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- PDB-8omv: Crystal structure of the constitutively active S117E/S181E mutant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8omv
タイトルCrystal structure of the constitutively active S117E/S181E mutant of human IKK2
要素Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
キーワードTRANSFERASE / IKK / NF-kappaB / IkBa / docking
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-dependent / IkappaB kinase / IkappaB kinase activity / IKBKB deficiency causes SCID / IKBKG deficiency causes anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency (EDA-ID) (via TLR) / SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / IkappaB kinase complex / negative regulation of bicellular tight junction assembly / transferrin receptor binding / IkBA variant leads to EDA-ID ...antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-dependent / IkappaB kinase / IkappaB kinase activity / IKBKB deficiency causes SCID / IKBKG deficiency causes anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency (EDA-ID) (via TLR) / SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / IkappaB kinase complex / negative regulation of bicellular tight junction assembly / transferrin receptor binding / IkBA variant leads to EDA-ID / toll-like receptor 3 signaling pathway / CD40 receptor complex / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / regulation of establishment of endothelial barrier / regulation of phosphorylation / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / signal transduction involved in regulation of gene expression / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / interleukin-1-mediated signaling pathway / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / regulation of toll-like receptor signaling pathway / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / TRAF6 mediated NF-kB activation / canonical NF-kappaB signal transduction / stress-activated MAPK cascade / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / p75NTR recruits signalling complexes / protein maturation / NF-kB is activated and signals survival / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / protein localization to plasma membrane / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Regulation of NF-kappa B signaling / Regulation of TNFR1 signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / PKR-mediated signaling / response to virus / CLEC7A (Dectin-1) signaling / cytoplasmic side of plasma membrane / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Downstream TCR signaling / cellular response to tumor necrosis factor / T cell receptor signaling pathway / peptidyl-serine phosphorylation / ER-Phagosome pathway / scaffold protein binding / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / inflammatory response / membrane raft / protein heterodimerization activity / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / IKBKB, scaffold dimerization domain / IKBKB, scaffold dimerization domain superfamily / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / IQBAL scaffold dimerization domain / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / : / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site ...I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / IKBKB, scaffold dimerization domain / IKBKB, scaffold dimerization domain superfamily / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / IQBAL scaffold dimerization domain / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / : / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.16 Å
データ登録者McEwen, A.G. / Li, C. / Moro, S. / Poussin-Courmontagne, P. / Zanier, K.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Instruct-ERIC Center (Strasbourg Centre)PID: 11382 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-13-JSV8-0004-01 フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INSB-05-01 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of IKK catalytic dimer docking to NF-kappa B substrates.
著者: Li, C. / Moro, S. / Shostak, K. / O'Reilly, F.J. / Donzeau, M. / Graziadei, A. / McEwen, A.G. / Desplancq, D. / Poussin-Courmontagne, P. / Bachelart, T. / Fiskin, M. / Berrodier, N. / ...著者: Li, C. / Moro, S. / Shostak, K. / O'Reilly, F.J. / Donzeau, M. / Graziadei, A. / McEwen, A.G. / Desplancq, D. / Poussin-Courmontagne, P. / Bachelart, T. / Fiskin, M. / Berrodier, N. / Pichard, S. / Brillet, K. / Orfanoudakis, G. / Poterszman, A. / Torbeev, V. / Rappsilber, J. / Davey, N.E. / Chariot, A. / Zanier, K.
履歴
登録2023年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
B: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
C: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
D: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
E: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)387,0445
ポリマ－387,0445
非ポリマー00
水00
1
A: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
B: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,8182
ポリマ－154,8182
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
D: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,8182
ポリマ－154,8182
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta

E: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,8182
ポリマ－154,8182
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)226.293, 136.802, 204.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta / I-kappa-B-kinase beta / IKK-B / IKK-beta / IkBKB / I-kappa-B kinase 2 / IKK2 / Nuclear factor NF- ...I-kappa-B-kinase beta / IKK-B / IKK-beta / IkBKB / I-kappa-B kinase 2 / IKK2 / Nuclear factor NF-kappa-B inhibitor kinase beta / NFKBIKB / Serine/threonine protein kinase IKBKB


分子量: 77408.781 Da / 分子数: 5 / 変異: S177E, S181E / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 1-699 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IKBKB, IKKB / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14920, IkappaB kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris HCl pH 6.5, 10% 2-propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日
詳細: a convex prefocussing mirror and a Kirkpatrick-Baez pair of focussing mirrors
放射モノクロメーター: Channel cut crystal monochromator (Si(III)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.14→63.25 Å / Num. obs: 47432 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.99 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.275 / Rrim(I) all: 0.298 / Net I/σ(I): 3.67
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
4.14-4.399.9972780.0411.0561
4.39-4.695.14272110.1695.5671
4.69-5.062.94367110.453.1641
5.06-5.542.47662090.4882.6641
5.54-6.191.89756120.5352.0461
6.19-7.130.95249580.7961.0351
7.13-8.710.23642380.990.2541
8.71-12.20.06933020.9970.0751
12.2-63.250.06519130.9960.0731

