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万見
- PDB-8onu: Solution structure of thanatin analogue 7 in complex with LptAm(Ab)1.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8onu
タイトルSolution structure of thanatin analogue 7 in complex with LptAm(Ab)1.0
要素
  • Lipopolysaccharide export system protein LptA
  • Thanatin-like derivative
キーワードANTIBIOTIC / STRUCTURE FROM CYANA 3.98.13
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / defense response to fungus / lipopolysaccharide binding / killing of cells of another organism / periplasmic space / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lipopolysaccharide export system protein LptA / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Thanatin / Lipopolysaccharide export system protein LptA
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
Podisus maculiventris (昆虫)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Oi, K.K. / Moehle, K. / Zerbe, O.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
Innosuisse33285.1 IP-LSEuropean Union
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2023
タイトル: Early Molecular Insights into Thanatin Analogues Binding to A. baumannii LptA.
著者: Oi, K.K. / Moehle, K. / Schuster, M. / Zerbe, O.
履歴
登録2023年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipopolysaccharide export system protein LptA
B: Thanatin-like derivative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2732
ポリマ－16,2732
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1720 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area9030 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Lipopolysaccharide export system protein LptA


分子量: 14265.767 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: DH5a
遺伝子: lptA, A7M90_06575, AB945B12_03460, ABCAM1_1308, ABKPCSM17A_03058, ABR2091_1232, ABUW_2646, ACX61_12145, APD31_17240, AUO97_13655, AYR68_06125, B7L45_12725, B9X95_15845, BAA1790NC_1298, ...遺伝子: lptA, A7M90_06575, AB945B12_03460, ABCAM1_1308, ABKPCSM17A_03058, ABR2091_1232, ABUW_2646, ACX61_12145, APD31_17240, AUO97_13655, AYR68_06125, B7L45_12725, B9X95_15845, BAA1790NC_1298, C6N18_07050, CBE85_10985, CBL15_11855, CSB70_1068, CTZ19_12250, D8O08_008535, DLI71_18810, DOL94_11450, DVA69_07650, E1A86_07710, E1A87_18595, EA686_18135, EA706_10880, EA720_004080, EA722_14830, EGM95_13940, EKS29_04650, EWO96_18090, F2P40_12435, F4T85_13200, FDN00_13585, FE003_12605, FJU36_12005, FJU42_14040, FR761_07300, G3N53_13510, GNY86_07325, GSE42_07235, H0529_08305, HB367_02715, HBK86_04580, HIN86_12575, IAG11_06185, IMO23_06220, ITE13_09135, NCTC13305_01082, NCTC13421_02501, SAMEA104305318_02787, SAMEA104305340_03609, SAMEA104305385_03383
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V5VEZ9
#2: タンパク質・ペプチド Thanatin-like derivative


分子量: 2007.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: VAN = valine capped with guanidine group, HYP = hydroxyproline, LE1 = penicillamine, DAB = diaminobutyric acid, 4FO = D-DAB
由来: (合成) Podisus maculiventris (昆虫) / 参照: UniProt: P55788
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic23D HNCO
151isotropic23D HN(COCA)CB
161isotropic23D HN(CA)CB
171isotropic13D 1H-15N NOESY
181isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
191isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1101isotropic13D HBHA(CO)NH
1111isotropic13D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 300 uM [U-13C; U-15N] A. baumannii lipopolysaccharide transport protein A (LptA) (33-164), 500 uM Thanatin analogue 7, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
詳細: 13C, 15N-labelled LptAm(33-150) / Label: LptAm_15N13C / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMA. baumannii lipopolysaccharide transport protein A (LptA) (33-164)[U-13C; U-15N]1
500 uMThanatin analogue 7none1
50 mMsodium phosphatenone1
150 mMsodium chloridenone1
試料状態イオン強度: 150 mM / Ionic strength err: 10 / Label: conditions_1 / pH: 7 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO7001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
MOE2020.09Chemical Computing Group ULC, 1010 Sherbooke St West, Suite #910, Montreal, QC, Canada, H3A 2R7, 2022精密化
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.5CCPNpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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