PDB-8ot5: Crystal structure of the titin domain Fn3-85

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ot5

タイトル

Crystal structure of the titin domain Fn3-85

要素

Titin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Titin Fibronectin type III A-band STRUCTURAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / protein kinase regulator activity / cardiac muscle hypertrophy ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Nikoopour, R. / Rees, M. / Gautel, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2023
タイトル: Structure determination and analysis of titin A-band fibronectin type III domains provides insights for disease-linked variants and protein oligomerisation.
著者: Rees, M. / Nikoopour, R. / Alexandrovich, A. / Pfuhl, M. / Lopes, L.R. / Akhtar, M.M. / Syrris, P. / Elliott, P. / Carr-White, G. / Gautel, M.

履歴

登録	2023年4月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ot5.cif.gz	474.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ot5.ent.gz	323.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ot5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8ot5_validation.pdf.gz	461.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ot5_full_validation.pdf.gz	463.7 KB	表示
XML形式データ	8ot5_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	8ot5_validation.cif.gz	52.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/8ot5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/8ot5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8oiyC 8omwC 8oq9C 8orlC 8os3C 8osdC 8otyC 4o00 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (11) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Titin

B: Titin

C: Titin

D: Titin

E: Titin

F: Titin

ヘテロ分子

69.8 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Titin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
11.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Titin

ヘテロ分子

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3

C: Titin

ヘテロ分子

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4

D: Titin

ヘテロ分子

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5

E: Titin

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6

F: Titin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.358, 99.829, 62.239
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.550, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Titin / Connectin / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.14 分子量: 11606.122 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 944 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30mM HEPES pH 7.5 150mM NaCl 1mM DTT 100mM Bis-Tris propane pH 6.5 200mM sodium iodide 20% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.969 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→57.19 Å / Num. obs: 98485 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 18.17 Å² / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.09086 / Net I/σ(I): 10.29
反射シェル	解像度: 1.56→1.62 Å / R_merge(I) obs: 0.3578 / Num. unique obs: 9760 / CC_1/2: 0.831

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.56→57.19 Å / SU ML: 0.1454 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.7 / 位相誤差: 18.9873
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1912	4904	4.98 %
R_work	0.1628	93581	-
obs	0.1642	98485	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→57.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4824	0	5	944	5773

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	5135
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9963	7013
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0568	778
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	914
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.2209	705

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.56-1.58	0.2291	159	0.2146	2973	X-RAY DIFFRACTION	96.49
1.58-1.6	0.2033	183	0.2008	3173	X-RAY DIFFRACTION	99.26
1.6-1.62	0.239	151	0.2023	3082	X-RAY DIFFRACTION	99.42
1.62-1.64	0.2522	162	0.1918	3161	X-RAY DIFFRACTION	99.19
1.64-1.66	0.2001	150	0.189	3052	X-RAY DIFFRACTION	99.26
1.66-1.68	0.2114	156	0.1802	3154	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.68-1.7	0.2188	169	0.1788	3100	X-RAY DIFFRACTION	99.18
1.7-1.73	0.2204	170	0.1773	3087	X-RAY DIFFRACTION	99.15
1.73-1.76	0.2272	163	0.1808	3117	X-RAY DIFFRACTION	99.15
1.76-1.79	0.2229	158	0.177	3112	X-RAY DIFFRACTION	99.18
1.79-1.82	0.2207	168	0.1909	3088	X-RAY DIFFRACTION	99.21
1.82-1.85	0.2495	147	0.1987	3140	X-RAY DIFFRACTION	99.25
1.85-1.88	0.2216	157	0.1901	3125	X-RAY DIFFRACTION	99.58
1.88-1.92	0.1886	158	0.1784	3106	X-RAY DIFFRACTION	99.45
1.92-1.96	0.1785	150	0.1643	3132	X-RAY DIFFRACTION	99.48
1.96-2.01	0.1915	154	0.1577	3138	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.01-2.06	0.1899	186	0.1617	3109	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.06-2.12	0.1965	153	0.1597	3131	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.12-2.18	0.1638	148	0.1559	3121	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.18-2.25	0.158	142	0.151	3123	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.25-2.33	0.1814	151	0.1533	3147	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.33-2.42	0.2044	173	0.1537	3144	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.42-2.53	0.1929	175	0.162	3107	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.53-2.67	0.1992	189	0.1705	3090	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.67-2.83	0.1958	171	0.1683	3158	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.83-3.05	0.232	152	0.1721	3099	X-RAY DIFFRACTION	99.27
3.05-3.36	0.192	153	0.161	3178	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.36-3.85	0.1717	197	0.1441	3107	X-RAY DIFFRACTION	99.4
3.85-4.84	0.1502	182	0.1295	3152	X-RAY DIFFRACTION	99.58
4.85-57.19	0.1927	177	0.1742	3175	X-RAY DIFFRACTION	99.05

