow, A.F. / Alphey, M.S. / Mitchell, J.B.O. / da Silva, R.G.

履歴

登録	2023年5月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oy0.cif.gz	892.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oy0.ent.gz	746 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oy0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8oy0_validation.pdf.gz	490.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oy0_full_validation.pdf.gz	501 KB	表示
XML形式データ	8oy0_validation.xml.gz	76.6 KB	表示
CIF形式データ	8oy0_validation.cif.gz	105.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/8oy0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/8oy0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit

B: ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit

C: ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit

D: ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit

E: ATP phosphoribosyltransferase

F: ATP phosphoribosyltransferase

G: ATP phosphoribosyltransferase

H: ATP phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

273 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.271, 172.821, 98.109
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit 分子量: 42960.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The initial Gly remains after cleavage of a purification tag 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii ATCC 17978 (バクテリア) 遺伝子: hisZ / プラスミド: pJexpress414 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059ZNW9
#2: タンパク質	ATP phosphoribosyltransferase 分子量: 25170.256 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The initial Gly remains after cleavage of a purification tag 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii ATCC 17978 (バクテリア) 遺伝子: hisG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V5VGC6
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M sodium nitrate, 0.1M bis-Tris propane pH 8.5, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2021年1月27日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30.82 Å / Num. obs: 99446 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.135 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 631956
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / % possible obs: 80.6 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 1.045 / Num. measured all: 19967 / Num. unique obs: 4130 / CC_1/2: 0.618 / R_pim(I) all: 0.498 / R_rim(I) all: 1.164 / Χ²: 0.86 / Net I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
Aimless		データスケーリング
iMOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→30.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 23.636 / SU ML: 0.252 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.548 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26424	5033	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23826	-	-	-
obs	0.23959	94223	95.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.623 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.25 Å²	0 Å²	-0.38 Å²
2-	-	0.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→30.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17980	0	10	257	18247

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	18289
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	17671
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.931	1.642	24829
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.324	1.569	40495
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.482	5	2318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.366	5	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.753	10	3032
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.045	0.2	2903
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	21420
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4020
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.996	2.111	9359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.996	2.111	9359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.72	3.786	11648
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.72	3.786	11649
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.025	2.198	8930
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.025	2.198	8931
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.764	4.008	13182
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.551	19.38	19622
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.551	19.38	19623
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	315	-
R_work	0.315	5904	-
obs	-	-	81.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.073	-0.1534	0.1469	1.4979	-0.0138	0.7149	-0.1455	-0.1641	0.1114	0.3859	0.1259	0.119	-0.101	-0.2867	0.0196	0.2278	0.0801	0.0267	0.133	-0.0095	0.3098	5.044	83.154	50.965
2	0.8099	0.1095	0.1122	1.3226	0.275	1.0351	-0.0902	0.0946	-0.2301	0.1614	0.1474	-0.5357	0.2672	0.096	-0.0573	0.2039	0.0341	-0.0721	0.0326	-0.0531	0.5286	28.996	65.685	44.706
3	0.908	-0.1292	-0.0113	0.9127	0.3335	0.8128	-0.1277	0.0457	0.2439	-0.1722	0.1545	-0.2849	-0.1963	0.0664	-0.0268	0.2272	-0.0537	0.0625	0.0499	0.0334	0.4419	29.512	101.922	6.668
4	0.9969	0.1505	-0.0982	1.3766	-0.1073	0.9295	-0.1794	0.2764	-0.1252	-0.3866	0.1313	0.172	0.1048	-0.276	0.0481	0.2833	-0.099	-0.0064	0.1537	0.0054	0.3243	6.131	82.918	-1.163
5	0.8288	-0.0213	-0.4365	0.879	-0.2512	4.2825	-0.073	-0.0714	0.2407	0.2091	0.0004	0.0045	-0.4448	0.0295	0.0726	0.267	0.1112	-0.0241	0.0714	-0.0179	0.4277	4.357	115.427	42.503
6	1.3189	0.3354	-0.2777	2.8692	-1.6124	2.5163	0.0395	-0.0502	0.3884	0.3383	0.0787	-0.0045	-0.4364	-0.0095	-0.1182	0.2285	0.0335	-0.051	0.0139	-0.0673	0.5808	28.816	118.874	35.293
7	0.8037	-0.3301	-0.2145	2.9292	-1.7369	3.1988	-0.1189	0.1911	-0.2415	-0.4966	0.0838	-0.1908	0.7421	0.0866	0.0351	0.3473	-0.0189	0.1121	0.0879	-0.1333	0.5135	31.411	48.288	15.821
8	0.6858	-0.1224	0.4662	0.8901	0.1895	4.8777	-0.0328	0.1595	-0.2486	-0.1727	0.0446	0.0483	0.3411	0.122	-0.0118	0.3169	-0.1531	0.0255	0.1137	-0.0676	0.4045	6.826	50.585	7.502

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 389
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 386
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	5 - 389
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	5 - 389
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	5 - 226
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	8 - 225
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	8 - 225
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	8 - 226

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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