PDB-8oiy: Crystal structure of the R15908H missense variant of titin domain...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oiy

タイトル

Crystal structure of the R15908H missense variant of titin domain Fn3-3

要素

Titin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Titin Fibronectin type III A-band

機能・相同性

機能・相同性情報

sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / protein kinase regulator activity / cardiac muscle hypertrophy ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Rees, M. / Gautel, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2023
タイトル: Structure determination and analysis of titin A-band fibronectin type III domains provides insights for disease-linked variants and protein oligomerisation.
著者: Rees, M. / Nikoopour, R. / Alexandrovich, A. / Pfuhl, M. / Lopes, L.R. / Akhtar, M.M. / Syrris, P. / Elliott, P. / Carr-White, G. / Gautel, M.

履歴

登録	2023年3月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oiy.cif.gz	402.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oiy.ent.gz	277.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oiy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8oiy_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oiy_full_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示
XML形式データ	8oiy_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	8oiy_validation.cif.gz	33.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oiy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oiy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8omwC 8oq9C 8orlC 8os3C 8osdC 8ot5C 8otyC 4o00 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (11) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Titin

B: Titin

C: Titin

D: Titin

E: Titin

F: Titin

69.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.480, 56.030, 56.090
Angle α, β, γ (deg.)	60.060, 70.160, 65.620
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Titin / Connectin / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.14 分子量: 11633.986 Da / 分子数: 6 / 変異: R15908H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTN / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10mM Tris-HCl PH 7.5 NaCl 0.5mM DTT 0.1M sodium acetate pH 4.5 0.2M Lithium sulphate 50% v/v PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→47.11 Å / Num. obs: 25781 / % possible obs: 88.86 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 18.87 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.1163 / Net I/σ(I): 5.36
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / R_merge(I) obs: 0.3238 / Num. unique obs: 2523 / CC_1/2: 0.719

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→46.34 Å / SU ML: 0.2461 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.7752
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2565	1367	5.3 %	Random
R_work	0.2061	24410	-	-
obs	0.2084	25777	88.86 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4504	0	0	262	4766

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	4619
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5093	6327
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	716
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	839
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.7131	646

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.18	0.28	130	0.2318	2393	X-RAY DIFFRACTION	86.49
2.18-2.26	0.2832	105	0.2299	2144	X-RAY DIFFRACTION	77.95
2.26-2.37	0.2788	139	0.2222	2508	X-RAY DIFFRACTION	91.5
2.37-2.49	0.314	168	0.2342	2526	X-RAY DIFFRACTION	92.86
2.49-2.65	0.311	151	0.2348	2529	X-RAY DIFFRACTION	92.22
2.65-2.85	0.2927	164	0.2273	2481	X-RAY DIFFRACTION	90.64
2.85-3.14	0.2567	108	0.2199	2411	X-RAY DIFFRACTION	87.07
3.14-3.59	0.2399	131	0.1905	2347	X-RAY DIFFRACTION	86.07
3.59-4.52	0.2251	141	0.1654	2591	X-RAY DIFFRACTION	94.11
4.52-46.34	0.2033	130	0.1974	2480	X-RAY DIFFRACTION	89.72

