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- PDB-8oqi: Cryo-EM structure of the wild-type alpha-synuclein fibril. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oqi
タイトルCryo-EM structure of the wild-type alpha-synuclein fibril.
要素Alpha-synuclein
キーワードPROTEIN FIBRIL / alpha-synuclein / amyloid / fibril / Parkinson's disease
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / response to desipramine / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber ...negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / response to desipramine / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / mitochondrial membrane organization / regulation of synaptic vesicle recycling / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization to cell periphery / negative regulation of exocytosis / regulation of glutamate secretion / dopamine biosynthetic process / SNARE complex assembly / regulation of norepinephrine uptake / response to iron(II) ion / positive regulation of neurotransmitter secretion / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / regulation of locomotion / negative regulation of dopamine metabolic process / regulation of macrophage activation / transporter regulator activity / negative regulation of microtubule polymerization / synaptic vesicle transport / synaptic vesicle priming / dopamine uptake involved in synaptic transmission / protein kinase inhibitor activity / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / regulation of dopamine secretion / dynein complex binding / positive regulation of receptor recycling / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / cuprous ion binding / nuclear outer membrane / response to magnesium ion / positive regulation of endocytosis / positive regulation of exocytosis / synaptic vesicle exocytosis / kinesin binding / enzyme inhibitor activity / synaptic vesicle endocytosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of serotonin uptake / response to type II interferon / regulation of presynapse assembly / alpha-tubulin binding / beta-tubulin binding / behavioral response to cocaine / phospholipase binding / supramolecular fiber organization / phospholipid metabolic process / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / inclusion body / axon terminus / Hsp70 protein binding / cellular response to epinephrine stimulus / response to interleukin-1 / regulation of microtubule cytoskeleton organization / cellular response to copper ion / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / SNARE binding / adult locomotory behavior / excitatory postsynaptic potential / phosphoprotein binding / protein tetramerization / microglial cell activation / fatty acid metabolic process / ferrous iron binding / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / synapse organization / protein destabilization / PKR-mediated signaling / phospholipid binding / receptor internalization / tau protein binding / long-term synaptic potentiation / terminal bouton / positive regulation of inflammatory response / synaptic vesicle membrane / actin cytoskeleton / actin binding / growth cone / cellular response to oxidative stress / neuron apoptotic process / cell cortex / histone binding / response to lipopolysaccharide / microtubule binding / molecular adaptor activity / chemical synaptic transmission / amyloid fibril formation / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Synuclein / Alpha-synuclein / Synuclein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Pesch, V. / Reithofer, S. / Ma, L. / Flores-Fernandez, J.M. / Oezduezenciler, P. / Busch, Y. / Lien, Y. / Rudtke, O. / Frieg, B. / Schroeder, G.F. ...Pesch, V. / Reithofer, S. / Ma, L. / Flores-Fernandez, J.M. / Oezduezenciler, P. / Busch, Y. / Lien, Y. / Rudtke, O. / Frieg, B. / Schroeder, G.F. / Wille, H. / Tamgueney, G.
資金援助 米国, ドイツ, 2件
組織認可番号国
Michael J. Fox FoundationMJFF-0098 米国
Helmholtz Association ドイツ
引用ジャーナル: Brain / 年: 2024
タイトル: Vaccination with structurally adapted fungal protein fibrils induces immunity to Parkinson's disease.
著者: Verena Pesch / José Miguel Flores-Fernandez / Sara Reithofer / Liang Ma / Pelin Özdüzenciler / Yannick Busch / Aishwarya Sriraman / YongLiang Wang / Sara Amidian / Chiara V M Kroepel / ...著者: Verena Pesch / José Miguel Flores-Fernandez / Sara Reithofer / Liang Ma / Pelin Özdüzenciler / Yannick Busch / Aishwarya Sriraman / YongLiang Wang / Sara Amidian / Chiara V M Kroepel / Laura Müller / Yi Lien / Olivia Rudtke / Benedikt Frieg / Gunnar F Schröder / Holger Wille / Gültekin Tamgüney /
要旨: The pathological misfolding and aggregation of soluble α-synuclein into toxic oligomers and insoluble amyloid fibrils causes Parkinson's disease, a progressive age-related neurodegenerative disease ...The pathological misfolding and aggregation of soluble α-synuclein into toxic oligomers and insoluble amyloid fibrils causes Parkinson's disease, a progressive age-related neurodegenerative disease for which there is no cure. HET-s is a soluble fungal protein that can form assembled amyloid fibrils in its prion state. We engineered HET-s(218-298) to form four different fibrillar vaccine candidates, each displaying a specific conformational epitope present on the surface of α-synuclein fibrils. Vaccination with these four vaccine candidates prolonged the survival of immunized TgM83+/- mice challenged with α-synuclein fibrils by 8% when injected into the brain to model brain-first Parkinson's disease or by 21% and 22% when injected into the peritoneum or gut wall, respectively, to model body-first Parkinson's disease. Antibodies from fully immunized mice recognized α-synuclein fibrils and brain homogenates from patients with Parkinson's disease, dementia with Lewy bodies and multiple system atrophy. Conformation-specific vaccines that mimic epitopes present only on the surface of pathological fibrils but not on soluble monomers, hold great promise for protection against Parkinson's disease, related synucleinopathies and other amyloidogenic protein misfolding disorders.
履歴
登録2023年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-synuclein
B: Alpha-synuclein
C: Alpha-synuclein
D: Alpha-synuclein
E: Alpha-synuclein
F: Alpha-synuclein
G: Alpha-synuclein
H: Alpha-synuclein
I: Alpha-synuclein
J: Alpha-synuclein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,76110
ポリマ－144,76110
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 39 - 94 / Label seq-ID: 39 - 94

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
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NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
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9given(-0.998192226534, -0.0601022369574, -6.12794325452E-7), (0.0601022369577, -0.998192226534, -4.46010244537E-7), (-5.84880318727E-7, -4.82034268806E-7, 1)272.724098091, 256.796967462, 21.6901282437

-
要素

#1: タンパク質
Alpha-synuclein / Non-A beta component of AD amyloid / Non-A4 component of amyloid precursor / NACP


分子量: 14476.108 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminally acetylated human wild-type alpha-synuclein.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNCA, NACP, PARK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P37840

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human wild-type alpha-synuclein fibril / タイプ: COMPLEX
詳細: N-terminally acetylated human wild-type alpha-synuclein
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: 179.62 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.41 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27610
詳細: The alpha-synuclein fibril was reconstructed using RELION-3.1.
対称性のタイプ: HELICAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 56.31 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01313830
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d2.0085190
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1147680
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0068650
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.28631260
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000582599456592
ens_1d_3AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000563242468017
ens_1d_4AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000579861558612
ens_1d_5AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000564553631986
ens_1d_6AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000408143770637
ens_1d_7AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000573924979394
ens_1d_8AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000578506874847
ens_1d_9AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00056769526007
ens_1d_10AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000594551183008

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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