PDB-8oih: Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oih

タイトル

Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidase in complex with the 8-azaxanthine inhibitor under oxidising conditions (space group C 2 2 21)

要素

(Uricase

尿酸オキシダーゼ) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / COFACTOR-FREE OXIDASE /

INHIBITOR (酵素阻害剤) /

DIOXYGEN BINDING /

CYSTEINE (システイン)

機能・相同性

機能・相同性情報

factor-independent urate hydroxylase / purine nucleobase metabolic process /

ペルオキシソーム /

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Di Palma, M. / Chegkazi, M. / Bui, S. / Mori, G. / Percudani, R. / Steiner, R.A.

資金援助

英国,

イタリア, 2件

引用

ジャーナル: Mol.Biol.Evol. / 年: 2023
タイトル: Cysteine Enrichment Mediates Co-Option of Uricase in Reptilian Skin and Transition to Uricotelism.
著者: Mori, G. / Liuzzi, A. / Ronda, L. / Di Palma, M. / Chegkazi, M.S. / Bui, S. / Garcia-Maya, M. / Ragazzini, J. / Malatesta, M. / Della Monica, E. / Rivetti, C. / Antin, P.B. / Bettati, S. / ...

履歴

登録	2023年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oih.cif.gz	502.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oih.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oih.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/8oih	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8ofkC 8oh8C 8oiwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (3)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Uricase

BBB: Uricase

CCC: Uricase

DDD: Uricase

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.510, 125.990, 240.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Uricase / 尿酸オキシダーゼ / Urate oxidase 分子量: 39237.879 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LOC101747367 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A8V0ZED1, factor-independent urate hydroxylase
#2: タンパク質	Uricase / 尿酸オキシダーゼ / Urate oxidase 分子量: 39269.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LOC101747367 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A8V0ZED1, factor-independent urate hydroxylase

-
非ポリマー , 6種, 803分子

#3: 化合物	ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE / 8-アザキサンチン分子量: 153.099 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド / 酸素分子量: 31.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド / 臭化物分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 747 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with ...詳細: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with 8% PGA-LM, 0.3M KBr, 0.1M Tris-HCl pH 7.8 using a 1:1 ratio. Crystals were then transferred into cryoprotective solutions supplemented with 100 mM H2O2 and devoid of the TCEP-HCl reducing agent for approximately 15 minutes prior to cryocooling in liquid nitrogen.

結晶

マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.17 %

結晶化

温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97948 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→77.06 Å / Num. obs: 135367 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.116 / R_pim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 14.2 % / R_merge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 6674 / CC_1/2: 0.3 / R_pim(I) all: 0.11 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.86→77.058 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 7.747 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.114 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2064	6736	4.985 %
R_work	0.1719	128395	-
all	0.174	-	-
obs	-	135131	99.858 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.567 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.812 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.637 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.825 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→77.058 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9641	0	202	747	10590

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	10296
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	9639
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.483	1.66	13894
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.28	1.579	22241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.235	5	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.14	22.802	546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.517	15	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.776	15	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11761
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2401
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	8445
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	4668
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	5010
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	605
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.018	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.127	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	299
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.392	3.054	4925
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.39	3.053	4924
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.026	4.568	6196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.026	4.57	6197
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.993	3.338	5371
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.991	3.338	5371
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.007	4.869	7697
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.007	4.869	7698
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.518	35.929	10774
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.41	35.317	10618

