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- PDB-8or9: Human holo aromatic L-amino acid decarboxylase (AADC) native stru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8or9
タイトルHuman holo aromatic L-amino acid decarboxylase (AADC) native structure at physiological pH
要素Dopa decarboxylase (Aromatic L-amino acid decarboxylase)
キーワードLYASE / Dopa decarboxilase / Human aromatic amino acid decarboxylase / AADC deficiency / L-dopa / dopamine / pyridoxal phosphate / PLP
機能・相同性
機能・相同性情報


aromatic-L-amino-acid decarboxylase / catecholamine biosynthetic process / carboxylic acid metabolic process / carboxy-lyase activity / amino acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
dopa decarboxylase, N-terminal domain / dopa decarboxylase, N-terminal domain / Aromatic-L-amino-acid decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 ...dopa decarboxylase, N-terminal domain / dopa decarboxylase, N-terminal domain / Aromatic-L-amino-acid decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Aromatic-L-amino-acid decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bisello, G. / Perduca, M. / Bertoldi, M.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Other privateIIS PTCIT100263 イタリア
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Human aromatic amino acid decarboxylase is an asymmetric and flexible enzyme: Implication in aromatic amino acid decarboxylase deficiency.
著者: Bisello, G. / Ribeiro, R.P. / Perduca, M. / Belviso, B.D. / Polverino De' Laureto, P. / Giorgetti, A. / Caliandro, R. / Bertoldi, M.
履歴
登録2023年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dopa decarboxylase (Aromatic L-amino acid decarboxylase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4053
ポリマ－53,9631
非ポリマー4412
水4,504250
1
A: Dopa decarboxylase (Aromatic L-amino acid decarboxylase)
ヘテロ分子

A: Dopa decarboxylase (Aromatic L-amino acid decarboxylase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,8096
ポリマ－107,9262
非ポリマー8834
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area13250 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area30310 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)107.170, 107.170, 218.981
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-658-

HOH

21A-833-

HOH

31A-842-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dopa decarboxylase (Aromatic L-amino acid decarboxylase) / Dopa decarboxylase (Aromatic L-amino acid decarboxylase) / isoform CRA_a


分子量: 53963.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDC, hCG_1811384, tcag7.584 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53Y41
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.43 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Hepes, 40% PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→85.45 Å / Num. obs: 59247 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 8482

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15_3459: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→48.13 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2154 2910 4.92 %
Rwork0.1905 --
obs0.1917 59121 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3667 0 28 250 3945
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023783
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5275116
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.6252256
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041556
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004654
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.93120.34061480.27782617X-RAY DIFFRACTION100
1.9312-1.96450.28351370.25662622X-RAY DIFFRACTION100
1.9645-2.00020.29661240.25642656X-RAY DIFFRACTION100
2.0002-2.03870.26051350.24972622X-RAY DIFFRACTION100
2.0387-2.08030.26031370.23922623X-RAY DIFFRACTION100
2.0803-2.12550.22641450.22172634X-RAY DIFFRACTION100
2.1255-2.1750.20721390.1972641X-RAY DIFFRACTION100
2.175-2.22940.2411460.2132633X-RAY DIFFRACTION100
2.2294-2.28960.21831150.20032648X-RAY DIFFRACTION100
2.2896-2.3570.23921540.19482635X-RAY DIFFRACTION100
2.357-2.43310.19361360.1822664X-RAY DIFFRACTION100
2.4331-2.52010.20641540.18342601X-RAY DIFFRACTION99
2.5201-2.62090.20241280.17672694X-RAY DIFFRACTION100
2.6209-2.74020.18541400.17792672X-RAY DIFFRACTION100
2.7402-2.88470.22141220.18722684X-RAY DIFFRACTION100
2.8847-3.06540.19861340.18962698X-RAY DIFFRACTION100
3.0654-3.3020.22931420.19562693X-RAY DIFFRACTION100
3.302-3.63420.23191390.18612723X-RAY DIFFRACTION100
3.6342-4.15980.18591350.16872737X-RAY DIFFRACTION99
4.1598-5.23990.1791330.15872783X-RAY DIFFRACTION100
5.2399-48.130.20721670.18142931X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.6772 Å / Origin y: -33.4924 Å / Origin z: -9.2458 Å
111213212223313233
T0.1195 Å2-0.0193 Å20.0054 Å2-0.0987 Å20.0205 Å2--0.1181 Å2
L0.3999 °2-0.0409 °2-0.017 °2-0.4375 °2-0.0946 °2--0.5456 °2
S-0.0258 Å °-0.0332 Å °-0.0801 Å °0.0654 Å °-0.0006 Å °-0.0473 Å °0.0732 Å °-0.0158 Å °0.0338 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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