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- PDB-8ovc: Respiratory supercomplex (III2-IV2) from Mycobacterium smegmatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ovc
タイトルRespiratory supercomplex (III2-IV2) from Mycobacterium smegmatis
要素
  • (Co-purified unknown ...) x 2
  • (Cytochrome bc1 complex cytochrome c ...) x 2
  • (Cytochrome c oxidase ...) x 3
  • Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
  • LpqE protein
  • Probable cytochrome c oxidase subunit 3
  • Superoxide dismutase [Cu-Zn]
  • Transmembrane protein
  • Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575
  • cytochrome-c oxidase
キーワードELECTRON TRANSPORT / RESPIRATORY SUPERCOMPLEX / MEMBRANE PROTEIN / ACTINOBACTERIA
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / : / electron transport coupled proton transport ...aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / : / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB ...Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7PH / Chem-9XX / Chem-9YF / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MENAQUINONE-9 ...Chem-7PH / Chem-9XX / Chem-9YF / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MENAQUINONE-9 / PALMITIC ACID / : / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Transmembrane protein / Probable cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / cytochrome-c oxidase / Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575 / Uncharacterized protein / LpqE protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kovalova, T. / Krol, S. / Sjostrand, D. / Riepl, D. / Gamiz-Hernandez, A. / Brzezinski, P. / Kaila, V. / Hogbom, M.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg FoundationKAW 2019.0043 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Long-range charge transfer mechanism of the IIIIV mycobacterial supercomplex.
著者: Daniel Riepl / Ana P Gamiz-Hernandez / Terezia Kovalova / Sylwia M Król / Sophie L Mader / Dan Sjöstrand / Martin Högbom / Peter Brzezinski / Ville R I Kaila /
要旨: Aerobic life is powered by membrane-bound redox enzymes that shuttle electrons to oxygen and transfer protons across a biological membrane. Structural studies suggest that these energy-transducing ...Aerobic life is powered by membrane-bound redox enzymes that shuttle electrons to oxygen and transfer protons across a biological membrane. Structural studies suggest that these energy-transducing enzymes operate as higher-order supercomplexes, but their functional role remains poorly understood and highly debated. Here we resolve the functional dynamics of the 0.7 MDa IIIIV obligate supercomplex from Mycobacterium smegmatis, a close relative of M. tuberculosis, the causative agent of tuberculosis. By combining computational, biochemical, and high-resolution (2.3 Å) cryo-electron microscopy experiments, we show how the mycobacterial supercomplex catalyses long-range charge transport from its menaquinol oxidation site to the binuclear active site for oxygen reduction. Our data reveal proton and electron pathways responsible for the charge transfer reactions, mechanistic principles of the quinone catalysis, and how unique molecular adaptations, water molecules, and lipid interactions enable the proton-coupled electron transfer (PCET) reactions. Our combined findings provide a mechanistic blueprint of mycobacterial supercomplexes and a basis for developing drugs against pathogenic bacteria.
履歴
登録2023年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
O: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
M: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
N: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
P: Transmembrane protein
S: Probable cytochrome c oxidase subunit 3
T: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
R: Cytochrome c oxidase subunit 1
Q: cytochrome-c oxidase
U: Cytochrome c oxidase subunit
V: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575
W: LpqE protein
Y: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
E: Co-purified unknown peptide
F: Co-purified unknown peptide
C: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
G: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
H: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
I: Transmembrane protein
J: Probable cytochrome c oxidase subunit 3
K: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
L: Cytochrome c oxidase subunit 1
X: cytochrome-c oxidase
Z: Cytochrome c oxidase subunit
a: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575
b: LpqE protein
c: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
e: Co-purified unknown peptide
f: Co-purified unknown peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)766,82797
ポリマ－712,16228
非ポリマー54,66669
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area231960 Å2
ΔGint-1928 kcal/mol
Surface area186230 Å2
手法PISA
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "C"
d_2ens_1chain "O"
d_1ens_2chain "E"
d_2ens_2chain "f"
d_1ens_3chain "e"
d_2ens_3chain "F"
d_1ens_4(chain "H" and (resid 4 through 536 or (resid 604...
d_2ens_4(chain "N" and (resid 4 through 536 or (resid 605...
d_1ens_5(chain "I" and (resid 1 through 100 or resid 301))
d_2ens_5(chain "P" and (resid 1 through 100 or resid 301))
d_1ens_6(chain "J" and (resid 20 through 203 or (resid 301...
d_2ens_6(chain "S" and (resid 20 through 203 or (resid 301...
d_1ens_7chain "K"
d_2ens_7chain "T"
d_1ens_8(chain "L" and (resid 10 through 560 or resid 601 through 603))
d_2ens_8(chain "R" and (resid 10 through 560 or resid 601 through 603))
d_1ens_9(chain "b" and (resid 24 through 80 or resid 85...
d_2ens_9(chain "W" and (resid 24 through 80 or resid 86 through 87 or resid 89 through 182 or resid 202))
d_1ens_10(chain "Y" and (resid 21 through 45 or resid 301 through 302))
d_2ens_10chain "c"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLNGLNALAALACO72 - 29456 - 278
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d_24ens_1MQ9MQ9MQ9MQ9OEA303
d_25ens_1MQ9MQ9MQ9MQ9NIA601
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d_15ens_4MQ9MQ9MQ9MQ9HYB609
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d_24ens_4MQ9MQ9MQ9MQ9NMA605
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NCSアンサンブル:
ID
ens_1
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ens_10

