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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oue | ||||||||||||
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タイトル | The H/ACA RNP lobe of human telomerase with the dyskerin thumb loop in a semi-closed conformation | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN / telomerase / H/ACA / pseudouridylation / ribonucleoprotein | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 telomere formation via telomerase / box H/ACA scaRNP complex / box H/ACA telomerase RNP complex / telomerase RNA localization to Cajal body / protein localization to Cajal body / Cajal body organization / snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / rRNA pseudouridine synthesis ...telomere formation via telomerase / box H/ACA scaRNP complex / box H/ACA telomerase RNP complex / telomerase RNA localization to Cajal body / protein localization to Cajal body / Cajal body organization / snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / pseudouridine synthesis / snRNA pseudouridine synthesis / telomerase RNA stabilization / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNA binding / regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / telomerase activity / scaRNA localization to Cajal body / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / positive regulation of protein localization to Cajal body / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding / rRNA modification in the nucleus and cytosol / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Telomere Extension By Telomerase / RNA folding / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / telomere maintenance via telomerase / RNA processing / Cajal body / : / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / positive regulation of DNA repair / maturation of LSU-rRNA / fibrillar center / rRNA processing / site of double-strand break / histone binding / protein-folding chaperone binding / cytosolic large ribosomal subunit / chromosome, telomeric region / nuclear body / DNA repair / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ghanim, G.E. / Sekne, Z. / van Roon, A.M.M. / Balch, S. / Nguyen, T.H.D. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 米国, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: 2.7 Å cryo-EM structure of human telomerase H/ACA ribonucleoprotein. 著者: George E Ghanim / Zala Sekne / Sebastian Balch / Anne-Marie M van Roon / Thi Hoang Duong Nguyen / 要旨: Telomerase is a ribonucleoprotein (RNP) enzyme that extends telomeric repeats at eukaryotic chromosome ends to counterbalance telomere loss caused by incomplete genome replication. Human telomerase ...Telomerase is a ribonucleoprotein (RNP) enzyme that extends telomeric repeats at eukaryotic chromosome ends to counterbalance telomere loss caused by incomplete genome replication. Human telomerase is comprised of two distinct functional lobes tethered by telomerase RNA (hTR): a catalytic core, responsible for DNA extension; and a Hinge and ACA (H/ACA) box RNP, responsible for telomerase biogenesis. H/ACA RNPs also have a general role in pseudouridylation of spliceosomal and ribosomal RNAs, which is critical for the biogenesis of the spliceosome and ribosome. Much of our structural understanding of eukaryotic H/ACA RNPs comes from structures of the human telomerase H/ACA RNP. Here we report a 2.7 Å cryo-electron microscopy structure of the telomerase H/ACA RNP. The significant improvement in resolution over previous 3.3 Å to 8.2 Å structures allows us to uncover new molecular interactions within the H/ACA RNP. Many disease mutations are mapped to these interaction sites. The structure also reveals unprecedented insights into a region critical for pseudouridylation in canonical H/ACA RNPs. Together, our work advances understanding of telomerase-related disease mutations and the mechanism of pseudouridylation by eukaryotic H/ACA RNPs. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8oue.cif.gz | 412.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8oue.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8oue.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8oue_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8oue_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8oue_validation.xml.gz | 57.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8oue_validation.cif.gz | 88.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8oue ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/8oue | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 17190MC 8oufC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-H/ACA ribonucleoprotein complex subunit ... , 4種, 8分子 CGDHEIFJ
#1: タンパク質 | 分子量: 57779.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: 293T / 器官: Kidney / Plasmid details: endogenous 参照: UniProt: O60832, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの #2: タンパク質 | 分子量: 22387.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: 293T / 器官: Kidney / Plasmid details: endogenous / 参照: UniProt: Q9NY12 #3: タンパク質 | 分子量: 17226.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: 293T / 器官: Kidney / Plasmid details: endogenous / 参照: UniProt: Q9NX24 #4: タンパク質 | 分子量: 7719.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: 293T / 器官: Kidney / Plasmid details: endogenous / 参照: UniProt: Q9NPE3 |
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-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 KB
#5: タンパク質 | 分子量: 59357.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: 293T / 器官: Kidney / Plasmid details: endogenous / 参照: UniProt: Q9BUR4 |
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#6: RNA鎖 | 分子量: 145477.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: 293T / 器官: Kidney / プラスミド: pcDNA 3.1 詳細 (発現宿主): pcDNA 3.1 inserted with U3 promoter-hTR gene-hepatitis virus D ribozyme 細胞株 (発現宿主): 293T / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1932797 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 倍率(補正後): 45872 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最低温度: 78 K |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 41053 詳細: Images were collected in movie-mode and fractionated into 48 movie frames |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0256 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: All images were processed using RELION4.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 18744992 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 199360 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7BGB Accession code: 7BGB / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 2.7→2.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / SU B: 11.855 / SU ML: 0.209 / ESU R: 0.26 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 141.967 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 15364 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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