PDB-8oll: Staphylococcus aureus ClpP in complex with the natural product be...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oll

タイトル

Staphylococcus aureus ClpP in complex with the natural product beta-lactone inhibitor Cystargolide A at 2.7 A resolution

要素

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

キーワード

HYDROLASE / anti-virulence / caseinolytic protease / inhibitor / natural product / mode of action

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase Clp / ATP-dependent peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Illigmann, A. / Vielberg, M.-T. / Lakemeyer, M. / Wolf, F. / Staudt, N. / Dema, T. / Stange, P. / Malik, I. / Grond, S. / Sieber, S.A. ...

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Structure of Staphylococcus aureus ClpP Bound to the Covalent Active-Site Inhibitor Cystargolide A.
著者: Illigmann, A. / Vielberg, M.T. / Lakemeyer, M. / Wolf, F. / Dema, T. / Stange, P. / Kuttenlochner, W. / Liebhart, E. / Kulik, A. / Staudt, N.D. / Malik, I. / Grond, S. / Sieber, S.A. / ...

履歴

登録	2023年3月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8oll_validation.pdf.gz	7.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oll_full_validation.pdf.gz	7.9 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/8oll ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/8oll	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8olrC 8r03C 8r04C 8r05C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

O: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

P: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

Q: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

R: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

S: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

T: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

U: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

V: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

W: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

X: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

Y: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

Z: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

a: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

b: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

643 kDa, 28 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
321 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

O: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

P: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

Q: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

R: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

S: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

T: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

U: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

V: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

W: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

X: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

Y: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

Z: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

a: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

b: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
321 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.410, 109.730, 173.610
Angle α, β, γ (deg.)	110.09, 89.44, 108.80
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	... ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp 分子量: 22578.680 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: clpP, SAR0823 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6GIM3, endopeptidase Clp
#2: 化合物	... ChemComp-VSZ / Cystargolide A (bound) / (2S,3S)-2-[[(2S)-2-[[(2R,3S)-3-methanoyl-4-methyl-2-oxidanyl-pentanoyl]amino]-3-methyl-butanoyl]amino]-3-methyl-pentanoic acid 分子量: 372.456 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₂N₂O₆ / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium citrate, 20% PEG3350 / PH範囲: 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 157322 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 16383 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 40.286 / SU ML: 0.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.393 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25827	7862	5 %	RANDOM
R_work	0.22438	-	-	-
obs	0.23116	149373	91.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.41 Å²	-1.72 Å²	-1.93 Å²
2-	-	-1.84 Å²	3.64 Å²
3-	-	-	2.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	39781	0	728	285	40794

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	41014
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	39272
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.082	1.989	55415
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.227	3.008	91192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.482	5	5102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.244	25.543	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.079	15	7374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.651	15	206
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	6543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	45067
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	7355
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.134	7.585	20570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.134	7.585	20569
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.442	11.358	25618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.442	11.359	25619
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.962	7.72	20444
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.962	7.72	20445
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.415	11.538	29798
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.033	7.72	161126
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.972	7.72	161076
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.787	3	80286
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	85.296	5	192
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	24.18	5	79874

