PDB-8osz: Structural and functional studies of geldanamycin amide synthase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8osz

タイトル

Structural and functional studies of geldanamycin amide synthase ShGdmF

要素

GdmF

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / amide synthase / geldanamycin / amidase / alpha-beta

機能・相同性

: / Arylamine N-acetyltransferase / N-acetyltransferase / arylamine N-acetyltransferase activity / Papain-like cysteine peptidase superfamily / ACETATE ION / 3-aminophenol / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / GdmF

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces hygroscopicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.26 Å

データ登録者

Ewert, W. / Zeilinger, C. / Kirschning, A. / Preller, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure and function of the geldanamycin amide synthase from Streptomyces hygroscopicus.
著者: Ewert, W. / Bartens, C. / Ongouta, J. / Holmes, M. / Heutling, A. / Kishore, A. / Urbansky, T. / Zeilinger, C. / Preller, M. / Kirschning, A.

履歴

登録	2023年4月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年4月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8osz.cif.gz	115 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8osz.ent.gz	87.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8osz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8osz_validation.pdf.gz	809.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8osz_full_validation.pdf.gz	810.5 KB	表示
XML形式データ	8osz_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	8osz_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/8osz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/8osz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8btmC 8oomC 8osvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GdmF

ヘテロ分子

30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.328, 95.374, 86.479
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-436- HOH

#1: タンパク質	GdmF 分子量: 29889.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces hygroscopicus (バクテリア) 遺伝子: gdmF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84G21
#2: 化合物	ChemComp-K5V / 3-aminophenol 分子量: 109.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₇NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES, pH 7.5, 25 % PEG4000, 150 mM sodium acetate, 200 mM lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.26→43.24 Å / Num. obs: 82845 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 16.32 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.04587 / Net I/σ(I): 24.42
反射シェル	解像度: 1.26→1.305 Å / R_merge(I) obs: 0.9903 / Num. unique obs: 8191 / CC_1/2: 0.878 / R_rim(I) all: 2.08 / % possible all: 99.83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHENIX	1.17.1-3660	精密化
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.26→43.24 Å / SU ML: 0.1131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.7699
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1912	4151	5.01 %
R_work	0.1695	78694	-
obs	0.1706	82845	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.26→43.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1949	0	19	191	2159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0162	2137
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5092	2922
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1104	314
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0112	391
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	36.2969	320

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.26-1.27	0.2715	164	0.2609	2542	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.27-1.29	0.2759	116	0.2502	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.29-1.31	0.2748	139	0.2473	2552	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.31-1.32	0.2537	144	0.2367	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.32-1.34	0.2518	125	0.2304	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.34-1.36	0.2432	141	0.2371	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.36-1.38	0.2881	125	0.2298	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.38-1.4	0.2115	143	0.2242	2564	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.4-1.42	0.2362	150	0.2047	2588	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.42-1.44	0.2215	127	0.2017	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.44-1.47	0.2279	162	0.1922	2565	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.47-1.49	0.2043	142	0.1877	2592	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.49-1.52	0.2191	128	0.1803	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.52-1.55	0.1728	145	0.1812	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.55-1.59	0.2146	121	0.1798	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.62	0.2145	142	0.1688	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.62-1.67	0.1848	133	0.1662	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.67-1.71	0.1627	120	0.1695	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.71-1.76	0.1886	150	0.1706	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.76-1.82	0.1686	149	0.1741	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.88	0.2119	124	0.1691	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.96	0.1775	143	0.1615	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.05	0.1799	143	0.157	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.15	0.1679	132	0.1577	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.29	0.1706	125	0.1581	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.29-2.47	0.1859	140	0.1594	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.71	0.2029	118	0.1663	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.71-3.11	0.1746	153	0.1729	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.11-3.91	0.1982	144	0.1577	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-43.24	0.1825	163	0.1603	2778	X-RAY DIFFRACTION	99.93

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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