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- PDB-8ok9: Heterodimeric complex of Archaeoglobus fulgidus Argonaute protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ok9
タイトルHeterodimeric complex of Archaeoglobus fulgidus Argonaute protein Af1318 (AfAgo) with DNA and AfAgo-N protein containing N-L1-L2 domains
要素
  • Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*TP*AP*CP*G)-3')
  • Piwi protein AF_1318
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Protein-nucleic acid interactions / Argonaute / pAgo / guide and target specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized protein / Piwi protein
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Manakova, E.N. / Zaremba, M.
資金援助リトアニア, European Union, 2件
組織認可番号国
Research Council of LithuaniaS-MIP-20-37リトアニア
iNEXTH2020 Grant # 653706European Union
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: The missing part: the Archaeoglobus fulgidus Argonaute forms a functional heterodimer with an N-L1-L2 domain protein.
著者: Elena Manakova / Edvardas Golovinas / Reda Pocevičiūtė / Giedrius Sasnauskas / Arunas Silanskas / Danielis Rutkauskas / Marija Jankunec / Evelina Zagorskaitė / Edvinas Jurgelaitis / ...著者: Elena Manakova / Edvardas Golovinas / Reda Pocevičiūtė / Giedrius Sasnauskas / Arunas Silanskas / Danielis Rutkauskas / Marija Jankunec / Evelina Zagorskaitė / Edvinas Jurgelaitis / Algirdas Grybauskas / Česlovas Venclovas / Mindaugas Zaremba
要旨: Argonaute (Ago) proteins are present in all three domains of life (bacteria, archaea and eukaryotes). They use small (15-30 nucleotides) oligonucleotide guides to bind complementary nucleic acid ...Argonaute (Ago) proteins are present in all three domains of life (bacteria, archaea and eukaryotes). They use small (15-30 nucleotides) oligonucleotide guides to bind complementary nucleic acid targets and are responsible for gene expression regulation, mobile genome element silencing, and defence against viruses or plasmids. According to their domain organization, Agos are divided into long and short Agos. Long Agos found in prokaryotes (long-A and long-B pAgos) and eukaryotes (eAgos) comprise four major functional domains (N, PAZ, MID and PIWI) and two structural linker domains L1 and L2. The majority (∼60%) of pAgos are short pAgos, containing only the MID and inactive PIWI domains. Here we focus on the prokaryotic Argonaute AfAgo from Archaeoglobus fulgidus DSM4304. Although phylogenetically classified as a long-B pAgo, AfAgo contains only MID and catalytically inactive PIWI domains, akin to short pAgos. We show that AfAgo forms a heterodimeric complex with a protein encoded upstream in the same operon, which is a structural equivalent of the N-L1-L2 domains of long pAgos. This complex, structurally equivalent to a long PAZ-less pAgo, outperforms standalone AfAgo in guide RNA-mediated target DNA binding. Our findings provide a missing piece to one of the first and the most studied pAgos.
履歴
登録2023年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Piwi protein AF_1318
C: Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein
R: DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*TP*AP*CP*G)-3')
S: DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,63820
ポリマ－90,6554
非ポリマー98316
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, SEC-SAXS experiment, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9330 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area30230 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)81.714, 105.893, 144.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Piwi protein AF_1318 / AfAgo / AfPiwi / PIWI/MID domain protein


分子量: 50921.121 Da / 分子数: 1 / 断片: Arhaeoglobus fulgidus Argonaute protein / 変異: N-terminal His tag / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
株: DSM 4304 / 遺伝子: AF_1318 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O28951
#2: タンパク質 Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein


分子量: 30575.756 Da / 分子数: 1 / 変異: N-terminal His tag / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
株: DSM 8774 / 遺伝子: AFULGI_00014290 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A075WKW4

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DNA鎖 , 1種, 2分子 RS

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*TP*AP*CP*G)-3')


分子量: 4578.987 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 216分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.45 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: BisTris pH 5.5 0.1 M;Ammonium acetate 0.1 M; PEG10k 8%; cryo-cooling with addition of ethylene glycol to 30 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.01 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.01 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→144.35 Å / Num. obs: 44100 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 64.922 Å2 / CC1/2: 0.999 / R split: 0.023 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 1.02 / Net I/av σ(I): 9.3 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.55 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique obs: 4576 / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.167 / Rrim(I) all: 0.446 / Χ2: 1.01 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
XDSVERSION Jun 17, 2015データ削減
Aimlessversion 0.7.2 : 27/05/18データスケーリング
MOLREPversion 6.1 : 23/01/06位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→64.69 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2269 4216 10.08 %Random selection
Rwork0.1981 ---
obs0.201 41834 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.56 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 60.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→64.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5456 471 64 200 6191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8768458
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6462338
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059924
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005994
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5-2.530.267829011.480.27462524100
2.53-2.560.32992890.27342511100
2.56-2.590.29842730.26642517100
2.59-2.620.33013280.26262462100
2.62-2.660.30982600.26672508100
2.66-2.690.28042750.24862521100
2.69-2.730.30172810.25112548100
2.73-2.770.30072910.24552467100
2.77-2.820.26872930.24662506100
2.82-2.860.29632520.24522515100
2.86-2.910.29042690.24012535100
2.91-2.960.27523010.24512451100
2.96-3.020.28222570.23492556100
3.02-3.080.27882840.25422490100
3.08-3.150.29732900.23772508100
3.15-3.220.30992650.23592516100
3.22-3.30.24882610.22432555100
3.3-3.390.2622600.22142501100
3.39-3.490.25743130.21432460100
3.49-3.610.25232490.20072569100
3.61-3.730.24922940.20212502100
3.73-3.880.22452530.18592538100
3.88-4.060.1782850.17752517100
4.06-4.270.18573060.16312471100
4.27-4.540.17922870.14792499100
4.54-4.890.16813260.15172450100
4.89-5.390.17962710.16862523100
5.39-6.160.21782770.19692505100
6.16-7.760.2032840.18882499100
7.76-64.690.1822680.1693251299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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