PDB-8ovs: Crystal structure of YeGT glycosyltransferase with bound UDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ovs

タイトル

Crystal structure of YeGT glycosyltransferase with bound UDP

要素

YeGT glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferase / effector protein / nucleotide binding protein

機能・相同性

ACETATE ION / : / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.123 Å

データ登録者

Wirth, C. / Hunte, C.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Tyrosine-modifying glycosylation by Yersinia effectors.
著者: Schneider, S. / Wirth, C. / Jank, T. / Hunte, C. / Aktories, K.

履歴

登録	2023年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ovs.cif.gz	271.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ovs.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ovs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ovs_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ovs_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	8ovs_validation.xml.gz	31.6 KB	表示
CIF形式データ	8ovs_validation.cif.gz	50 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ovtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: YeGT glycosyltransferase

BBB: YeGT glycosyltransferase

ヘテロ分子

71.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: YeGT glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, gel filtration experiment suggest YeGT is monomeric in solution
36 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: YeGT glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.130, 114.546, 69.376
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 89.987, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	YeGT glycosyltransferase 分子量: 33958.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) 株: Y2wildboar1B / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 910分子

#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 871 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM HEPES pH 7.5, 500mM sodium acetate, 50mM cadmium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5343
pseudo-merohedral	2	2	-h,-k,l	2	0.4657

反射

解像度: 1.12→47.13 Å / Num. obs: 213705 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 30.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.132 / R_pim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 18

反射シェル

解像度: 1.12→1.22 Å / 冗長度: 18.4 % / R_merge(I) obs: 2.038 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 10686 / CC_1/2: 0.39 / R_pim(I) all: 0.479

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MxCuBE		データ収集
autoPROC		data processing
PHASER		位相決定
STARANISO		データスケーリング
Coot		モデル構築
autoPROC		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.123→47.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 0.797 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.008 / ESU R Free: 0.007
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions during refinement. Twin refinement was used with a twin fraction of 0.466 for -h, -k, l as determined by Refmac.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1685	10763	5.037 %
R_work	0.1533	202936	-
all	0.154	-	-
obs	-	213699	76.61 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.643 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.967 Å²	-0 Å²	-0.612 Å²
2-	-	13.568 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.601 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.123→47.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4369	0	132	871	5372

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	4816
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.016	4560
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.196	1.654	6401
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.231	1.589	10517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.678	5	593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.982	23.167	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.238	15	843
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	18.238	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.08	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	611
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	975
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.167	0.2	4193
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	2310
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	673
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.058	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.117	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.143	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.12	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.094	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.058	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.832	1.645	2287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.829	1.645	2285
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.157	2.472	2878
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.156	2.472	2879
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.036	1.8	2529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.96	1.788	2487
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.146	2.61	3514
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.146	2.61	3515
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.748	22.019	5837
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.046	20.435	5546
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.714	3	9376

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.123-1.152	0.705	61	0.79	1238	X-RAY DIFFRACTION	6.3089
1.152-1.184	0.532	143	0.6	2930	X-RAY DIFFRACTION	15.316
1.184-1.218	0.643	325	0.509	5689	X-RAY DIFFRACTION	30.8142
1.218-1.256	0.449	553	0.412	9757	X-RAY DIFFRACTION	54.3432
1.256-1.297	0.314	647	0.297	13038	X-RAY DIFFRACTION	74.6509
1.297-1.342	0.287	805	0.246	15291	X-RAY DIFFRACTION	90.3001
1.342-1.393	0.249	865	0.214	16045	X-RAY DIFFRACTION	98.3368
1.393-1.45	0.196	815	0.179	15566	X-RAY DIFFRACTION	99.4294
1.45-1.514	0.167	829	0.139	15025	X-RAY DIFFRACTION	99.8614
1.514-1.588	0.14	758	0.125	14368	X-RAY DIFFRACTION	99.9537
1.588-1.674	0.147	679	0.129	13754	X-RAY DIFFRACTION	99.9723
1.674-1.775	0.151	681	0.13	12910	X-RAY DIFFRACTION	100.0221
1.775-1.898	0.151	621	0.136	12222	X-RAY DIFFRACTION	99.9844
1.898-2.05	0.157	616	0.139	11348	X-RAY DIFFRACTION	99.9499
2.05-2.245	0.145	570	0.136	10418	X-RAY DIFFRACTION	100.0091
2.245-2.51	0.144	519	0.139	9384	X-RAY DIFFRACTION	99.9899
2.51-2.897	0.155	458	0.147	8355	X-RAY DIFFRACTION	99.9887
2.897-3.547	0.167	344	0.144	7073	X-RAY DIFFRACTION	100.0135
3.547-5.01	0.136	287	0.129	5486	X-RAY DIFFRACTION	99.9827
5.01-47.13	0.173	187	0.16	3039	X-RAY DIFFRACTION	99.9071

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