PDB-8osv: Structural and functional studies of geldanamycin amide synthase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8osv

タイトル

Structural and functional studies of geldanamycin amide synthase ShGdmF

要素

GdmF

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / amide synthase / geldanamycin / amidase / alpha-beta

機能・相同性

Arylamine N-acetyltransferase / N-acetyltransferase / arylamine N-acetyltransferase activity / Papain-like cysteine peptidase superfamily / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / : / GdmF

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces hygroscopicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.28 Å

データ登録者

Ewert, W. / Zeilinger, C. / Kirschning, A. / Preller, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and functional studies of geldanamycin amide synthase ShGdmF
著者: Ewert, W. / Bartens, C. / Heutling, A. / Ongouta, J. / Vogt, M. / Kishore, A. / Zeilinger, C. / Preller, M. / Kirschning, A.

履歴

登録	2023年4月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8osv.cif.gz	122.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8osv.ent.gz	88.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8osv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8osv_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8osv_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8osv_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	8osv_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/8osv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/8osv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8btmC 8oomC 8oszC 8ot2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GdmF

ヘテロ分子

30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.304, 95.288, 86.591
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-430- HOH
2	1	A-565- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	GdmF 分子量: 29857.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces hygroscopicus (バクテリア) 遺伝子: gdmF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84G21

-
非ポリマー , 5種, 209分子

#2: 化合物	ChemComp-W0K / ~{N}-(2-sulfanylethyl)ethanamide 分子量: 119.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉NOS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES, pH: 7.5, 25% PEG4000 150 mM sodium acetate, 200 mM lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.28→43.3 Å / Num. obs: 79149 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 17 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05978 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 1.28→1.326 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Num. unique obs: 7826 / CC_1/2: 0.825

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.28→43.3 Å / SU ML: 0.1221 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.6463
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1803	3891	4.92 %
R_work	0.1653	75238	-
obs	0.1661	79129	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.28→43.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1962	0	22	205	2189

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	2147
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.424	2932
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1039	318
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0094	392
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	30.1795	318

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.28-1.3	0.2515	124	0.2561	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.3-1.31	0.2406	137	0.2486	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.31-1.33	0.2703	158	0.2413	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.33-1.35	0.2334	143	0.2449	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.35-1.37	0.2699	129	0.2414	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.37-1.39	0.2487	141	0.2277	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.39-1.41	0.2331	135	0.214	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.41-1.43	0.225	154	0.2052	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.43-1.46	0.2149	132	0.1995	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.46-1.48	0.2085	123	0.192	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.51	0.2039	126	0.1792	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.51-1.54	0.1983	140	0.1784	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.54-1.58	0.204	137	0.1792	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.58-1.61	0.1826	130	0.1742	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.61-1.65	0.19	133	0.1677	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.65-1.7	0.1773	126	0.169	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.7-1.75	0.175	139	0.1724	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.75-1.8	0.178	119	0.1695	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.8-1.87	0.181	129	0.1703	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.94	0.1761	155	0.1595	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.03	0.171	155	0.1529	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.14	0.1826	144	0.1552	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.27	0.1531	156	0.1554	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.45	0.1823	133	0.149	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.45-2.69	0.1564	149	0.1597	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-3.08	0.1614	145	0.1592	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.88	0.1659	139	0.1545	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-43.3	0.1921	160	0.1602	2858	X-RAY DIFFRACTION	99.87

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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