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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ovp | ||||||
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Title | X-ray structure of the iAspSnFR in complex with L-aspartate | ||||||
![]() | Putative periplasmic binding transport protein,Green fluorescent protein | ||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN / aspartate / genetically-encoded biosensor / iAspSnFR / GFP | ||||||
Function / homology | ![]() bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / outer membrane-bounded periplasmic space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tarnawski, M. / Hellweg, L. / Bergner, A. / Hiblot, J. / Leippe, P. / Johnsson, K. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: X-ray structure of the SF-iAspSnFR in complex with L-aspartate Authors: Tarnawski, M. / Hellweg, L. / Bergner, A. / Hiblot, J. / Leippe, P. / Johnsson, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 274.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 180.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 42.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 63.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 58137.680 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() Gene: ybeJ, SF0626, GFP / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 0.2 M magnesium acetate, 18% (m/v) PEG 3350, 40 mM L-aspartate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 17, 2023 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99998 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. obs: 116407 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 26.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 16.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.8 Å / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 18188 / CC1/2: 0.776 / % possible all: 97.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→38.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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