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.361	584	-
R_work	0.348	11092	-
obs	-	-	91.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0382	0.0348	0.0237	0.0708	0.012	0.0183	0.0001	0.0041	-0.0005	0.003	-0.0097	-0.0226	-0.0041	-0.0018	0.0096	0.1062	0.0167	0.035	0.1519	-0.0249	0.0486	-6.2036	49.1903	-51.1225
2	0.0026	-0.0036	0.0021	0.109	-0.0245	0.0118	-0.0118	-0.0079	0.0012	0.0224	0.0047	-0.0073	-0.0046	-0.0145	0.0071	0.1059	0.0214	0.0391	0.1537	-0.0348	0.0365	-17.1192	41.4146	-29.0989
3	0.0899	-0.0078	0.0021	0.0923	-0.0073	0.0021	-0.0107	-0.0021	0.0267	0.0346	0.0069	-0.0021	0.009	-0.0047	0.0038	0.1227	0.0226	0.0291	0.1501	-0.0456	0.0345	-6.1727	33.1967	-7.3015
4	0.0108	0.0164	-0.0109	0.042	-0.0234	0.0141	-0.0013	-0.0052	0.0053	0.0192	-0.0012	-0.0103	-0.0037	-0.0028	0.0026	0.1291	0.023	0.0141	0.1409	-0.0496	0.0449	19.2631	30.168	-1.8306
5	0.0273	-0.0178	0.0394	0.0745	-0.0049	0.0758	-0.0123	0.0001	0.015	0.0181	0.0079	-0.0109	-0.0049	-0.0073	0.0045	0.1157	0.0184	0.0162	0.1441	-0.0326	0.0665	41.2064	33.4578	-17.6419
6	0.0148	-0.003	0.002	0.0123	-0.0165	0.0313	-0.0075	0.002	0.0052	0.0086	-0.0029	-0.0189	-0.0073	0.0018	0.0104	0.105	0.016	0.0253	0.1497	-0.0236	0.0787	40.2673	42.7838	-42.96
7	0.0727	-0.0141	0.0299	0.0285	-0.021	0.0438	-0.0094	0.0077	0.0206	0.0081	-0.0104	-0.0274	-0.0008	0.0098	0.0198	0.1044	0.02	0.0394	0.1544	-0.0226	0.0621	18.9239	49.625	-57.5925
8	0.0766	0.0218	0.0192	0.046	0.0455	0.0479	-0.0081	0.0035	-0.0003	-0.0035	0.0067	-0.0083	-0.005	0.0022	0.0014	0.1175	0.0187	0.0282	0.1464	-0.0324	0.0459	36.3724	-11.4253	-31.0794
9	0.0898	-0.0473	-0.0329	0.0287	0.0124	0.025	-0.0023	0.0002	0.0027	0.0058	0.0103	-0.0029	0.0062	-0.0043	-0.008	0.1214	0.0163	0.028	0.1468	-0.0365	0.0353	14.7702	-15.0742	-17.1346
10	0.0901	-0.0316	0.0449	0.0119	-0.0159	0.0234	-0.0034	0.0049	0.0002	-0	-0.0006	-0.0031	0.0023	-0.0082	0.004	0.1148	0.0163	0.0456	0.1523	-0.0324	0.0343	-10.0568	-11.4479	-24.9129
11	0.0019	0.0013	-0.0069	0.1554	-0.0484	0.0392	0.003	0.0038	0.0015	-0.0085	0.0025	0.0131	0.0037	-0.0047	-0.0055	0.111	0.0142	0.0301	0.153	-0.0316	0.0366	-19.599	-2.8742	-47.8401
12	0.0232	0.0007	0.0017	0.1186	0.0394	0.0141	0.0046	0.0196	-0.008	-0.0142	-0.0077	0.0002	0.0055	0.001	0.0031	0.1169	0.0168	0.036	0.1545	-0.0383	0.0243	-6.35	4.3242	-69.1869
13	0.0205	-0.0122	0.0144	0.1155	-0.0302	0.0451	0.0167	0.0214	0.007	0.0001	-0.0093	0.0007	0.022	0.007	-0.0074	0.1072	0.0222	0.0495	0.1574	-0.0354	0.0426	20.1183	4.7752	-72.695
14	0.0753	0.0185	-0.0157	0.0186	0.0085	0.0171	-0.0078	0.0092	0.0015	-0.0068	0.0072	-0.0073	-0.0031	0.0044	0.0007	0.1083	0.0193	0.0391	0.1483	-0.0323	0.0503	39.0827	-2.5008	-55.5344
15	0.0136	-0.0229	0.025	0.0398	-0.0449	0.0521	0.0122	0.0054	0.0022	-0.0078	-0.0165	-0.0005	0.0076	0.0417	0.0043	0.0921	0.0224	0.0532	0.1773	-0.0227	0.0381	-3.8785	-22.1936	23.3618
16	0.0375	0.0173	0.0281	0.0202	0.0344	0.0616	-0.0023	-0.0036	-0.0083	-0.0119	0.0054	-0.0032	-0.0062	0.0186	-0.0031	0.1135	0.0195	0.0405	0.1524	-0.0306	0.0351	-3.9583	-34.1001	47.1897
17	0.0795	-0.0214	0.0212	0.0064	-0.0056	0.0439	0.0115	-0.0186	-0.0284	-0.0043	0.0134	0.0048	0.0171	-0.0099	-0.0249	0.1098	0.0133	0.034	0.1504	-0.0203	0.0457	-24.1159	-45.6221	59.9648
18	0.0941	-0.0553	-0.0537	0.0522	0.0062	0.0683	0.0154	-0.0048	-0.0151	-0.0303	-0.0034	0.0324	0.0321	-0.0075	-0.012	0.095	-0.0019	0.0263	0.1627	-0.0036	0.0699	-49.6944	-47.9235	52.6944
