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- PDB-8ou2: Crystal structure of the bromodomain of human Bromodomain and PHD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ou2
タイトルCrystal structure of the bromodomain of human Bromodomain and PHD finger-containing Transcription Factor (BPTF) bound to a potent inhibitor
要素Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
キーワードTRANSCRIPTION / Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


NURF complex / endoderm development / anterior/posterior pattern specification / ATPase complex / embryonic placenta development / methylated histone binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / brain development / cell body / sequence-specific DNA binding ...NURF complex / endoderm development / anterior/posterior pattern specification / ATPase complex / embryonic placenta development / methylated histone binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / brain development / cell body / sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. ...Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Balikci, E. / Ni, X. / Bountra, C. / von Delft, F. / Huber, K.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative875510 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the bromodomain of human Bromodomain and PHD finger-containing Transcription Factor (BPTF) bound to a potent inhibitor
著者: Balikci, E. / Ni, X. / Bountra, C. / von Delft, F. / Huber, K.
履歴
登録2023年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
B: Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,55912
ポリマ－28,9112
非ポリマー1,64810
水6,377354
1
A: Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2395
ポリマ－14,4551
非ポリマー7844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3197
ポリマ－14,4551
非ポリマー8646
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.277, 27.043, 77.637
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF / Bromodomain and PHD finger-containing transcription factor / Fetal Alz-50 clone 1 protein / Fetal ...Bromodomain and PHD finger-containing transcription factor / Fetal Alz-50 clone 1 protein / Fetal Alzheimer antigen


分子量: 14455.415 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BPTF, FAC1, FALZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12830

-
非ポリマー , 5種, 364分子

#2: 化合物 ChemComp-W2W / 7-(1-cyclopropylpyrazol-4-yl)-2-[[2-fluoranyl-4-(4-methylpiperazin-1-yl)sulfonyl-phenyl]amino]-3-methyl-pyrido[1,2-a]pyrimidin-4-one


分子量: 537.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28FN7O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.20M KSCN; 0.1M BTProp pH 6.5; 20.0% PEG 3350; 10.0% EtGly

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→77.494 Å / Num. obs: 200470 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.601→1.648 Å / Num. unique obs: 8233 / CC1/2: 0.743

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→77.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 2.169 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22243 1540 5.2 %RANDOM
Rwork0.18052 ---
obs0.18268 27919 90.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.398 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å2-0 Å2-0.02 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→77.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1988 0 112 354 2454
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132192
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6081.6742969
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4291.5824635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4535247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.48921.885122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.77115363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1181516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02508
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.941.057983
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9071.055982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3511.5751230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3521.5771231
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7021.3171209
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7021.3181210
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5271.891733
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.42414.3652815
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.42414.3652815
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3959 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.601→1.643 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 67 -
Rwork0.253 1228 -
obs--54.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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