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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8oty | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the titin domain Fn3-90 | ||||||
Components | Titin | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / Titin Fibronectin type III A-band STRUCTURAL PROTEIN | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationsarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / skeletal muscle myosin thick filament assembly / telethonin binding / detection of muscle stretch / muscle alpha-actinin binding / : / cardiac myofibril assembly / cardiac muscle hypertrophy ...sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / skeletal muscle myosin thick filament assembly / telethonin binding / detection of muscle stretch / muscle alpha-actinin binding / : / cardiac myofibril assembly / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / protein kinase regulator activity / cardiac muscle tissue morphogenesis / Striated Muscle Contraction / muscle filament sliding / actinin binding / M band / I band / cardiac muscle cell development / structural constituent of muscle / sarcomere organization / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / skeletal muscle contraction / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / muscle contraction / condensed nuclear chromosome / positive regulation of protein secretion / response to calcium ion / Z disc / actin filament binding / Platelet degranulation / protease binding / protein tyrosine kinase activity / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Nikoopour, R. / Rees, M. / Gautel, M. | ||||||
| Funding support | United Kingdom, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Struct.Biol. / Year: 2023Title: Structure determination and analysis of titin A-band fibronectin type III domains provides insights for disease-linked variants and protein oligomerisation. Authors: Rees, M. / Nikoopour, R. / Alexandrovich, A. / Pfuhl, M. / Lopes, L.R. / Akhtar, M.M. / Syrris, P. / Elliott, P. / Carr-White, G. / Gautel, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8oty.cif.gz | 294.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8oty.ent.gz | 200.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8oty.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8oty_validation.pdf.gz | 433.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8oty_full_validation.pdf.gz | 433.5 KB | Display | |
| Data in XML | 8oty_validation.xml.gz | 18.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 8oty_validation.cif.gz | 26.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/8oty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/8oty | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8oiyC ![]() 8omwC ![]() 8oq9C ![]() 8orlC ![]() 8os3C ![]() 8osdC ![]() 8ot5C C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 11480.870 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TTN / Production host: ![]() References: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 1.88 Å3/Da / Density % sol: 34.48 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 30mM HEPES pH 7.5 150mM NaCl 1mM DTT 100mM Sodium acetate 200mM CaCl 20% w/v PEG6000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.979 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 17, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.9→28.32 Å / Num. obs: 25557 / % possible obs: 96.88 % / Redundancy: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 21.58 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.08891 / Net I/σ(I): 6.15 |
| Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.4023 / Num. unique obs: 2190 / CC1/2: 0.778 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9→28.32 Å / SU ML: 0.2476 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 26.9301 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 25.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→28.32 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Movie
Controller
About Yorodumi




Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United Kingdom, 1items
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