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- PDB-8ojh: Crystal structure of human CRBN-DDB1 in complex with compound 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ojh
タイトルCrystal structure of human CRBN-DDB1 in complex with compound 4
要素
  • DNA damage-binding protein 1
  • Protein cereblon
キーワードPROTEIN BINDING / E3-ligase / Degradation / Glue / Protac
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / WD40-repeat domain binding ...negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / WD40-repeat domain binding / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / locomotory exploration behavior / cullin family protein binding / viral release from host cell / positive regulation of Wnt signaling pathway / ectopic germ cell programmed cell death / proteasomal protein catabolic process / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of gluconeogenesis / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / positive regulation of protein-containing complex assembly / regulation of circadian rhythm / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual Incision in GG-NER / Wnt signaling pathway / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / Neddylation / protein-macromolecule adaptor activity / site of double-strand break / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / Potential therapeutics for SARS / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / DNA repair / DNA damage response / protein-containing complex binding / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon protease, N-terminal domain superfamily / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal ...Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon protease, N-terminal domain superfamily / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / : / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / CPSF A subunit region / PUA-like superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VP9 / DNA damage-binding protein 1 / Protein cereblon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Cabry, M.P. / Le Bihan, Y.-V. / van Montfort, R.L.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC309/A11566 英国
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2023
タイトル: A Degron Blocking Strategy Towards Improved CRL4 CRBN Recruiting PROTAC Selectivity.
著者: Bouguenina, H. / Scarpino, A. / O'Hanlon, J.A. / Warne, J. / Wang, H.Z. / Wah Hak, L.C. / Sadok, A. / McAndrew, P.C. / Stubbs, M. / Pierrat, O.A. / Hahner, T. / Cabry, M.P. / Le Bihan, Y.V. / ...著者: Bouguenina, H. / Scarpino, A. / O'Hanlon, J.A. / Warne, J. / Wang, H.Z. / Wah Hak, L.C. / Sadok, A. / McAndrew, P.C. / Stubbs, M. / Pierrat, O.A. / Hahner, T. / Cabry, M.P. / Le Bihan, Y.V. / Mitsopoulos, C. / Sialana, F.J. / Roumeliotis, T.I. / Burke, R. / van Montfort, R.L.M. / Choudhari, J. / Chopra, R. / Caldwell, J.J. / Collins, I.
履歴
登録2023年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA damage-binding protein 1
B: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,81213
ポリマ－174,8842
非ポリマー92711
水6,215345
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area60950 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)72.016, 128.595, 198.454
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 128139.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1 / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16531
#2: タンパク質 Protein cereblon


分子量: 46744.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN, AD-006 / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96SW2

-
非ポリマー , 4種, 356分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-VP9 / 4-azanyl-2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-7-methoxy-isoindole-1,3-dione


分子量: 303.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.8 microliter of CRBN-DDB1 complex at 25 mg/mL (including 1 mM compound and 2 % DMSO final) plus 0.8 microliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M Hepes pH 8.2, 0.2 M NaCl and ...詳細: 0.8 microliter of CRBN-DDB1 complex at 25 mg/mL (including 1 mM compound and 2 % DMSO final) plus 0.8 microliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M Hepes pH 8.2, 0.2 M NaCl and 10-16 % PEG Smear Medium, plus 0.2 microliter of seeds (established from the same conditions), against 500 microliter of crystallisation solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→49.61 Å / Num. obs: 50451 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 71.56 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.289 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.301 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 626437 / Scaling rejects: 1198
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.72-2.8112.42.645636545520.4290.7792.7541100
10.88-49.6110.80.12797619050.9810.0410.13417.399

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.4 (21-NOV-2022)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.72→49.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU R Cruickshank DPI: 0.883 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.992 / SU Rfree Blow DPI: 0.326 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.328
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2541 2535 5.03 %RANDOM
Rwork0.2087 ---
obs0.211 50348 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 155.49 Å2 / Biso mean: 64.38 Å2 / Biso min: 28.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8987 Å20 Å20 Å2
2---4.1882 Å20 Å2
3---3.2895 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.72→49.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10925 0 63 345 11333
Biso mean--58.78 53.29 -
残基数----1487
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3691SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1934HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11292HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1563SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies12HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8365SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d11292HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg15343HARMONIC20.92
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.66
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.2
LS精密化 シェル解像度: 2.72→2.74 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3468 53 5.26 %
Rwork0.3001 954 -
all0.3024 1007 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2469-0.1347-0.02430.11380.16150.90.00030.0715-0.00920.0711-0.04410.05080.0453-0.05850.04380.0101-0.00230.0211-0.0411-0.0401-0.0552-26.34634.73-51.0624
21.11220.22941.672500.54492.7598-0.19-0.15090.0667-0.0568-0.0954-0.1573-0.409-0.31880.28540.0560.0880.0415-0.0419-0.0956-0.11-28.428619.0135-77.6932
30.91610.3273-0.19680.5197-0.01190.1158-0.0283-0.0510.0818-0.06190.06470.0391-0.09150.0305-0.0364-0.01240.00860.0323-0.0807-0.0360.0135-15.611830.9195-51.1656
40.18650.53160.59962.09861.54081.9658-0.055-0.1117-0.0074-0.0683-0.43430.3045-0.1667-0.30430.48930.02340.013-0.0575-0.0478-0.1417-0.0866-9.753846.6124-10.1413
50.97670.21911.67133.10692.08962.63640.03790.0323-0.01430.40850.0004-0.17660.31180.0284-0.03830.0804-0.0311-0.0313-0.0734-0.0863-0.0839-0.17529.1075-27.5708
62.75670.29770.14672.5621-0.19961.39240.0770.3797-0.2020.1042-0.1507-0.1090.0190.04050.0737-0.00640.0093-0.05340.0434-0.0534-0.192314.164549.2111-12.0739
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 543}A1 - 543
2X-RAY DIFFRACTION2{A|544 - 752}A544 - 752
3X-RAY DIFFRACTION3{A|753 - 1148}A753 - 1148
4X-RAY DIFFRACTION4{B|44 - 205}B44 - 205
5X-RAY DIFFRACTION5{B|206 - 317}B206 - 317
6X-RAY DIFFRACTION6{B|318 - 428}B318 - 428

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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