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- PDB-8oo1: Wide inward-open liganded UraA in complex with a conformation-sel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oo1
タイトルWide inward-open liganded UraA in complex with a conformation-selective synthetic nanobody
要素
  • Sy45
  • Uracil permease
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SLC23 / Uracil transporter / UraA / sybody / nanobody
機能・相同性xanthine transmembrane transporter activity / Xanthine/uracil permease / Xanthine/uracil permeases family signature. / Nucleobase cation symporter 2 family / Permease family / symporter activity / plasma membrane / URACIL / Uracil permease
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Kuhn, B.T. / Geertsma, E.R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB807-P23, CEF-MC ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Interdomain-linkers control conformational transitions in the SLC23 elevator transporter UraA.
著者: Kuhn, B.T. / Zoller, J. / Zimmermann, I. / Gemeinhardt, T. / Ozkul, D.H. / Langer, J.D. / Seeger, M.A. / Geertsma, E.R.
履歴
登録2023年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil permease
B: Sy45
C: Uracil permease
D: Sy45
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,57015
ポリマ－125,3724
非ポリマー3,19811
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13130 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area40860 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)86.250, 116.820, 94.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.485, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 5 through 412 or resid 550 through 502))A5 - 411
121(chain 'A' and (resid 5 through 412 or resid 550 through 502))A470
131(chain 'A' and (resid 5 through 412 or resid 550 through 502))A501 - 502
141(chain 'A' and (resid 5 through 412 or resid 550 through 502))A550
251(chain 'C' and (resid 5 through 412 or resid 550 through 502))C5 - 411
261(chain 'C' and (resid 5 through 412 or resid 550 through 502))C470
271(chain 'C' and (resid 5 through 412 or resid 550 through 502))C501 - 502
281(chain 'C' and (resid 5 through 412 or resid 550 through 502))C550
192chain 'B'B1 - 124
2102(chain 'D' and resid 1 through 125)D1 - 124

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Uracil permease / Uracil transporter / Uracil/H(+) symporter UraA


分子量: 46017.875 Da / 分子数: 2 / 変異: G320P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: uraA, Z3760, ECs3359 / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AGM8
#2: 抗体 Sy45


分子量: 16668.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)

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糖 , 2種, 7分子

#4: 糖
ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#6: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-URA / URACIL / ウラシル


分子量: 112.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 50 mM Tris, 50 mM magnesium acetate, 0.1% Benzamidine, 40% (v/v) PEG400, 1 mM uracil

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→49.42 Å / Num. obs: 23194 / % possible obs: 63.6 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 50.78 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 10.14
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
3.01-3.090.322840.9580.351
3.09-3.180.432160.880.4661
3.18-3.270.4753630.8780.5171
3.27-3.370.4555320.9170.4961
3.37-3.480.6177170.8810.671
3.48-3.60.6499630.8880.7041
3.6-3.740.5613860.9380.6061
3.74-3.890.619370.9390.6541
3.89-4.060.51520610.9720.5571
4.06-4.260.37219620.9870.4021
4.26-4.490.27919030.9890.3031
4.49-4.760.22317670.9940.2411
4.76-5.090.22516720.9940.2421
5.09-5.50.24215770.9910.2611
5.5-6.030.23114390.9910.2491
6.03-6.740.17813020.9920.1921
6.74-7.780.09411580.9970.1021
7.78-9.530.0499760.9980.0531
9.53-13.480.0417580.9990.0441

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX1.17.1_3660位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.7→49.42 Å / SU ML: 0.5047 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 34.0967
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2944 989 5.11 %
Rwork0.2711 18373 -
obs0.2724 19362 97.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→49.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7935 0 219 0 8154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00168330
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.452911334
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03691403
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00341359
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.14071205
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7-3.90.3391150.32642316X-RAY DIFFRACTION86.6
3.9-4.140.34521420.29472669X-RAY DIFFRACTION99.93
4.14-4.460.2761310.26642659X-RAY DIFFRACTION99.89
4.46-4.910.27241620.24492644X-RAY DIFFRACTION99.72
4.91-5.620.29261330.2562691X-RAY DIFFRACTION99.96
5.62-7.070.27681470.28052673X-RAY DIFFRACTION99.96
7.07-49.420.28371590.25472721X-RAY DIFFRACTION99.41
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6525142558-0.485326095926-0.1398395763191.00228037414-0.04189696479451.146396586450.233289955043-0.02937827124520.076795993155-0.1283416734720.08945457412450.167793575641-0.545396218789-0.228407035620.258763655910.3743416376790.0258629516920.05935693298760.259847674323-0.07677486211440.2525544224615.8854369284615.153292297118.4489021748
20.398698242235-0.319506960353-0.3519258135960.3522183963810.4311200958891.274053008140.09371948335490.00813174509201-0.183424959811-0.1102328755260.0137269993113-0.107820324286-0.1698200667280.239875325206-0.07906707886060.147197778068-0.0251550012976-0.03631433490960.461988281837-0.04148915622870.38208494667827.6055615349-0.644319311237-4.08971642855
30.6185165028440.186943191155-0.381607272430.7228315001660.06726092844561.163875102030.0003405652891470.189274016068-0.04860093686890.2010595650350.1119018226410.1365053288570.629823928915-0.2543038064680.2907347819880.3940637877270.01412677363320.05236656083590.221008060643-0.06494477604210.1415455458773.94909422755-25.054541747731.2034748089
40.409793363936-0.0559817327614-0.3773387092660.2846706636090.7328293240432.00619068111-0.07114220255670.175237038732-0.05705084430260.0733377169055-0.0129426333072-0.0308859161660.3234468427280.171350358313-0.0344863074870.08409048855090.0370361351324-0.06771548949360.352787022823-0.03341767458480.26388114065415.9378789945-8.947729640659.9757509845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 4 through 412)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 125)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 5 through 412)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 0 through 125)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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