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万見
- PDB-8olc: SA11 Rotavirus Trypsinized Triple Layered Particle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8olc
タイトルSA11 Rotavirus Trypsinized Triple Layered Particle
要素
  • Inner capsid protein VP2
  • Intermediate capsid protein VP6
  • Outer capsid glycoprotein VP7
キーワードVIRUS / Rotavirus / dsRNA virus
機能・相同性
機能・相同性情報


viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / T=2 icosahedral viral capsid / T=13 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral outer capsid / viral nucleocapsid / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope ...viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / T=2 icosahedral viral capsid / T=13 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral outer capsid / viral nucleocapsid / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / structural molecule activity / RNA binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP2 / Rotavirus VP2 protein / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Virus capsid protein, alpha-helical / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid glycoprotein VP7 / Inner capsid protein VP2 / Intermediate capsid protein VP6
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Asensio-Cob, D. / Perez-Mata, C. / Gomez-Blanco, J. / Vargas, J. / Rodriguez, J.M. / Luque, D.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesISCIII-AESI PI20CIII/00014 スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of rotavirus spike proteolytic activation
著者: Asensio-Cob, D. / Perez-Mata, C. / Gomez-Blanco, J. / Vargas, J. / Rodriguez, J.M. / Luque, D.
履歴
登録2023年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
c: Outer capsid glycoprotein VP7
d: Outer capsid glycoprotein VP7
e: Outer capsid glycoprotein VP7
f: Outer capsid glycoprotein VP7
g: Outer capsid glycoprotein VP7
h: Outer capsid glycoprotein VP7
i: Outer capsid glycoprotein VP7
j: Outer capsid glycoprotein VP7
k: Outer capsid glycoprotein VP7
l: Outer capsid glycoprotein VP7
m: Outer capsid glycoprotein VP7
n: Outer capsid glycoprotein VP7
o: Outer capsid glycoprotein VP7
C: Intermediate capsid protein VP6
D: Intermediate capsid protein VP6
E: Intermediate capsid protein VP6
F: Intermediate capsid protein VP6
G: Intermediate capsid protein VP6
H: Intermediate capsid protein VP6
I: Intermediate capsid protein VP6
J: Intermediate capsid protein VP6
K: Intermediate capsid protein VP6
L: Intermediate capsid protein VP6
M: Intermediate capsid protein VP6
N: Intermediate capsid protein VP6
O: Intermediate capsid protein VP6
A: Inner capsid protein VP2
B: Inner capsid protein VP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,277,02169
ポリマ－1,273,44028
非ポリマー3,58141
水00
1
c: Outer capsid glycoprotein VP7
d: Outer capsid glycoprotein VP7
e: Outer capsid glycoprotein VP7
f: Outer capsid glycoprotein VP7
g: Outer capsid glycoprotein VP7
h: Outer capsid glycoprotein VP7
i: Outer capsid glycoprotein VP7
j: Outer capsid glycoprotein VP7
k: Outer capsid glycoprotein VP7
l: Outer capsid glycoprotein VP7
m: Outer capsid glycoprotein VP7
n: Outer capsid glycoprotein VP7
o: Outer capsid glycoprotein VP7
C: Intermediate capsid protein VP6
D: Intermediate capsid protein VP6
E: Intermediate capsid protein VP6
F: Intermediate capsid protein VP6
G: Intermediate capsid protein VP6
H: Intermediate capsid protein VP6
I: Intermediate capsid protein VP6
J: Intermediate capsid protein VP6
K: Intermediate capsid protein VP6
L: Intermediate capsid protein VP6
M: Intermediate capsid protein VP6
N: Intermediate capsid protein VP6
O: Intermediate capsid protein VP6
A: Inner capsid protein VP2
B: Inner capsid protein VP2
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,621,2834140
ポリマ－76,406,4141680
非ポリマー214,8692460
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
point symmetry operation59

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要素

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タンパク質 , 3種, 28分子 cdefghijklmnoCDEFGHIJKLMNOAB

#1: タンパク質
Outer capsid glycoprotein VP7 / Inner capsid protein VP7


分子量: 37222.602 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Outer capsid glycoprotein VP7 / 由来: (組換発現) Rotavirus (ウイルス) / 遺伝子: VP7, VP1 / 細胞株 (発現宿主): MA104 / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: A0A060IEQ1
#2: タンパク質
Intermediate capsid protein VP6 / Inner capsid protein VP6


分子量: 44910.738 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Intermediate capsid protein VP6 / 由来: (組換発現) Rotavirus (ウイルス) / 遺伝子: VP6 / 細胞株 (発現宿主): MA104 / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: A2T3S6
#3: タンパク質 Inner capsid protein VP2 / Inner core protein


分子量: 102853.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Inner core protein / 由来: (組換発現) Rotavirus (ウイルス) / 遺伝子: VP2 / 細胞株 (発現宿主): MA104 / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: A2T3R1

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糖 , 1種, 10分子

#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 31分子

#4: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Rotavirus A / タイプ: VIRUS / 詳細: Rotavirus SA11 Trypsinized TLP / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL
分子量値: 92 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Rotavirus A (ロタウイルス A) / 株: SA11
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Chlorocebus aethiops
ウイルス殻名称: TLP / 直径: 1000 nm
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 58000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 39.9 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 2368

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Xmipp粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 28427
3次元再構成解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22394 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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