PDB-8ovq: Crystal structure of Geodia cydonium sponge adhesion molecule lon...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ovq

タイトル

Crystal structure of Geodia cydonium sponge adhesion molecule long form (SAML).

要素

Cell recognition molecule, long form

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Ig-like / porifera / evolution

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Geodia cydonium (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Lopez-Sagaseta, J. / Urdiciain, A.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Unusual traits shape the architecture of the Ig ancestor molecule.
著者: Urdiciain, A. / Madej, T. / Wang, J. / Song, J. / Erausquin, E. / Youkharibache, P. / Lopez-Sagaseta, J.

履歴

登録	2023年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年4月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ovq.cif.gz	130.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ovq.ent.gz	76.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ovq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ovq_validation.pdf.gz	470.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ovq_full_validation.pdf.gz	471.7 KB	表示
XML形式データ	8ovq_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	8ovq_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qpxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (3) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (2) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (3)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (2)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#132 - 2010年12月
アデノウイルス (Adenovirus)
類似性 (2)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Cell recognition molecule, long form

ヘテロ分子

25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Gel filtration assays supports the monomeric state for this protein

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.080, 41.160, 77.801
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.009, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質

Cell recognition molecule, long form

分子量: 24394.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Remaining N-terminal GP motif from 3C site / 由来: (組換発現)

Geodia cydonium (無脊椎動物) / 遺伝子: crml
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9U965

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG4000, 0.2M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月18日
放射	モノクロメーター: Si(111) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→77.8 Å / Num. obs: 27255 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 20.56 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.088 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 1.61→1.64 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1358 / CC_1/2: 0.576 / Χ²: 1.03 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
XDS	BUILT=20220110	データ削減
XDS	0.7.9	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.61→38.931 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / WR_factor R_free: 0.197 / WR_factor R_work: 0.147 / SU B: 4.543 / SU ML: 0.067 / Average fsc free: 0.968 / Average fsc work: 0.9808 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.086 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2027	1317	4.835 %
R_work	0.1509	25920	-
all	0.153	-	-
obs	-	27237	99.431 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.475 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.307 Å²	0 Å²	0.021 Å²
2-	-	-1.084 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.391 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.61→38.931 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1493	0	75	137	1705

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.554	1.683	2214
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.554	1.561	3356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.359	5	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.539	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.247	10	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.996	10	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	321
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	778
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.123	0.2	842
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.207	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.225	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.293	3.028	842
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.289	3.028	842
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.199	5.403	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.199	5.407	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.052	3.206	780
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.046	3.188	777
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.763	5.774	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.75	5.744	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.387	36.991	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.386	36.988	1723
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.066	3	3068

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.61-1.652	0.287	90	0.251	1970	0.253	2066	0.941	0.949	99.7096	0.235
1.652-1.697	0.238	98	0.23	1818	0.231	1919	0.967	0.96	99.8437	0.209
1.697-1.746	0.295	92	0.199	1829	0.203	1922	0.935	0.971	99.948	0.174
1.746-1.8	0.261	88	0.188	1740	0.191	1833	0.956	0.975	99.7272	0.161
1.8-1.859	0.234	117	0.164	1662	0.169	1782	0.966	0.982	99.8316	0.141
1.859-1.924	0.203	86	0.141	1655	0.144	1744	0.972	0.987	99.828	0.119
1.924-1.996	0.189	75	0.124	1584	0.127	1661	0.98	0.991	99.8796	0.108
1.996-2.077	0.167	94	0.119	1543	0.122	1641	0.982	0.991	99.7562	0.107
2.077-2.169	0.197	59	0.114	1465	0.117	1527	0.978	0.992	99.8035	0.102
2.169-2.275	0.167	61	0.111	1412	0.113	1476	0.983	0.992	99.7967	0.102
2.275-2.398	0.18	58	0.116	1360	0.119	1425	0.975	0.991	99.5088	0.109
2.398-2.542	0.231	54	0.122	1280	0.126	1337	0.969	0.991	99.7756	0.117
2.542-2.717	0.178	55	0.125	1197	0.128	1254	0.982	0.991	99.8405	0.123
2.717-2.934	0.18	61	0.131	1125	0.134	1192	0.979	0.989	99.4966	0.133
2.934-3.212	0.213	56	0.149	983	0.152	1051	0.966	0.986	98.8582	0.154
3.212-3.588	0.226	56	0.151	927	0.155	999	0.965	0.987	98.3984	0.159
3.588-4.137	0.198	52	0.149	796	0.152	880	0.975	0.986	96.3636	0.165
4.137-5.053	0.146	31	0.142	687	0.142	736	0.986	0.987	97.5544	0.16
5.053-7.086	0.196	22	0.207	553	0.206	593	0.979	0.976	96.9646	0.233
7.086-38.931	0.356	12	0.25	334	0.252	354	0.946	0.953	97.7401	0.285

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