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.16→63.25 Å / SU ML: 0.72 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 45.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2991 1018 4.97 %RANDOM
Rwork0.2571 ---
obs0.2592 20474 43.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.16→63.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25125 0 0 0 25125
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00225541
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56934491
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.3453351
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0383875
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034474
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.16-4.380.530520.3619166X-RAY DIFFRACTION3
4.38-4.650.3947210.3425589X-RAY DIFFRACTION9
4.65-5.010.3096630.29491215X-RAY DIFFRACTION19
5.01-5.520.3017880.30781885X-RAY DIFFRACTION29
5.52-6.310.40352000.32923298X-RAY DIFFRACTION52
6.31-7.950.3443060.30685811X-RAY DIFFRACTION91
7.95-63.250.26213380.21896492X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05630.03230.00440.15230.04370.00350.1285-0.1313-0.07731.0251-0.3223-0.96960.46861.2354-0.01051.60530.4278-0.56582.07730.35171.487225.478910.685882.5152
20.10240.06180.06380.49720.13950.0551-0.1380.3897-0.311-0.1084-0.30510.19850.39930.2359-0.43281.88830.48241.56882.44160.2252.998622.58347.444256.614
31.58670.4402-0.16320.1275-0.13311.0535-0.42130.4232-0.2677-0.9858-0.083-1.10590.22460.063-0.00231.25780.04770.36281.34050.60672.025227.263151.082752.7886
40.08070.43190.08370.28030.093-0.0869-0.1822-0.00910.4917-0.021-0.28690.2466-0.24920.596-0.00641.4964-0.411-0.45452.2309-0.4851.972219.390155.90853.5693
50.52560.4384-0.00690.5888-0.1430.49090.1364-0.36320.57530.51890.12640.4995-0.1808-0.22140.8119-0.4167-0.42450.48160.1292-0.2759-0.0653-47.144971.698946.4366
60.38510.1925-0.10540.096-0.2918-0.0370.4067-0.7308-0.80610.622-0.37-0.44170.41070.94-0.19660.7639-0.802-0.08591.3130.12211.1378-0.89280.819967.7931
70.0858-0.0954-0.09510.11530.14470.1393-0.1702-0.7503-0.58590.20490.1849-0.6528-0.53570.3322-0.00012.3714-0.88870.5822.9876-0.10981.749744.419462.066178.8609
80.78390.4294-0.38080.3754-0.20570.18560.45520.4133-0.0192-0.19880.68950.16990.5061-0.00430.2823.9247-1.5217-1.4333.9826-0.25562.790347.246265.3554103.8548
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100.506-0.5006-0.37750.44290.35160.2401-0.0487-0.4729-0.6543-0.05380.24350.29370.7919-0.7241-0.00023.6538-0.4570.13653.32020.36153.386712.832238.1767109.8061
110.57710.30740.30140.15350.11190.5666-0.84080.1221-1.07570.36680.40280.12621.53260.7853-0.04431.51880.68430.02952.28270.44262.243125.24399.270612.3957
120.6970.1650.27090.7091-0.09920.60770.2454-0.0952-0.14740.67010.00130.1919-0.00180.7654-0.17320.35440.4047-0.26391.41030.1550.692-12.264524.984727.6935
130.67410.1652-0.3605-0.0308-0.27380.4394-0.33320.06220.31520.49930.35180.1023-0.48050.41170.26421.10920.1396-0.22941.79050.25461.6449-21.285735.394126.7931
140.30910.1189-0.58680.4705-0.22431.07280.3496-0.71590.02770.7089-0.46-0.17390.19940.839-1.17630.7917-0.214-0.1351.2106-0.72891.4482-33.254229.013528.6987
150.168-0.1121-0.17240.4117-0.3910.77930.2339-0.22590.27-0.26220.18360.50070.1892-0.15741.9121-0.5982-0.47050.0051-0.2521-0.65660.2318-1.230896.492427.5345
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170.56360.20390.06981.3372-0.3730.783-0.32920.0256-0.0929-0.3683-0.0514-1.2460.373-0.0927-0.79310.8078-0.183-0.1660.612-0.40551.5615-51.85734.50528.038
180.599-0.3616-0.30821.01160.53390.30280.5019-0.0557-0.19570.03470.5368-0.1140.4985-0.62240.39291.1547-0.65-0.30711.67130.23560.84279.431167.59220.3929
190.0495-0.06630.01180.1786-0.0470.0705-0.12350.06810.1617-0.1449-0.1909-0.5668-0.11910.0143-1.570.64830.37810.33770.320.20850.9946-36.666148.567610.532
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 12 through 186 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 187 through 266 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 267 through 551 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 552 through 664 )
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6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 308 through 665 )
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8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 183 through 266 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 267 through 422 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 423 through 643 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 8 through 327 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 328 through 500 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 501 through 587 )
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15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 8 through 327 )
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17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 500 through 549 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 550 through 587 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 588 through 664 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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