PDB-8omd: Crystal structure of mKHK in complex with compound-4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8omd

タイトル

Crystal structure of mKHK in complex with compound-4

要素

Ketohexokinase

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Ketohexokinase / KHK / product complex / sugar kinase

機能・相同性

Ketohexokinase / : / ketohexokinase activity / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / fructose metabolic process / Ribokinase-like / compound / Ketohexokinase

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ebenhoch, R. / Pautsch, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of human and mouse ketohexokinase provide a structural basis for species- and isoform-selective inhibitor design.
著者: Ebenhoch, R. / Bauer, M. / Romig, H. / Gottschling, D. / Kley, J.T. / Heine, N. / Weber, A. / Uphues, I. / Nar, H. / Pautsch, A.

履歴

登録	2023年3月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8omd.cif.gz	465.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8omd.ent.gz	384.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8omd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8omd_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8omd_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8omd_validation.xml.gz	44.7 KB	表示
CIF形式データ	8omd_validation.cif.gz	61.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/8omd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/8omd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8omeC 8omfC 8omgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ketohexokinase

B: Ketohexokinase

C: Ketohexokinase

D: Ketohexokinase

ヘテロ分子

141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ketohexokinase

C: Ketohexokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
70.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ketohexokinase

D: Ketohexokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
70.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.420, 55.604, 136.632
Angle α, β, γ (deg.)	91.40, 93.10, 115.34
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Ketohexokinase 分子量: 34650.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Khk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J9YU79
#2: 化合物	ChemComp-VTJ / compound 分子量: 486.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₀N₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.49 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 36 % MPD, 7.5 % PEG 8000, 0.1 M MES pH 5.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.92 Å / Num. obs: 80891 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 4.8
反射シェル	解像度: 2→2.02 Å / R_merge(I) obs: 0.721 / Num. unique obs: 1618 / CC_1/2: 0.707

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
BUSTER	精密化
Aimless	データスケーリング
XDS	データ削減
BALBES	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→47.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.913 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU R Cruickshank DPI: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.213 / SU R_free Blow DPI: 0.178 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.185

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.266	4085	5.05 %	RANDOM
R_work	0.235	-	-	-
obs	0.237	80891	95.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.4091 Å²	-0.8142 Å²	-0.4633 Å²
2-	-	-3.3487 Å²	-1.7724 Å²
3-	-	-	5.7578 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→47.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9111	0	140	283	9534

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	9435	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.07	12784	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3328	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1622	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		9435	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.98
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.6
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1171	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		10696	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2→2.02 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1976	-	4.64 %
R_work	0.1991	1543	-
all	0.199	1618	-
obs	-	-	85.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6623	0.054	-0.3971	0.4453	-0.2064	2.3265	0.0443	-0.0318	0.0968	-0.0008	-0.0339	-0.023	-0.0708	0.0866	-0.0104	-0.1301	-0.0181	-0.0179	-0.1571	0.0197	0.0685	-20.3578	-29.7607	-52.5906
2	0.5474	-0.0244	0.2833	0.4552	-0.1293	2.173	0.0509	0.0365	-0.0578	-0.0052	-0.0338	-0.0134	0.0417	0.0784	-0.0171	-0.1148	0	-0.0193	-0.1581	0.0172	0.0649	-44.0164	-47.1584	-86.0274
3	1.6829	0.2768	-0.2004	1.0595	-0.4073	1.4505	-0.0301	-0.1186	-0.1179	-0.0002	0.0082	0.0177	0.1397	0.0074	0.0219	-0.1348	-0.01	-0.0051	-0.1995	0.0088	0.042	-38.4078	-50.9424	-19.6696
4	1.3658	-0.1574	0.0026	0.8597	-0.1791	1.1504	-0.0418	0.1028	0.168	-0.0373	-0.0076	-0.0315	-0.1215	-0.0158	0.0495	-0.1242	-0.0049	-0.0245	-0.1909	0.0167	0.0698	-62.0568	-26.0104	-118.9464
5	0.0363	-0.0215	0.0418	-0.0208	0.079	0.1708	0.0293	0.0399	-0.0173	0.0183	-0.0186	-0.07	-0.012	0.1339	-0.0107	-0.1114	-0.0287	-0.0374	-0.0826	0.0726	0.1916	-30.6633	-38.4499	-69.2747

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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