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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8olh | ||||||
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タイトル | Y345F Variant of Dye Type Peroxidase Aa (DtpAa) from Streptomyces lividans | ||||||
![]() | Deferrochelatase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Heme peroxidase / dye-decolourising peroxidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() iron import into cell / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / lyase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lucic, M. / Worrall, J.A.R. / Hough, M.A. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Y345F Variant of Dye Type Peroxidase Aa (DtpAa) from Streptomyces lividans 著者: Lucic, M. / Worrall, J.A.R. / Hough, M.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 333 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 267.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8olpC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44233.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SLI_2602 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A7U9DT46 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.13 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1:1 RATIO OF 15 MG/ML PROTEIN SOLUTION WITH A PRECIPITANT SOLUTION CONTAINING 20% PEG 6000, 100 MM HEPES PH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.23→70.32 Å / Num. obs: 191400 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.23→1.25 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.944 / Num. unique obs: 7299 / CC1/2: 0.357 / Rpim(I) all: 0.836 / Rrim(I) all: 1.267 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.368 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.23→70.32 Å
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拘束条件 |
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