PDB-8ovo: X-ray structure of the SF-iGluSnFR-S72A in complex with L-aspartate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ovo

タイトル

X-ray structure of the SF-iGluSnFR-S72A in complex with L-aspartate

要素

Putative periplasmic binding transport protein,Green fluorescent protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / aspartate / genetically-encoded biosensor / iAspSnFR / GFP

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Tarnawski, M. / Hellweg, L. / Bergner, A. / Hiblot, J. / Leippe, P. / Johnsson, K.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray structure of the SF-iGluSnFR-S72A in complex with L-aspartate
著者: Tarnawski, M. / Hellweg, L. / Bergner, A. / Hiblot, J. / Leippe, P. / Johnsson, K.

履歴

登録	2023年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ovo.cif.gz	272.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ovo.ent.gz	178.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ovo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ovo_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ovo_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8ovo_validation.xml.gz	42.3 KB	表示
CIF形式データ	8ovo_validation.cif.gz	63.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/8ovo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ovn 8ovp
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative periplasmic binding transport protein,Green fluorescent protein

B: Putative periplasmic binding transport protein,Green fluorescent protein

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.760, 77.480, 196.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Putative periplasmic binding transport protein,Green fluorescent protein 分子量: 58015.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: ybeJ, SF0626, GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2UXX1, UniProt: P42212
#2: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2 M lithium acetate, 21% (m/v) PEG 3350, 20 mM L-aspartate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00008 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月21日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00008 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 111306 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 28.72 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 27.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 17334 / CC_1/2: 0.873 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→48.59 Å / SU ML: 0.2339 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.357
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22	5566	5 %
R_work	0.1903	105739	-
obs	0.1918	111305	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7954	0	18	731	8703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8221
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.898	11122
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0594	1235
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	1470
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.1064	1123

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.3807	185	0.3459	3509	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.74	0.3345	182	0.3149	3463	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.74-1.76	0.3292	184	0.2789	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.78	0.3248	184	0.2635	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.81	0.3445	182	0.2517	3466	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.81-1.83	0.2658	185	0.2366	3505	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.2735	182	0.2218	3456	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.86-1.89	0.2853	186	0.2136	3531	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.91	0.2492	181	0.2133	3443	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.91-1.95	0.2794	184	0.2285	3508	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.95-1.98	0.2494	185	0.2323	3497	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.98-2.02	0.2554	183	0.2408	3477	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.02-2.05	0.2413	186	0.2103	3538	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.05-2.1	0.2577	183	0.2182	3479	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.1-2.14	0.284	184	0.2084	3497	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.14-2.19	0.2521	185	0.2038	3516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.25	0.2325	183	0.1967	3486	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.25-2.31	0.2482	186	0.2006	3524	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.31-2.38	0.2736	184	0.2034	3493	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.38-2.45	0.2463	184	0.2086	3502	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.45-2.54	0.2583	188	0.2066	3560	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.54-2.64	0.2682	184	0.2171	3511	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.64-2.76	0.2264	187	0.2078	3544	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.76-2.91	0.2245	185	0.2074	3526	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.91-3.09	0.2265	187	0.2027	3544	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.09-3.33	0.2285	187	0.1926	3556	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.33-3.66	0.1966	190	0.1856	3606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-4.19	0.1896	188	0.1575	3574	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.19-5.28	0.1498	192	0.134	3650	X-RAY DIFFRACTION	99.95
5.28-48.59	0.1578	200	0.1555	3790	X-RAY DIFFRACTION	99.45

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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