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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8orv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of monkeypox virus poxin in complex with the STING agonist MD1203 | ||||||
![]() | MPXVgp165 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / mpox / monkeypox / virus / poxin | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Duchoslav, V. / Klima, M. / Boura, E. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Fluorinated cGAMP analogs, which act as STING agonists and are not cleavable by poxins: Structural basis of their function. 著者: Klima, M. / Dejmek, M. / Duchoslav, V. / Eisenreichova, A. / Sala, M. / Chalupsky, K. / Chalupska, D. / Novotna, B. / Birkus, G. / Nencka, R. / Boura, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8orwC ![]() 8p44C ![]() 8p45C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22509.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: MPXV-M5312_HM12_Rivers-164 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-VZ6 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.27 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 40% (v/v) PEG 300; 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→46.74 Å / Num. obs: 29391 / % possible obs: 99.47 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 24.19 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1307 / Rpim(I) all: 0.03743 / Rrim(I) all: 0.1361 / Net I/σ(I): 14.98 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.709 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 2.704 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 2841 / CC1/2: 0.508 / CC star: 0.821 / Rpim(I) all: 0.8001 / Rrim(I) all: 2.824 / % possible all: 97.76 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→46.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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