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- PDB-8our: CRYSTAL STRUCTURE OF DLK IN COMPLEX WITH COMPOUND 16 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8our
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DLK IN COMPLEX WITH COMPOUND 16
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12
キーワードSIGNALING PROTEIN / DLK / KINASE / INHIBITOR / TRANSFERASE-INHIBITOR / M3K12
機能・相同性
機能・相同性情報


mitogen-activated protein kinase kinase kinase / negative regulation of motor neuron apoptotic process / MAP kinase kinase kinase activity / JNK cascade / post-translational protein modification / protein serine/threonine kinase activator activity / growth cone / protein autophosphorylation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein phosphorylation ...mitogen-activated protein kinase kinase kinase / negative regulation of motor neuron apoptotic process / MAP kinase kinase kinase activity / JNK cascade / post-translational protein modification / protein serine/threonine kinase activator activity / growth cone / protein autophosphorylation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein phosphorylation / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12/13 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12 / : / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-W38 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Zebisch, M. / McEwan, P.A. / Barker, J.J. / Cross, J.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Alzheimers Drug Discovery Foundation (ADDF)20160903 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of IACS-52825, a Potent and Selective DLK Inhibitor for Treatment of Chemotherapy-Induced Peripheral Neuropathy.
著者: Le, K. / Soth, M.J. / Cross, J.B. / Liu, G. / Ray, W.J. / Ma, J. / Goodwani, S.G. / Acton, P.J. / Buggia-Prevot, V. / Akkermans, O. / Barker, J. / Conner, M.L. / Jiang, Y. / Liu, Z. / McEwan, ...著者: Le, K. / Soth, M.J. / Cross, J.B. / Liu, G. / Ray, W.J. / Ma, J. / Goodwani, S.G. / Acton, P.J. / Buggia-Prevot, V. / Akkermans, O. / Barker, J. / Conner, M.L. / Jiang, Y. / Liu, Z. / McEwan, P. / Warner-Schmidt, J. / Xu, A. / Zebisch, M. / Heijnen, C.J. / Abrahams, B. / Jones, P.
履歴
登録2023年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4552
ポリマ－34,0181
非ポリマー4371
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.143, 39.241, 59.745
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12 / Dual leucine zipper bearing kinase / DLK / Leucine-zipper protein kinase / ZPK / MAPK-upstream ...Dual leucine zipper bearing kinase / DLK / Leucine-zipper protein kinase / ZPK / MAPK-upstream kinase / MUK / Mixed lineage kinase


分子量: 34018.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K12, ZPK / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q12852, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-W38 / 5-[1-(3-morpholin-4-yl-1-bicyclo[1.1.1]pentanyl)-2-propan-2-yl-imidazol-4-yl]-3-(trifluoromethyloxy)pyridin-2-amine


分子量: 437.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H26F3N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.51 % / 解説: thin plates
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M magnesium acetate, and 0.1 M HEPES/NaOH pH 7.5-7.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→32.48 Å / Num. obs: 18960 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.11 / Rrim(I) all: 0.203 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 63057
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.902 / Num. measured all: 4399 / Num. unique obs: 1318 / CC1/2: 0.596 / Rpim(I) all: 0.576 / Rrim(I) all: 1.073 / Net I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.8データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 11.315 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25461 1001 5.3 %RANDOM
Rwork0.1957 ---
obs0.19882 17948 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.904 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å2-0 Å20.08 Å2
2---1.53 Å20 Å2
3---2.31 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2115 0 31 122 2268
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192250
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8851.9733076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95435011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1635278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.60523.64696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.9515387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0591513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212507
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02516
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1581.3161070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1491.3141069
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9131.9631338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9131.9651339
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5131.5251180
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5121.5251181
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.472.2041726
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.53111.2892706
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.5311.2922707
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 76 -
Rwork0.257 1295 -
obs--99.56 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.3885 Å / Origin y: 2.2951 Å / Origin z: 22.192 Å
111213212223313233
T0.0144 Å20.004 Å2-0.0132 Å2-0.0901 Å20.0284 Å2--0.0254 Å2
L2.0277 °20.247 °20.4378 °2-1.6405 °20.8622 °2--1.5483 °2
S-0.0095 Å °0.065 Å °0.0596 Å °-0.0175 Å °0.0146 Å °0.0689 Å °0.0406 Å °-0.0181 Å °-0.0051 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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