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- PDB-8otl: structure of InhA from Mycobacterium tuberculosis in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8otl
タイトルstructure of InhA from Mycobacterium tuberculosis in complex with 5-(((4-(2-hydroxyphenoxy)benzyl)(octyl)amino)methyl)-2-phenoxyphenol
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / enoyl-ACP-reductase type II fatty acid synthase mycolic acids tuberculosis therapeutic target
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-VZE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.108 Å
データ登録者Tamhaev, R. / Maveyraud, L. / Chebaiki, M. / Lherbet, C. / Mourey, L.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Universite de Toulouse フランス
La Region Occitanie フランス
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2023
タイトル: Exploring the plasticity of the InhA substrate-binding site using new diaryl ether inhibitors.
著者: Tamhaev, R. / Grosjean, E. / Ahamed, H. / Chebaiki, M. / Rodriguez, F. / Recchia, D. / Degiacomi, G. / Pasca, M.R. / Maveyraud, L. / Mourey, L. / Lherbet, C.
履歴
登録2023年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,77117
ポリマ－173,0226
非ポリマー4,74811
水8,935496
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,0028
ポリマ－115,3484
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area18720 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area33280 Å2
2
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,77013
ポリマ－115,3484
非ポリマー3,4229
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19650 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area32950 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)80.85, 100.875, 376.071
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / ENR / Enoyl-ACP reductase / FAS-II enoyl-ACP reductase / NADH-dependent 2-trans-enoyl-ACP reductase


分子量: 28837.057 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: inhA, Rv1484, MTCY277.05
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P9WGR1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)

-
非ポリマー , 5種, 507分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-VZE / 5-[[octyl-[[4-(2-oxidanylphenoxy)phenyl]methyl]amino]methyl]-2-phenoxy-phenol


分子量: 525.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H39NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.03 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 14 % PEG 4000 100 mM ADA 100 mM acetate ammonium, pH 6.8, 5 % DMSO

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月5日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.108→62.218 Å / Num. obs: 84677 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 8.89 %
詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last ...詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways throughout the data processing steps (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejections during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary!
CC1/2: 0.996 / CC1/2 anomalous: -0.078 / Rmerge(I) obs: 0.1649 / Rpim(I) all: 0.0575 / Rrim(I) all: 0.1753 / AbsDiff over sigma anomalous: 0.767 / Net I/σ(I): 9.73 / Num. measured all: 752360 / % possible anomalous: 94.4 / Redundancy anomalous: 4.67
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2CC1/2 anomalousRpim(I) allRrim(I) allAbsDiff over sigma anomalous% possible anomalousRedundancy anomalous% possible all
5.72-62.2188.170.063322.113803038030465246520.998-0.0940.02250.06740.70898.14.6498.3
4.54-5.728.410.080920.53786437864450245020.997-0.1460.0290.08620.7598.44.5599
3.967-4.548.960.07922.074029440294449744970.997-0.090.02740.08380.72999.14.7799.1
3.604-3.9678.680.097518.583111031110358635860.995-0.1660.03440.10370.75580.74.5980.8
3.346-3.6048.960.122315.984030540305449744970.993-0.1070.04250.12990.79399.34.7299.6
3.148-3.3469.090.155313.394029240292443544350.99-0.0780.05340.16470.76499.34.7699.6
2.991-3.1489.310.200510.914139841398444744470.985-0.110.06820.21250.79499.24.8999.9
2.861-2.9919.340.22979.734165041650445944590.979-0.0580.07750.24320.78199.64.88100
2.75-2.8618.940.27048.173965139651443544350.972-0.0290.09410.28720.79299.64.6599.9
2.656-2.759.160.31637.124046940469441944190.9570.0130.10920.33570.80999.84.7699.9
2.573-2.6568.680.35136.193796437964437643760.948-0.0320.12450.37390.78499.24.5399.9
2.499-2.5739.080.41075.434036840368444444440.929-0.0140.14220.43590.77399.64.7299.9
2.433-2.4999.240.44525.114098040980443444340.903-0.0180.15310.47220.77699.74.79100
2.374-2.4339.260.46264.914082240822440944090.9050.0060.15930.49070.78799.84.79100
2.32-2.3749.290.51534.394082940829439443940.877-0.040.17710.54650.76999.74.81100
2.271-2.328.780.56423.833898338983444244420.851-0.0160.19970.60030.75799.64.54100
2.225-2.2715.750.64272.4659275927103010300.670.0510.27510.70450.75720.53.323.6
2.183-2.2258.880.68393.183936139361443344330.789-0.0140.240.7270.76599.14.6199.8
2.144-2.1838.620.73962.873746237462434843480.792-0.0050.2640.78750.73399.24.4699.9
2.108-2.1448.70.87652.433860138601443844380.673-0.040.30980.93260.742984.5399.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (8-JUN-2022)精密化
autoPROC1.0.5 20220608data processing
XDSJan 10, 2022データ削減
Aimless0.7.9データスケーリング
MOLREP11.9.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.108→30.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU R Cruickshank DPI: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.261 / SU Rfree Blow DPI: 0.194 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.196
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2373 4373 -RANDOM
Rwork0.1998 ---
obs0.2018 84639 95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8074 Å20 Å20 Å2
2--2.4249 Å20 Å2
3----0.6175 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.108→30.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11603 0 319 496 12418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00812371HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9416900HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4095SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2173HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12371HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1688SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies19HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11060SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.34
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.57
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.12 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2827 82 -
Rwork0.2602 --
obs0.2613 1693 99.48 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4888-0.10840.05561.4269-0.18850.8058-0.0328-0.217-0.1114-0.2170.05330.0717-0.11140.0717-0.02040.0104-0.05840.0111-0.06780.0241-0.07385.043523.478578.6365
20.6435-0.1586-0.32591.5237-0.0090.9743-0.0798-0.33070.1917-0.33070.0695-0.14570.1917-0.14570.01030.0457-0.076-0.0235-0.0628-0.0179-0.0965-4.8095-6.707378.7253
30.6890.1284-0.09890.8807-0.16661.0829-0.0188-0.15730.1091-0.15730.023-0.08120.1091-0.0812-0.0042-0.0282-0.0299-0.0042-0.0543-0.0039-0.0677-4.429436.649311.6799
40.76990.41470.17120.91940.00740.85350.01470.14480.00830.14480.0063-0.19060.0083-0.1906-0.021-0.0439-0.02260.0182-0.04180.0236-0.0468-18.85440.131340.3473
51.59560.3236-0.26981.0548-0.24050.79870.06010.3046-0.24980.3046-0.07080.0956-0.24980.09560.01060.0504-0.0628-0.0616-0.1002-0.0188-0.05956.633157.852947.5747
60.95770.09040.03880.9617-0.30491.3049-0.02630.02760.09440.0276-0.10020.27830.09440.27830.1265-0.1150.0032-0.0244-0.06360.04980.084422.859836.692929.1654
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A3 - 269
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A301
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B3 - 269
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B301
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C3 - 269
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C301 - 302
7X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D3 - 269
8X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D301 - 303
9X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E3 - 269
10X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E301 - 302
11X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F2 - 269
12X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F301 - 302

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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