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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8opt | ||||||
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タイトル | Human terminal uridylyltransferase 7 (TUT7/ZCCHC6) bound with pre-let7g miRNA and Lin28A - complex 2 | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN / Polymerase / uridylation / RNA maturation and turnover control | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of glial cell differentiation / positive regulation of cell proliferation involved in kidney development / negative regulation of pre-miRNA processing / polyuridylation-dependent mRNA catabolic process / retrotransposon silencing by mRNA destabilization / uridylyltransferase activity / protein-RNA adaptor activity / RNA 3'-end processing / miRNA catabolic process / RNA 3' uridylation ...negative regulation of glial cell differentiation / positive regulation of cell proliferation involved in kidney development / negative regulation of pre-miRNA processing / polyuridylation-dependent mRNA catabolic process / retrotransposon silencing by mRNA destabilization / uridylyltransferase activity / protein-RNA adaptor activity / RNA 3'-end processing / miRNA catabolic process / RNA 3' uridylation / RNA uridylyltransferase / pre-miRNA binding / RNA uridylyltransferase activity / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / miRNA metabolic process / Deadenylation of mRNA / positive regulation of cytoplasmic translation / pre-miRNA processing / sequence-specific mRNA binding / oocyte maturation / miRNA binding / stem cell population maintenance / germ cell development / Zygotic genome activation (ZGA) / positive regulation of TOR signaling / rough endoplasmic reticulum / translation initiation factor binding / positive regulation of neuron differentiation / stem cell differentiation / cellular response to glucose stimulus / P-body / cytoplasmic stress granule / G-quadruplex RNA binding / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of translation / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å | ||||||
データ登録者 | Yi, G. / Ye, M. / Gilbert, R.J. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2024 タイトル: Structural basis for activity switching in polymerases determining the fate of let-7 pre-miRNAs 著者: Yi, G. / Ye, M. / Carrique, L. / El-Sagheer, A. / Brown, T. / Norbury, C.J. / Zhang, P. / Gilbert, R.J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8opt.cif.gz | 340.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8opt.ent.gz | 264.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8opt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8opt_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8opt_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8opt_validation.xml.gz | 42.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8opt_validation.cif.gz | 62.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/8opt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/8opt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 17087MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 171493.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUT7, HS2, KIAA1711, ZCCHC6 / 発現宿主: Escherichia coli KRX (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5VYS8, RNA uridylyltransferase | ||
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#2: RNA鎖 | 分子量: 17457.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 22778.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIN28A, CSDD1, LIN28, ZCCHC1 / 発現宿主: Escherichia coli KRX (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H9Z2 | ||
#4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 226379 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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