PDB-9f8w: Crystal structure of the apo Pex5 peroxisomal cargo receptor from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9f8w

タイトル

Crystal structure of the apo Pex5 peroxisomal cargo receptor from Trypanosoma brucei

要素

Peroxisome targeting signal 1 receptor PEX5

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / Trypanosoma / Peroxin / Peroxin targeting signal

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxisome matrix targeting signal-1 binding / protein import into peroxisome matrix, docking / peroxisomal membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Banasik, M.K. / Dubin, G.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural dynamics of the TPR domain of the peroxisomal cargo receptor Pex5 in Trypanosoma.
著者: Banasik, M. / Napolitano, V. / Blat, A. / Abdulkarim, K. / Plewka, J. / Czaplewski, C. / Gieldon, A. / Kozak, M. / Wladyka, B. / Popowicz, G. / Dubin, G.

履歴

登録	2024年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9f8w.cif.gz	135.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9f8w.ent.gz	104.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9f8w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/9f8w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8os1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (4) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Peroxisome targeting signal 1 receptor PEX5

B: Peroxisome targeting signal 1 receptor PEX5

77.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peroxisome targeting signal 1 receptor PEX5

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peroxisome targeting signal 1 receptor PEX5

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	206.545, 206.545, 67.867
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Peroxisome targeting signal 1 receptor PEX5 分子量: 38919.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) プラスミド: pET24a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9U7C3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.9 M sodium-potassium tartrate tetrahydrate, 20% w/v glycerol, 0.05 M Hepes pH 7.4 after 8 days at 293 K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→47.89 Å / Num. obs: 44917 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.68
反射シェル	解像度: 2.35→2.434 Å / 冗長度: 6 % / Num. unique obs: 4490 / CC_1/2: 0.52

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→47.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 8.285 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24605	2307	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19777	-	-	-
obs	0.20025	42612	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.254 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.53 Å²	0.26 Å²	-0 Å²
2-	-	0.53 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.35→47.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4823	0	0	112	4935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	4962
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4550
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.552	1.637	6753
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.349	1.57	10401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.967	5	634
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.309	23.54	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.299	15	766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.494	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	637
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5865
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.672	5.726	2530
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.671	5.724	2529
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.655	8.571	3157
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.654	8.574	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.993	6.04	2432
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.992	6.042	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.384	8.915	3593
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.208	66.74	5549
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.215	66.743	5539
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	170	-
R_work	0.317	3136	-
obs	-	-	99.97 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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