PDB-8oo4: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of cisplatin w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oo4

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of cisplatin with human angiogenin after 1 month soaking

要素

Angiogenin

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

angiogenin / CDDP / ROS production /

prostate cancer (前立腺癌)

機能・相同性

機能・相同性情報

activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / rRNA transcription / : /

基底膜 / RNA nuclease activity / positive regulation of endothelial cell proliferation / actin filament polymerization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2023
タイトル: Cisplatin binding to angiogenin protein: new molecular pathways and targets for the drug's anticancer activity.
著者: Ferraro, G. / Sanfilippo, V. / Chiaverini, L. / Satriano, C. / Marzo, T. / Merlino, A. / La Mendola, D.

履歴

登録	2023年4月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oo4.cif.gz	43 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oo4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oo4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8oo4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/8oo4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oo3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (7) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (7) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Angiogenin

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.250, 37.510, 38.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Angiogenin / / Ribonuclease 5 / RNase 5 分子量: 14169.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANG, RNASE5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q71MJ0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-NH3 / AMMONIA / アンモニア / アンモニア分子量: 17.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10% PEG6K, 20 mM sodium citrate pH 5.1, 0.2 M sodium/potassium tartrate PH範囲: 5.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.769→42.63 Å / Num. obs: 10455 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 1.99→2.02 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 414 / CC_1/2: 0.927 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→42.625 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.831 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.786 / WR_factor R_free: 0.34 / WR_factor R_work: 0.278 / SU B: 10.563 / SU ML: 0.282 / Average fsc free: 0.6987 / Average fsc work: 0.772 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.27 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3672	380	4.457 %
R_work	0.3077	8145	-
all	0.31	-	-
obs	-	8525	96.056 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.288 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.078 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.067 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.145 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→42.625 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	976	0	2	56	1034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	913
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.526	1.662	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.197	1.587	2119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.551	5	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.607	19.412	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.063	15	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.804	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	246
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	865
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	493
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.137	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.31	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.71	2.414	493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.71	2.41	492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.706	3.61	618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.704	3.615	619
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.501	2.566	528
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.5	2.57	529
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.371	3.778	762
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.37	3.782	763
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.919	28.181	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.868	28.085	1113

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.99-2.042	0.43	41	0.381	557	0.384	627	0.318	0.347	95.3748	0.361
2.042-2.097	0.734	27	0.695	407	0.697	624	0.342	0.571	69.5513	0.626
2.097-2.158	0.361	21	0.377	568	0.377	610	0.499	0.589	96.5574	0.339
2.158-2.224	0.416	19	0.325	571	0.327	593	0.636	0.716	99.4941	0.288
2.224-2.297	0.393	32	0.418	465	0.416	562	0.812	0.772	88.4342	0.372
2.297-2.377	0.324	26	0.277	540	0.279	566	0.844	0.842	100	0.254
2.377-2.467	0.347	22	0.275	507	0.278	529	0.855	0.84	100	0.25
2.467-2.567	0.589	30	0.296	499	0.309	529	0.695	0.823	100	0.268
2.567-2.681	0.373	24	0.402	467	0.4	503	0.777	0.8	97.6143	0.329
2.681-2.811	0.427	18	0.294	439	0.299	473	0.736	0.82	96.6173	0.258
2.811-2.963	0.325	12	0.271	445	0.273	457	0.809	0.856	100	0.25
2.963-3.141	0.378	16	0.257	425	0.26	441	0.854	0.881	100	0.255
3.141-3.357	0.259	18	0.261	391	0.261	409	0.899	0.87	100	0.256
3.357-3.624	0.251	15	0.267	348	0.266	372	0.882	0.88	97.5807	0.245
3.624-3.967	0.26	11	0.273	341	0.272	357	0.798	0.867	98.5994	0.269
3.967-4.43	0.326	12	0.221	324	0.225	336	0.827	0.886	100	0.246
4.43-5.107	0.308	18	0.22	266	0.225	284	0.875	0.912	100	0.25
5.107-6.232	0.281	4	0.277	261	0.277	265	0.781	0.846	100	0.301
6.232-8.721	0.667	9	0.272	191	0.285	200	0.678	0.866	100	0.313
8.721-42.625	0.111	5	0.243	131	0.237	136	0.948	0.922	100	0.315

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)