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- PDB-8olj: Crystal structure of Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein repre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8olj
タイトルCrystal structure of Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein representing N-L1-L2 domains
要素Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein representing N-L1-L2 domains
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Protein-nucleic acid interactions / Argonaute / pAgo / guide and target specificity / PROTEIN BINDING
機能・相同性ACETIC ACID / ISOPROPYL ALCOHOL / : / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Archaeoglobus fulgidus DSM 8774 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Manakova, E.N. / Zaremba, M. / Grazulis, S.
資金援助リトアニア, European Union, 2件
組織認可番号国
Research Council of LithuaniaS-MIP-20-37リトアニア
iNEXTH2020 Grant # 653706European Union
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: The missing part: the Archaeoglobus fulgidus Argonaute forms a functional heterodimer with an N-L1-L2 domain protein.
著者: Elena Manakova / Edvardas Golovinas / Reda Pocevičiūtė / Giedrius Sasnauskas / Arunas Silanskas / Danielis Rutkauskas / Marija Jankunec / Evelina Zagorskaitė / Edvinas Jurgelaitis / ...著者: Elena Manakova / Edvardas Golovinas / Reda Pocevičiūtė / Giedrius Sasnauskas / Arunas Silanskas / Danielis Rutkauskas / Marija Jankunec / Evelina Zagorskaitė / Edvinas Jurgelaitis / Algirdas Grybauskas / Česlovas Venclovas / Mindaugas Zaremba
要旨: Argonaute (Ago) proteins are present in all three domains of life (bacteria, archaea and eukaryotes). They use small (15-30 nucleotides) oligonucleotide guides to bind complementary nucleic acid ...Argonaute (Ago) proteins are present in all three domains of life (bacteria, archaea and eukaryotes). They use small (15-30 nucleotides) oligonucleotide guides to bind complementary nucleic acid targets and are responsible for gene expression regulation, mobile genome element silencing, and defence against viruses or plasmids. According to their domain organization, Agos are divided into long and short Agos. Long Agos found in prokaryotes (long-A and long-B pAgos) and eukaryotes (eAgos) comprise four major functional domains (N, PAZ, MID and PIWI) and two structural linker domains L1 and L2. The majority (∼60%) of pAgos are short pAgos, containing only the MID and inactive PIWI domains. Here we focus on the prokaryotic Argonaute AfAgo from Archaeoglobus fulgidus DSM4304. Although phylogenetically classified as a long-B pAgo, AfAgo contains only MID and catalytically inactive PIWI domains, akin to short pAgos. We show that AfAgo forms a heterodimeric complex with a protein encoded upstream in the same operon, which is a structural equivalent of the N-L1-L2 domains of long pAgos. This complex, structurally equivalent to a long PAZ-less pAgo, outperforms standalone AfAgo in guide RNA-mediated target DNA binding. Our findings provide a missing piece to one of the first and the most studied pAgos.
履歴
登録2023年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein representing N-L1-L2 domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,87720
ポリマ－30,5761
非ポリマー1,30119
水4,774265
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint33 kcal/mol
Surface area13010 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)75.264, 75.264, 94.722
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-317-

K

21B-402-

HOH

31B-661-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 B

#1: タンパク質 Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein representing N-L1-L2 domains


分子量: 30575.756 Da / 分子数: 1 / 変異: N-terminal His tag / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 8774 (古細菌)
遺伝子: AFULGI_00014290 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A075WKW4

-
非ポリマー , 6種, 284分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.12 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein concentration 4.1 mg/ml. Reservoir: TrisHCl pH 8.0 0.05 M; iPrOH 27%; ammonium acetate 0.11 M; Bicine pH 9.0 0.05 M. Cryo-protection: short wash in 0.16 M Ammonium acetate; 0.08 M ...詳細: Protein concentration 4.1 mg/ml. Reservoir: TrisHCl pH 8.0 0.05 M; iPrOH 27%; ammonium acetate 0.11 M; Bicine pH 9.0 0.05 M. Cryo-protection: short wash in 0.16 M Ammonium acetate; 0.08 M TrisHCl pH 8.5; 24% iPrOH; Glycerol 20%
PH範囲: 8-9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→94.72 Å / Num. obs: 61624 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 19.676 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.049 / Χ2: 0.97 / Net I/av σ(I): 6.6 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.908 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3045 / CC1/2: 0.81 / Rpim(I) all: 0.331 / Rrim(I) all: 0.967 / Χ2: 0.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180126データ削減
Aimlessversion 0.7.2データスケーリング
MOLREPVers 11.6.04位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→53.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17772 6208 10.1 %RANDOM
Rwork0.14458 ---
obs0.1479 55371 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.532 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å2-0 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.4→53.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1926 0 81 265 2272
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0122199
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.642984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3525270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.35823.889108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.85915397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.05158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3131.9351028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9972.911314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8482.5061171
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.03130.6193447
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.10232199
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 475 -
Rwork0.247 4031 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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