PDB-8oxg: Crystal structure of human methionine aminopeptidase-2 complexed ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oxg

タイトル

Crystal structure of human methionine aminopeptidase-2 complexed with (3R,4S,5S,6R)-5-methoxy-4-[(2R,3R)-2-methyl-3-(3-methyl-2-buten-1-yl)-2-oxiranyl]-1-oxaspiro[2.5]oct-6-yl N-(trans-4-aminocyclohexyl)carbamate

要素

Methionine aminopeptidase 2

キーワード

HYDROLASE / Aminopeptidase Hydrolase Inhibitor Protease Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / methionyl aminopeptidase / initiator methionyl aminopeptidase activity / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / protein processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.731 Å

データ登録者

Moss, S. / Cornelius, P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2024
タイトル: Pharmacological Characterization of SDX-7320/Evexomostat: A Novel Methionine Aminopeptidase Type 2 Inhibitor with Anti-tumor and Anti-metastatic Activity.
著者: Cornelius, P. / Mayes, B.A. / Petersen, J.S. / Turnquist, D.J. / Dufour, P.J. / Dannenberg, A.J. / Shanahan, J.M. / Carver, B.J.

履歴

登録	2023年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oxg.cif.gz	310.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oxg.ent.gz	243.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oxg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/8oxg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/8oxg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methionine aminopeptidase 2

B: Methionine aminopeptidase 2

ヘテロ分子

87.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.050, 101.127, 83.737
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.755, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Methionine aminopeptidase 2 / MAP 2 / MetAP 2 / Initiation factor 2-associated 67 kDa glycoprotein / p67 / p67eIF2 / Peptidase M 分子量: 43265.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METAP2, MNPEP, P67EIF2 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P50579, methionyl aminopeptidase
#2: 化合物	ChemComp-W5N / [(1~{R},2~{S},3~{S},4~{R})-2-methoxy-4-methyl-3-[(2~{R},3~{S})-2-methyl-3-(3-methylbut-2-enyl)oxiran-2-yl]-4-oxidanyl-cyclohexyl] ~{N}-(4-azanylcyclohexyl)carbamate / (3R,4S,5S,6R)-5-methoxy-4-[(2R,3R)-2-methyl-3-(3-methyl-2-buten-1-yl)-2-oxiranyl]-1-oxaspiro[2.5]oct-6-yl N-(trans-4-aminocyclohexyl)carbamate 分子量: 424.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₄₀N₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→44.84 Å / Num. obs: 101909 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 1.288 / Num. unique obs: 4621 / CC_1/2: 0.649 / R_pim(I) all: 0.866 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.731→44.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.604 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.098 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.215	5131	5.038 %
R_work	0.1811	96709	-
all	0.183	-	-
obs	-	101840	99.836 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.255 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.949 Å²	-0 Å²	0.841 Å²
2-	-	-1.827 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.319 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.731→44.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5779	0	64	568	6411

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	5994
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	5442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.13	1.651	8138
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.739	1.559	12744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.169	5	743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	18.512	9.5	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	6.07	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.94	10	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.142	10	272
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.132	0.2	899
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	6803
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	5003
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2885
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	441
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.034	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.174	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.238	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.558	2.917	2960
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.558	2.917	2960
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.488	4.358	3701
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.488	4.358	3702
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.459	3.259	3034
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.458	3.259	3035
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.048	4.737	4429
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.048	4.737	4430
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.442	42.618	6685
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.373	40.471	6552

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.731-1.775	0.491	365	0.506	7088	X-RAY DIFFRACTION	98.8068
1.775-1.824	0.384	389	0.404	6907	X-RAY DIFFRACTION	99.8631
1.824-1.877	0.323	342	0.291	6735	X-RAY DIFFRACTION	99.9576
1.877-1.934	0.245	321	0.227	6591	X-RAY DIFFRACTION	100
1.934-1.998	0.247	309	0.195	6414	X-RAY DIFFRACTION	100
1.998-2.068	0.214	325	0.183	6131	X-RAY DIFFRACTION	99.9845
2.068-2.146	0.239	298	0.185	5961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.146-2.233	0.229	319	0.179	5745	X-RAY DIFFRACTION	99.967
2.233-2.332	0.223	288	0.18	5474	X-RAY DIFFRACTION	99.948
2.332-2.445	0.197	285	0.168	5250	X-RAY DIFFRACTION	99.8737
2.445-2.577	0.217	270	0.166	4985	X-RAY DIFFRACTION	99.9049
2.577-2.733	0.215	242	0.172	4726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.733-2.921	0.2	215	0.159	4478	X-RAY DIFFRACTION	99.8936
2.921-3.154	0.22	252	0.173	4116	X-RAY DIFFRACTION	99.9771
3.154-3.453	0.208	207	0.176	3817	X-RAY DIFFRACTION	99.9255
3.453-3.858	0.189	203	0.162	3442	X-RAY DIFFRACTION	99.8357
3.858-4.449	0.171	201	0.134	3015	X-RAY DIFFRACTION	100
4.449-5.436	0.173	126	0.146	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.9273
5.436-7.632	0.205	114	0.164	2024	X-RAY DIFFRACTION	100
7.632-44.84	0.185	60	0.184	1171	X-RAY DIFFRACTION	99.6761

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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