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1048009671	0.776386251119	-0.942292021658	3.00685502453	-3.15816479839	6.40057525752	-0.0449678852919	-0.0319509130736	0.000509941278474	-0.0397755309441	0.00185096896762	-0.0594878399985	0.155292319679	-0.00225390753541	0.0602201679761	0.10918536782	0.000809427272679	-0.00197820996505	0.113157709514	-0.00478154737439	0.125630259515	-11.7254749032	-4.80262572683	-11.0919224365
2	2.28084501153	0.665023323459	-0.697317429105	2.19751265716	-0.131668901668	8.55906718338	-0.0499572830872	0.14217419236	0.0870134159749	-0.26775472444	0.0425322045082	-0.0852038222999	0.426383241747	0.386233578223	0.0577729301096	0.176953028389	0.0414234898842	0.0240075940008	0.150439015994	0.00928705135364	0.169354963593	-5.15034164894	-4.30067588789	-23.0800916273
3	4.42372707219	-0.776155407444	-2.91658266057	3.58035262532	0.698908968178	4.53618282705	0.191918447963	0.0144491965243	0.388008486086	0.103916021491	-0.0262250949286	0.0845801360884	-0.244156603273	-0.0274121468382	-0.189488269452	0.122194170084	-0.0163938754474	0.0132339236192	0.106911076042	0.00160294975775	0.13707550451	-11.3006558967	4.3899809709	-8.49050957025
4	2.14380012005	0.587751586321	-1.66909933988	0.97506867569	-1.19147017384	4.51504612163	0.0716973674236	-0.0702541844122	0.103821021463	0.0990545506906	0.0137800394741	0.0953353652488	0.0257437666659	-0.0971423403119	-0.0802628320054	0.142609265071	-0.0202998723697	0.00314183009077	0.105738871767	-0.0230469355724	0.133759402653	-14.006314148	-2.4199936406	-7.51334538325
5	7.34770807232	-2.32573494516	-3.49806330649	4.32105387199	2.45183778401	2.57274275394	-0.0010402535492	-0.441548866149	0.367365520578	0.382428940555	0.0809986864248	0.10526788826	-0.299501066452	0.131787979702	-0.042472407838	0.214896803602	0.046605781465	0.0217400372669	0.150146012311	-0.00619353597067	0.140206019006	-41.9141134633	1.29386431901	-6.74713813645
6	5.67378969588	-0.505598147365	0.0509656262656	6.00674478893	-0.645452883216	4.66092196587	-0.0374012063559	0.15373022592	0.0358569801148	-0.168574150891	0.0569263408066	0.175115279341	0.171711835326	0.0148293535173	-0.0268205111838	0.147543027411	-0.0050494332058	-0.00836982207273	0.109544551423	0.00781650327586	0.148628247317	-37.8723781875	-9.24798164083	-27.986412905
7	2.82262924769	-1.72577529251	-1.62625378612	1.06327442166	0.694468796783	6.23931685734	-0.102695758079	-0.222217215203	0.218458691749	0.420720491726	0.043571029171	0.125285400336	0.120567136009	-0.0146635903906	0.0990242543063	0.213689213778	-0.0376430479334	0.037791775565	0.127056674697	-0.0279023128029	0.224771696247	-45.6287963519	-3.6866140891	-8.05541304902
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33	33	chain 'E' and (resid 68 through 83 )	E	E	68 - 83	66 - 81
34	34	chain 'E' and (resid 84 through 93 )	E	E	84 - 93	82 - 91
35	35	chain 'E' and (resid 94 through 98 )	E	E	94 - 98	92 - 96
36	36	chain 'E' and (resid 99 through 105 )	E	E	99 - 105	97 - 103
37	37	chain 'F' and (resid 3 through 12 )	F	F	3 - 12	1 - 10
38	38	chain 'F' and (resid 13 through 25 )	F	F	13 - 25	11 - 23
39	39	chain 'F' and (resid 26 through 38 )	F	F	26 - 38	24 - 36
40	40	chain 'F' and (resid 39 through 56 )	F	F	39 - 56	37 - 54
41	41	chain 'F' and (resid 57 through 67 )	F	F	57 - 67	55 - 65
42	42	chain 'F' and (resid 68 through 83 )	F	F	68 - 83	66 - 81
43	43	chain 'F' and (resid 84 through 93 )	F	F	84 - 93	82 - 91
44	44	chain 'F' and (resid 94 through 105 )	F	F	94 - 105	92 - 103

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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