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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oom | ||||||
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タイトル | Structural and functional studies of geldanamycin amide synthase ShGdmF | ||||||
![]() | GdmF | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / amide synthase / geldanamycin / amidase / alpha-beta | ||||||
機能・相同性 | : / Arylamine N-acetyltransferase / N-acetyltransferase / arylamine N-acetyltransferase activity / Papain-like cysteine peptidase superfamily / ACETATE ION / Chem-PNY / GdmF![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ewert, W. / Zeilinger, C. / Kirschning, A. / Preller, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure and function of the geldanamycin amide synthase from Streptomyces hygroscopicus. 著者: Ewert, W. / Bartens, C. / Ongouta, J. / Holmes, M. / Heutling, A. / Kishore, A. / Urbansky, T. / Zeilinger, C. / Preller, M. / Kirschning, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 116.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 650.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 650.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8btmC ![]() 8osvC ![]() 8oszC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29857.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: gdmF / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PNY / ( | ||||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES, pH: 7.5, 25% PEG4000, 150 mM sodium acide, 200 mM lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→48.27 Å / Num. obs: 27488 / % possible obs: 99.29 % / 冗長度: 13.04 % / Biso Wilson estimate: 22.48 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08638 / Net I/σ(I): 13.04 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.885 Å / Rmerge(I) obs: 0.7653 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 2723 / CC1/2: 0.72 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→48.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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