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- PDB-8oog: Crystal structure of human MAT2a with S-Adenosylmethionine and a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oog
タイトルCrystal structure of human MAT2a with S-Adenosylmethionine and a fragment bound in a novel pocket
要素S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
キーワードTRANSFERASE / methionine adenosyltransferase / s-adenosylmethionine synthetase / fragment screen / allosteric binder
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / Methylation / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / protein hexamerization / small molecule binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / one-carbon metabolic process ...methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / Methylation / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / protein hexamerization / small molecule binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / one-carbon metabolic process / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain / S-adenosylmethionine synthase signature 1. / S-adenosylmethionine synthase signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / 6-oxidanyl-1,3-benzoxathiol-2-one / S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.384 Å
データ登録者Schimpl, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: Combining structural and coevolution information to unveil allosteric sites.
著者: La Sala, G. / Pfleger, C. / Kack, H. / Wissler, L. / Nevin, P. / Bohm, K. / Janet, J.P. / Schimpl, M. / Stubbs, C.J. / De Vivo, M. / Tyrchan, C. / Hogner, A. / Gohlke, H. / Frolov, A.I.
履歴
登録2023年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6595
ポリマ－43,9361
非ポリマー7234
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area470 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area15410 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)67.880, 94.220, 116.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-538-

HOH

21A-666-

HOH

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要素

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II


分子量: 43935.828 Da / 分子数: 1 / 断片: full length protein / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-VUO / 6-oxidanyl-1,3-benzoxathiol-2-one / 6-ヒドロキシ-1,3-ベンゾオキサチオ-ル-2-オン


分子量: 168.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H4O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 8 % PEG8000, 12 % ethylene glycol, 0.1 M Hepes pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.384→73.374 Å / Num. obs: 75517 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 466961
反射 シェル解像度: 1.384→1.408 Å / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.097 / Num. measured all: 23485 / Num. unique obs: 3671 / Rpim(I) all: 0.466 / Rrim(I) all: 1.194 / Net I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER2.11.8 (24-FEB-2021)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.384→73.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU R Cruickshank DPI: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.059 / SU Rfree Blow DPI: 0.057 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.057
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2001 3763 4.98 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.1905 75517 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.8154 Å20 Å20 Å2
2--1.3769 Å20 Å2
3---3.4385 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.384→73.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2942 0 46 176 3164
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083048HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14130HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1057SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes516HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3048HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.61
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.22
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion392SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2848SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.384→1.39 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 -4.9 %
Rwork0.275 1437 -
obs--97.4 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.0243 Å / Origin y: 38.907 Å / Origin z: 32.6625 Å
111213212223313233
T0.0327 Å2-0.0065 Å2-0.0061 Å2--0.0165 Å2-0.0005 Å2---0.0293 Å2
L0.1428 °2-0.1045 °20.0382 °2-0.3398 °20.0012 °2--0.208 °2
S0.0017 Å °0.0012 Å °-0.0207 Å °-0.0443 Å °0.0098 Å °0.0329 Å °0.024 Å °-0.0258 Å °-0.0115 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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