19	0.0314	-0.0452	0.0251	0.0907	-0.0334	0.0235	0.0108	0.0142	-0.0196	0.0084	0.0137	0.0087	-0	0.0005	-0.0245	0.1071	0.0123	0.0295	0.1501	-0.012	0.0636	-60.8146	-39.6683	29.9128
20	0.0193	-0.0359	-0.0011	0.1464	-0.0059	0.0043	0.002	0.0008	-0.0099	-0.0214	0.0065	0.0182	0.0035	0.0036	-0.0085	0.1135	0.0103	0.0282	0.1504	-0.0273	0.04	-49.525	-26.8146	9.5034
21	0.0504	0.0072	0.0597	0.1793	-0.0157	0.0805	0.0158	-0.0012	0.0033	-0.0135	-0.0052	0.0184	0.0184	0.028	-0.0106	0.1096	0.0144	0.0472	0.1567	-0.0198	0.0291	-24.2952	-18.8865	6.5717
22	0.0594	0.0101	0.0815	0.3617	-0.0544	0.1386	-0.0294	-0.0385	-0.0188	0.0126	0.0392	0.0141	-0.0228	-0.0426	-0.0098	0.0577	0.0229	0.0533	0.1791	-0.0179	0.0587	-71.1163	-0.3433	52.9233
23	0.0102	-0.0177	-0.006	0.0656	0.043	0.0341	-0.0152	-0.0318	-0.0075	0.0021	0.0216	0.0044	-0.0165	-0.0093	-0.0064	0.0896	0.0172	0.0606	0.1843	-0.0129	0.0448	-57.1567	-6.9666	74.4146
24	0.0108	-0.0303	0.0104	0.1385	0.0032	0.0345	-0.0058	-0.0107	-0.001	0.0134	0.0111	0.0062	-0.0087	0.0031	-0.0053	0.1138	0.0169	0.0389	0.1593	-0.0321	0.0226	-31.5453	-3.3007	79.9173
25	0.0233	0.0135	-0.0008	0.0385	-0.034	0.0392	-0.0144	-0.0004	0.0104	0.0067	-0.0031	-0.0053	-0.0007	0.0077	0.0175	0.1186	0.014	0.0269	0.1474	-0.0332	0.0347	-12.7456	8.6194	65.0208
26	0.011	-0.0034	0.0129	0.0016	-0.0057	0.0358	-0.0084	0.0021	0.0068	-0.0015	0.0027	-0.0054	-0.0118	0.0164	0.0057	0.1222	0.0081	0.025	0.1548	-0.0276	0.0485	-15.4017	19.844	40.9475
27	0.0903	0.0366	-0.0035	0.0329	-0.0131	0.0082	-0.0093	0.0086	-0.0012	0.0097	-0	-0.0109	-0.0119	-0.0055	0.0093	0.1284	0.015	0.0269	0.149	-0.0307	0.0272	-37.56	21.8394	26.0036
28	0.0443	-0.0038	0.042	0.1436	0.0443	0.0592	-0.0237	-0.0154	0.0062	-0.0001	0.0028	0.0222	-0.0079	-0.0076	0.021	0.0966	0.0176	0.0332	0.1511	-0.0327	0.038	-62.0894	12.9451	31.4166

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 193
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 193
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 193
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	18 - 192
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	4 - 193
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	4 - 193
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	3 - 193
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	2 - 195
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	2 - 193
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	3 - 192
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	3 - 193
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	3 - 192
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	4 - 193
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	4 - 193
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	3 - 193
17	X-RAY DIFFRACTION	17	Q	3 - 193
18	X-RAY DIFFRACTION	18	R	3 - 193
19	X-RAY DIFFRACTION	19	S	4 - 193
20	X-RAY DIFFRACTION	20	T	4 - 193
21	X-RAY DIFFRACTION	21	U	4 - 193
22	X-RAY DIFFRACTION	22	V	4 - 192
23	X-RAY DIFFRACTION	23	W	3 - 193
24	X-RAY DIFFRACTION	24	X	3 - 193
25	X-RAY DIFFRACTION	25	Y	4 - 192
26	X-RAY DIFFRACTION	26	Z	4 - 193
27	X-RAY DIFFRACTION	27	a	4 - 193
28	X-RAY DIFFRACTION	28	b	3 - 192

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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