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.86-1.908	0.418	489	0.403	9302	0.403	9959	0.44	0.459	98.3131	0.403
1.908-1.961	0.343	454	0.348	9187	0.348	9647	0.542	0.524	99.9378	0.343
1.961-2.017	0.303	466	0.294	8933	0.295	9402	0.756	0.763	99.9681	0.281
2.017-2.079	0.291	441	0.255	8669	0.257	9114	0.82	0.846	99.9561	0.234
2.079-2.148	0.273	404	0.235	8454	0.236	8860	0.862	0.88	99.9774	0.212
2.148-2.223	0.261	434	0.217	8209	0.219	8643	0.892	0.909	100	0.191
2.223-2.307	0.252	435	0.197	7821	0.2	8257	0.907	0.927	99.9879	0.171
2.307-2.401	0.207	392	0.184	7595	0.185	7987	0.941	0.946	100	0.157
2.401-2.507	0.222	381	0.176	7271	0.179	7652	0.943	0.951	100	0.151
2.507-2.63	0.233	363	0.174	6969	0.177	7333	0.945	0.954	99.9864	0.15
2.63-2.772	0.204	357	0.169	6629	0.171	6986	0.948	0.957	100	0.148
2.772-2.94	0.204	334	0.164	6298	0.166	6632	0.951	0.961	100	0.148
2.94-3.142	0.218	337	0.162	5903	0.164	6240	0.945	0.96	100	0.15
3.142-3.394	0.201	308	0.164	5499	0.166	5807	0.948	0.963	100	0.157
3.394-3.717	0.197	244	0.166	5106	0.167	5351	0.956	0.963	99.9813	0.165
3.717-4.154	0.178	249	0.152	4636	0.153	4885	0.961	0.97	100	0.156
4.154-4.795	0.168	222	0.125	4095	0.127	4317	0.972	0.978	100	0.138
4.795-5.866	0.171	213	0.147	3463	0.148	3677	0.973	0.977	99.9728	0.161
5.866-8.273	0.212	140	0.17	2757	0.172	2897	0.957	0.969	100	0.186
8.273-77.058	0.157	73	0.146	1599	0.147	1675	0.972	0.975	99.8209	0.171

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4686	0.013	-1.2708	3.7762	5.2628	8.7111	0.3611	-0.5064	0.1896	0.2095	-0.1173	0.0359	-0.21	-0.2202	-0.2438	0.3073	0.0663	0.0444	0.2608	0.0101	0.3072	40.7772	9.4604	79.2314
2	1.0309	0.4981	1.4727	5.262	6.5674	9.6945	0.037	0.0974	-0.0659	-0.0807	-0.0167	-0.0383	-0.0833	-0.111	-0.0203	0.0261	0.02	0.0405	0.0553	-0.0036	0.1032	37.2027	-11.1851	52.1353
3	4.0673	2.8179	3.46	6.4344	4.5325	9.5699	-0.0117	0.2121	-0.0129	-0.285	-0.038	0.0722	-0.209	-0.3224	0.0497	0.1168	0.0253	0.0062	0.1367	-0.0146	0.1275	35.8259	-20.4857	32.2942
4	1.4915	-0.753	-1.7689	2.7583	4.0956	6.4218	0.0524	-0.1424	0.1601	0.0628	0.1102	-0.0685	0.0249	0.1986	-0.1626	0.122	0.0719	0.0127	0.0632	-0.0046	0.1231	36.985	-1.4148	60.3792
5	1.2056	-0.1694	-1.2754	2.8772	3.4025	10.4444	-0.0245	0.1186	-0.0625	-0.0998	-0.0642	0.1951	-0.0389	-0.374	0.0886	0.0449	0.0497	-0.0082	0.0873	-0.0027	0.1486	29.5058	-5.7546	54.7396
6	8.0739	-4.2784	-6.798	4.2909	4.4851	6.9938	0.1963	0.1178	0.1568	-0.419	-0.0605	0.1188	-0.5633	-0.3103	-0.1358	0.1403	0.0809	-0.0133	0.0849	0.0181	0.0812	35.2964	-0.7326	46.5783
7	4.2266	-5.7559	-3.7873	10.8146	6.823	4.6321	-0.0274	0.0311	0.1398	0.1148	0.1294	-0.3185	0.0295	-0.0743	-0.102	0.0478	0.0385	0.0081	0.0855	-0.034	0.066	41.2614	-4.5021	51.7263
8	3.8431	-1.1673	-3.0389	1.0139	3.2959	11.02	0.0837	-0.1088	0.1083	-0.0281	0.0574	-0.0768	-0.0358	0.1439	-0.1411	0.0827	-0.0344	0.0351	0.019	-0.0355	0.1483	46.8439	-25.9112	33.3957
9	0.3165	1.2803	0.8759	5.3639	3.8741	3.021	-0.038	0.0189	-0.0176	-0.1448	0.1118	-0.0765	-0.1041	0.1238	-0.0738	0.0164	-0.0114	0.0277	0.0174	-0.0277	0.0772	47.0704	-21.1325	38.0599
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精密化 TLSグループ

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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