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- PDB-8ome: Crystal structure of hKHK-A in complex with compound-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ome
タイトルCrystal structure of hKHK-A in complex with compound-4
要素Ketohexokinase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Ketohexokinase / KHK / inhibitor bound / sugar kinase / isoform selectivity
機能・相同性
機能・相同性情報


Essential fructosuria / ketohexokinase / Fructose catabolism / ketohexokinase activity / regulation of glycogen metabolic process / response to sucrose / response to fructose / fructose metabolic process / response to zinc ion / response to glucose ...Essential fructosuria / ketohexokinase / Fructose catabolism / ketohexokinase activity / regulation of glycogen metabolic process / response to sucrose / response to fructose / fructose metabolic process / response to zinc ion / response to glucose / response to insulin / extracellular exosome / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ketohexokinase / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
compound / Ketohexokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ebenhoch, R. / Pautsch, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of human and mouse ketohexokinase provide a structural basis for species- and isoform-selective inhibitor design.
著者: Ebenhoch, R. / Bauer, M. / Romig, H. / Gottschling, D. / Kley, J.T. / Heine, N. / Weber, A. / Uphues, I. / Nar, H. / Pautsch, A.
履歴
登録2023年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketohexokinase
B: Ketohexokinase
C: Ketohexokinase
D: Ketohexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,0208
ポリマ－131,0734
非ポリマー1,9474
水9,458525
1
A: Ketohexokinase
D: Ketohexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5104
ポリマ－65,5372
非ポリマー9732
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area24450 Å2
2
B: Ketohexokinase
C: Ketohexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5104
ポリマ－65,5372
非ポリマー9732
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area24080 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)66.151, 73.564, 82.685
Angle α, β, γ (deg.)82.24, 72.81, 74.23
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Ketohexokinase / Hepatic fructokinase


分子量: 32768.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KHK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50053, ketohexokinase
#2: 化合物
ChemComp-VTJ / compound


分子量: 486.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H30N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 15 % PEG 3350, 0.1 M ammonium formate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→61.3 Å / Num. obs: 81531 / % possible obs: 87.9 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.028→2.035 Å / Num. unique obs: 81531 / CC1/2: 0.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→61.3 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 --RANDOM
Rwork0.201 ---
obs-81531 87.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→61.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9141 0 140 525 9806

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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