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Yorodumi- PDB-8omz: Wide inward-open unliganded UraA in complex with a conformation-s... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8omz | ||||||
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Title | Wide inward-open unliganded UraA in complex with a conformation-selective synthetic nanobody | ||||||
Components |
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Keywords | MEMBRANE PROTEIN / SLC23 / Uracil transporter / UraA / sybody / nanobody | ||||||
Function / homology | Function and homology information uracil:monoatomic cation symporter activity / uracil transport / uracil import across plasma membrane / uracil transmembrane transporter activity / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli O157:H7 (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.5 Å | ||||||
Authors | Kuhn, B.T. / Geertsma, E.R. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: to be published Title: Interdomain-linkers control conformational transitions in an SLC23 elevator transporter Authors: Kuhn, B.T. / Zoeller, J. / Zimmermann, I. / Gemeinhardt, T. / Oezkul, D. / Langer, J.D. / Seeger, M.A. / Geertsma, E.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8omz.cif.gz | 500.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8omz.ent.gz | 345.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8omz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/8omz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/8omz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8oo1C 1zvhS 5xlsS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / Antibody , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 46017.875 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: G320P Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli O157:H7 (bacteria) / Gene: uraA, b2497, JW2482 / Production host: Escherichia coli MC1061 (bacteria) / References: UniProt: P0AGM7 #2: Antibody | Mass: 16668.318 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli MC1061 (bacteria) |
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-Sugars , 2 types, 14 molecules
#4: Sugar | ChemComp-BNG / #6: Sugar | |
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-Non-polymers , 2 types, 4 molecules
#3: Chemical | #5: Chemical | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.83 Å3/Da / Density % sol: 67.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.4 Details: 50 mM Tris, 50 mM magnesium acetate, 34% PEG400, 0.1% benzamidine hydrochloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 30, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.5→29.53 Å / Num. obs: 23921 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 13.583 % / Biso Wilson estimate: 109.101 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.917 / Net I/σ(I): 20.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5XLS, 1ZVH Resolution: 3.5→29.53 Å / SU ML: 0.4931 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.5171 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 67.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5→29.53 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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