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- PDB-8os1: X-ray structure of the Peroxisomal Targeting Signal 1 (PTS1) of T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8os1
タイトルX-ray structure of the Peroxisomal Targeting Signal 1 (PTS1) of Trypanosoma Cruzi PEX5 in complex with the PTS1 peptide
要素
  • Peroxisomal targeting signal 1 (PTS1)
  • Peroxisome targeting signal 1 receptor
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TPR domain / Complex / Peroxisomal targeting signal 1 binding domain / cargo recognition protein
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisome matrix targeting signal-1 binding / protein import into peroxisome matrix, docking / peroxisomal membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
PEX5/PEX5L / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Peroxisome targeting signal 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Napolitano, V. / Blat, A. / Popowicz, G.M. / Dubin, G.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
Accelerated Early staGe drug dIScovery (AEGIS)European Union
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural dynamics of the TPR domain of the peroxisomal cargo receptor Pex5 in Trypanosoma.
著者: Banasik, M. / Napolitano, V. / Blat, A. / Abdulkarim, K. / Plewka, J. / Czaplewski, C. / Gieldon, A. / Kozak, M. / Wladyka, B. / Popowicz, G. / Dubin, G.
履歴
登録2023年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Peroxisome targeting signal 1 receptor
A: Peroxisome targeting signal 1 receptor
D: Peroxisomal targeting signal 1 (PTS1)
C: Peroxisomal targeting signal 1 (PTS1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,06724
ポリマ－73,7114
非ポリマー1,35620
水5,188288
1
B: Peroxisome targeting signal 1 receptor
D: Peroxisomal targeting signal 1 (PTS1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,49812
ポリマ－36,8552
非ポリマー64310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Peroxisome targeting signal 1 receptor
C: Peroxisomal targeting signal 1 (PTS1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,56812
ポリマ－36,8552
非ポリマー71310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.331, 69.936, 71.106
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-807-

TRS

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 BADC

#1: タンパク質 Peroxisome targeting signal 1 receptor


分子量: 36216.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: ECC02_006719 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7J6Y110
#2: タンパク質・ペプチド Peroxisomal targeting signal 1 (PTS1)


分子量: 638.733 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

-
非ポリマー , 6種, 308分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5 and 30% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.22 Å / Num. obs: 35080 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.959 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Num. unique obs: 2248 / CC1/2: 0.539

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
AutoProcessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→48.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 7.096 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25284 1657 4.7 %RANDOM
Rwork0.19262 ---
obs0.19544 33423 95.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.849 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å2-0 Å20.2 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→48.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4804 0 84 288 5176
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0125062
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4291.6416851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1345629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.44622.63289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.41115807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9491536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023963
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.432.8572493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5584.2673117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8073.2212567
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.38739.9187959
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10075 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 88 -
Rwork0.28 1911 -
obs--74.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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