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999755271614, -0.0179760289702, -0.0128941561199), (-0.0179629522388, -0.999838015433, 0.00112926634028), (-0.01291236719, -0.000897372866211, -0.999916229239)2.56362846732, 107.692036675, 227.229188726
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7given(0.999866572749, -0.0135973100273, -0.00905261612022), (-0.0135364680477, -0.999885603565, 0.0067486159382), (-0.00914334355637, -0.00662517504007, -0.99993625113)1.76319206126, 106.551804104, 227.322550327
8given(0.999837919509, -0.0148361678317, -0.0101991586133), (-0.0148077844065, -0.999886288982, 0.00285282772117), (-0.0102403238875, -0.00270133839157, -0.999943917696)1.97498653522, 107.365502198, 227.288147397
9given(0.999875735479, -0.0104078591581, -0.0118401887261), (-0.010383361118, -0.999943825743, 0.0021286543934), (-0.0118616783474, -0.00200544892193, -0.999927636762)1.94272841323, 107.518507952, 227.243796898
10given(0.999972789495, -0.00709281176721, 0.00202787818715), (-0.00714158900468, -0.999658094216, 0.0251533770237), (0.00184877667532, -0.0251671748602, -0.999681546961)0.686222685112, 105.265871467, 227.215383371

-
要素

-
Cytochrome bc1 complex cytochrome c ... , 2種, 4分子 OCMG

#1: タンパク質 Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit


分子量: 29109.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_4261 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0R050, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit


分子量: 44869.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_4261 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0R051, quinol-cytochrome-c reductase

-
タンパク質 , 7種, 14分子 NHPISJQXVaWbYc

#3: タンパク質 Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Cytochrome bc1 reductase complex subunit QcrB


分子量: 61514.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_4263 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0R052, quinol-cytochrome-c reductase
#4: タンパク質 Transmembrane protein


分子量: 11329.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_2575 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0QVH4
#5: タンパク質 Probable cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome aa3 subunit 3


分子量: 22196.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_4260 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0R049
#8: タンパク質 cytochrome-c oxidase / Cytochrome aa3 subunit 2


分子量: 38077.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_4268 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0R057, cytochrome-c oxidase
#10: タンパク質 Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575


分子量: 15910.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_4692, MSMEI_4575 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0R1B5
#11: タンパク質 LpqE protein


分子量: 19118.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_6078 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0R562
#12: タンパク質 Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量: 23232.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: sodC, MSMEG_0835 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0QQQ1, superoxide dismutase

-
Cytochrome c oxidase ... , 3種, 6分子 TKRLUZ

#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / Cytochrome aa3 subunit 4 / Cytochrome c oxidase polypeptide IV


分子量: 15177.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_4267 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0R056, cytochrome-c oxidase
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1


分子量: 64162.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: D806_022970 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2U9PNL2, cytochrome-c oxidase
#9: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit


分子量: 8365.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_4693 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0R1B6

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Co-purified unknown ... , 2種, 4分子 EfFe

#13: タンパク質・ペプチド Co-purified unknown peptide


分子量: 869.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
#14: タンパク質・ペプチド Co-purified unknown peptide


分子量: 2145.636 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)

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非ポリマー , 15種, 318分子

#15: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H34FeN4O4
#16: 化合物
ChemComp-MQ9 / MENAQUINONE-9


分子量: 785.233 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H80O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#17: 化合物
ChemComp-WUO / acyl-phosphatidyl-myo-inositol dimannoside (AcPIM2) / [(2R)-2-[(10E,13E)-hexadeca-10,13-dienoyl]oxy-3-[[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-[(2R,3S,4S,5S,6R)-6-(hexadecanoyloxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-[(2R,3S,4S,5S,6R)-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propyl] (10R)-10-methyloctadecanoate / phosphatidylinositol mannoside


分子量: 1415.802 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C72H135O24P
#18: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#19: 化合物
ChemComp-9YF / (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate


分子量: 853.112 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85O13P
#20: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#21: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#22: 化合物 ChemComp-7PH / (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate / PHOSPHATIDIC ACID


分子量: 564.732 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H57O8P
#23: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#24: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#25: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#26: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#27: 化合物
ChemComp-9XX / (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate / (S)-1-(palmitoyloxy)propan-2-yl (S)-10-methyloctadecanoate


分子量: 594.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H74O4
#28: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#29: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The respiratory supercomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#14 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 48.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: cryoSPARC / バージョン: 3.v / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 90918 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 28.98 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.013747848
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.560564928
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.12536888
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.01897976
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d24.154517782
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2OCELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.41822130566
ens_2d_2MEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.446782657412
ens_3d_2AAeELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.504643981619
ens_4d_2QHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.20302378881
ens_5d_2RIELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.22776018084
ens_6d_2SJELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.71845287526
ens_7d_2TKELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.628423818359
ens_8d_2ULELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.733111793762
ens_9d_2YbELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.72067823934
ens_10d_2LYELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.56869471571

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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