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.67845183593	0.397895506239	0.456031130177	2.33291007961	1.09956539306	1.78341661835	0.0983644011169	-0.0417382290539	-0.105441198063	0.200487220777	-0.0238196722733	-0.0185957678675	-0.0810819629127	0.0321286330495	-0.0739496337384	0.183496605152	0.0198828007836	-0.00680861905808	0.138950636868	0.0228968067169	0.131631386049	-100.446170744	-35.9812256361	-9.84867298906
2	1.0614697677	0.926224803484	1.91178145091	1.4411226974	0.613180134281	5.27510442605	0.248006188468	-0.0119875742833	-0.13238776577	0.452416815827	-0.0661648013085	0.363777957843	0.98680248752	-0.739386855099	-0.123451905237	0.290658338051	-0.0831313974874	0.00819687692961	0.258417716621	0.0341266037644	0.434957496789	-108.70562344	-45.9734101103	-4.35055164084
3	0.682770763754	0.820021915486	-1.3057572172	2.85995550813	-1.28168787568	2.59771920663	0.198087914301	-0.322579413737	-0.600001686165	0.361895540179	-0.0480481075175	-0.496697728138	0.125266810829	0.527661760899	0.229301686582	0.127785680012	0.0127515332917	-0.0747796490042	0.191519107692	0.0123636949408	0.245526834154	-94.6489407324	-41.7280511357	-7.96833738902
4	1.77659025083	1.66261200913	0.379024007065	2.98407824488	0.26272112851	1.77149895483	0.0675857999702	-0.0523950663904	-0.07267574391	0.158216334947	-0.0978442764798	0.087621437814	-0.00155249554928	-0.112017836013	-0.0139653912592	0.132314987585	0.0184586957831	-0.0021496024395	0.109742279605	0.00770411238382	0.120469931192	-105.86560081	-42.2022931772	-10.1836249988
5	1.32184591955	-0.269930080518	0.402851383091	1.84715561588	-1.03048250447	1.33684138653	0.139104929003	-0.21534557844	-0.0726506901769	-0.295442676795	-0.0732098666661	-0.142255308953	0.465097203976	-0.180870844935	-0.0930893381133	0.154259399306	0.0226247400798	0.0208514419777	0.080335009011	-0.013180172862	0.125956716312	-94.4863018308	-19.9792778984	-20.5433246798
6	1.49252333196	-0.00991844793669	-0.0372713358734	1.38584451242	-0.898423251482	2.1670805691	0.01905920243	-0.136574854788	0.021128454157	-0.0160063835883	-0.0432862028062	-0.0896746031615	-0.311900579052	0.0188395377483	0.0403684594759	0.191949546472	-0.00286018241793	-0.00529685427718	0.132415662175	-0.0275386215449	0.181081557483	-95.3392483359	-14.1425040681	-22.9086615657
7	1.37769160469	0.235434270534	1.27195379338	3.38989698688	-1.58364716034	2.14322953977	0.193477135354	0.0548091891552	0.123523559356	-0.385327525884	-0.0499097978449	-0.251568054219	0.18665438764	0.544970940502	0.0661576134437	0.131741206143	-0.00532936358548	0.0216556650924	0.245052208849	-0.0591544106651	0.183742416649	-86.9094613546	-18.0506962124	-23.3077129645
8	0.72660699523	0.84537276309	0.352029342166	1.37259106808	0.18626541703	3.08433381352	-0.0227083570117	-0.0629317890921	-0.0586145700418	0.0168757310245	0.0381758993239	-0.0574158912869	-0.33160683341	-0.254553401616	-0.006215605239	0.141656474428	0.0265838882527	-0.015931862347	0.0820132296356	-0.00042698144327	0.130217584706	-95.2376510265	-13.7933956589	-18.4905753522
9	1.22117589539	0.0541798783662	-0.172810034365	0.38390574899	0.49668790562	0.695171249667	0.0612077244396	-0.073344440792	-0.0564892460489	0.150293930144	-0.0228938558988	-0.0796275765954	-0.0635413065721	0.275011519762	0.540849973537	0.363598233074	-0.00776244023485	-0.0169564591893	0.201391710641	0.0410218348024	-0.013917187055	-93.2326488048	-20.5353043154	-6.72653416683
10	5.27824298632	3.79391191458	0.0258451459996	5.2297869766	-0.0570960057278	1.97851890867	0.58614273302	-0.486242737924	-0.0107345025244	0.547947879014	-0.492217949348	-0.258710404861	0.107592059111	0.034518806114	-0.0900392725333	0.204587852903	0.000289696220877	-0.00671589160271	0.166505255174	0.0311523229022	0.211673044497	-112.265829542	-39.6460222636	-25.9901887691
11	1.2146901537	-0.327588832347	-0.0409686237226	1.2682836389	-0.786653777094	2.50288304609	0.189556289506	-0.0563342144405	-0.0187867204404	-0.115964638695	-0.197590524136	-0.0744546117437	0.0903583067055	0.236627010772	0.00939152564041	0.163812977123	0.00760818729293	-0.0170828667056	0.119607232615	-0.0272207346065	0.175773018147	-102.120887116	-36.4766948781	-31.011814846
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5	5	chain 'B' and (resid 2 through 25 )	B	B	2 - 25	1 - 24
6	6	chain 'B' and (resid 26 through 56 )	B	B	26 - 56	25 - 55
7	7	chain 'B' and (resid 57 through 68 )	B	B	57 - 68	56 - 67
8	8	chain 'B' and (resid 69 through 93 )	B	B	69 - 93	68 - 92
9	9	chain 'B' and (resid 94 through 103 )	B	B	94 - 103	93 - 102
10	10	chain 'C' and (resid 3 through 12 )	C	C	3 - 12	1 - 10
11	11	chain 'C' and (resid 13 through 38 )	C	C	13 - 38	11 - 36
12	12	chain 'C' and (resid 39 through 46 )	C	C	39 - 46	37 - 44
13	13	chain 'C' and (resid 47 through 56 )	C	C	47 - 56	45 - 54
14	14	chain 'C' and (resid 57 through 68 )	C	C	57 - 68	55 - 66
15	15	chain 'C' and (resid 69 through 75 )	C	C	69 - 75	67 - 73
16	16	chain 'C' and (resid 76 through 103 )	C	C	76 - 103	74 - 101
17	17	chain 'D' and (resid 3 through 38 )	D	D	3 - 38	1 - 36
18	18	chain 'D' and (resid 39 through 61 )	D	D	39 - 61	37 - 59
19	19	chain 'D' and (resid 62 through 75 )	D	D	62 - 75	60 - 73
20	20	chain 'D' and (resid 76 through 103 )	D	D	76 - 103	74 - 101
21	21	chain 'E' and (resid 4 through 25 )	E	E	4 - 25	1 - 22
22	22	chain 'E' and (resid 26 through 46 )	E	E	26 - 46	23 - 43
23	23	chain 'E' and (resid 47 through 56 )	E	E	47 - 56	44 - 53
24	24	chain 'E' and (resid 57 through 68 )	E	E	57 - 68	54 - 65
25	25	chain 'E' and (resid 69 through 93 )	E	E	69 - 93	66 - 90
26	26	chain 'E' and (resid 94 through 104 )	E	E	94 - 104	91 - 101
27	27	chain 'F' and (resid 3 through 25 )	F	F	3 - 25	1 - 23
28	28	chain 'F' and (resid 26 through 46 )	F	F	26 - 46	24 - 44
29	29	chain 'F' and (resid 47 through 51 )	F	F	47 - 51	45 - 49
30	30	chain 'F' and (resid 52 through 61 )	F	F	52 - 61	50 - 59
31	31	chain 'F' and (resid 62 through 75 )	F	F	62 - 75	60 - 73
32	32	chain 'F' and (resid 76 through 102 )	F	F	76 - 102	74 - 100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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