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- PDB-8omf: Crystal structure of hKHK-C in complex with compound-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8omf
タイトルCrystal structure of hKHK-C in complex with compound-4
要素Ketohexokinase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Ketohexokinase / KHK / sugar kinase / species selectivity / isoform selectivity / inhibited
機能・相同性
機能・相同性情報


Essential fructosuria / ketohexokinase / ketohexokinase activity / Fructose catabolism / regulation of glycogen metabolic process / response to sucrose / response to fructose / fructose metabolic process / response to zinc ion / response to glucose ...Essential fructosuria / ketohexokinase / ketohexokinase activity / Fructose catabolism / regulation of glycogen metabolic process / response to sucrose / response to fructose / fructose metabolic process / response to zinc ion / response to glucose / response to insulin / extracellular exosome / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ketohexokinase / : / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
compound / Ketohexokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Ebenhoch, R. / Pautsch, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of human and mouse ketohexokinase provide a structural basis for species- and isoform-selective inhibitor design.
著者: Ebenhoch, R. / Bauer, M. / Romig, H. / Gottschling, D. / Kley, J.T. / Heine, N. / Weber, A. / Uphues, I. / Nar, H. / Pautsch, A.
履歴
登録2023年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketohexokinase
B: Ketohexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5118
ポリマ－68,1532
非ポリマー1,3586
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area24820 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)83.360, 86.890, 137.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ketohexokinase / Hepatic fructokinase


分子量: 34076.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KHK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50053, ketohexokinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-VTJ / compound


分子量: 486.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H30N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20% PEG 3350 and 0.1 mM BIS-TRIS Propane pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99995 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→60.15 Å / Num. obs: 47967 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 54.87 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.351→2.359 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.488 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1993 / CC1/2: 0.619 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→60.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU R Cruickshank DPI: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.21 / SU Rfree Blow DPI: 0.18 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.181
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2384 4.97 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.229 47967 85.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 159.98 Å2 / Biso mean: 63.33 Å2 / Biso min: 30.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8397 Å20 Å20 Å2
2---6.5906 Å20 Å2
3---2.7509 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.14→60.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4561 0 90 154 4805
Biso mean--68.77 53.69 -
残基数----598
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1651SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes815HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4742HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion587SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5209SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4742HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6432HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.48
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.22 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2406 49 5.1 %
Rwork0.2177 911 -
all0.2188 960 -
obs--16.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2523-0.0386-0.58371.43811.39363.67930.10350.05760.4048-0.3102-0.08330.1851-0.9979-0.0496-0.02020.19480.02010.0336-0.3596-0.005-0.0529-0.549411.515516.0096
21.44460.2159-0.16741.2690.30041.12360.0128-0.0909-0.3029-0.0885-0.0254-0.03980.048-0.03680.0126-0.06130.02710.0153-0.15970.0322-0.027-10.599819.558458.4437
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A3 - 298
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B-3 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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