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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8oih | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidase in complex with the 8-azaxanthine inhibitor under oxidising conditions (space group C 2 2 21) | |||||||||
![]() | (Uricase) x 2 | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / COFACTOR-FREE OXIDASE / INHIBITOR / DIOXYGEN BINDING / CYSTEINE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Di Palma, M. / Chegkazi, M. / Bui, S. / Mori, G. / Percudani, R. / Steiner, R.A. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cysteine Enrichment Mediates Co-Option of Uricase in Reptilian Skin and Transition to Uricotelism. 著者: Mori, G. / Liuzzi, A. / Ronda, L. / Di Palma, M. / Chegkazi, M.S. / Bui, S. / Garcia-Maya, M. / Ragazzini, J. / Malatesta, M. / Della Monica, E. / Rivetti, C. / Antin, P.B. / Bettati, S. / ...著者: Mori, G. / Liuzzi, A. / Ronda, L. / Di Palma, M. / Chegkazi, M.S. / Bui, S. / Garcia-Maya, M. / Ragazzini, J. / Malatesta, M. / Della Monica, E. / Rivetti, C. / Antin, P.B. / Bettati, S. / Steiner, R.A. / Percudani, R. #1: ジャーナル: tobedecided / 年: 2023 タイトル: Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidase in complex with the 8-azaxanthine inhibitor under reducing conditions (space group C 2 2 21) 著者: Di Palma, M. / Chegkazi, M. / Mori, G. / Percudani, R. / Steiner, R.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 502.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 76.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ofkC ![]() 8oh8C ![]() 8oiwC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 AAABBBCCCDDD
#1: タンパク質 | 分子量: 39237.879 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A8V0ZED1, factor-independent urate hydroxylase #2: タンパク質 | | 分子量: 39269.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A8V0ZED1, factor-independent urate hydroxylase |
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-非ポリマー , 6種, 803分子 ![](data/chem/img/AZA.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-AZA / #4: 化合物 | ChemComp-OXY / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with ...詳細: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with 8% PGA-LM, 0.3M KBr, 0.1M Tris-HCl pH 7.8 using a 1:1 ratio. Crystals were then transferred into cryoprotective solutions supplemented with 100 mM H2O2 and devoid of the TCEP-HCl reducing agent for approximately 15 minutes prior to cryocooling in liquid nitrogen. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97948 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→77.06 Å / Num. obs: 135367 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 6674 / CC1/2: 0.3 / Rpim(I) all: 0.11 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.567 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→77.058 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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