+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ohz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Yeast 20S proteasome in complex with a photoswitchable cepafungin derivative (transCep1) | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | HYDROLASE / Proteasome / Syrbactins / Photoswitchable Lipid / Binding Analysis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Ub-specific processing proteases / Neutrophil degranulation / proteasome complex / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Morstein, J. / Amatuni, A. / Schuster, A. / Kuttenlochner, W. / Ko, T. / Groll, M. / Adibekian, A. / Renata, H. / Trauner, D.H. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024 タイトル: Optical Control of Proteasomal Protein Degradation with a Photoswitchable Lipopeptide. 著者: Morstein, J. / Amatuni, A. / Shuster, A. / Kuttenlochner, W. / Ko, T. / Abegg, D. / Groll, M. / Adibekian, A. / Renata, H. / Trauner, D.H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ohz.cif.gz | 2.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8ohz.ent.gz | 2.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ohz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ohz_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8ohz_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ohz_validation.xml.gz | 201 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ohz_validation.cif.gz | 274.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8ohz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8ohz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8oi1C C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSアンサンブル:
|
-要素
-Proteasome subunit alpha type- ... , 6種, 12分子 AOBPCQDRESGU
#1: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23639 #2: タンパク質 | 分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23638 #3: タンパク質 | 分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40303 #4: タンパク質 | 分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32379 #5: タンパク質 | 分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40302 #7: タンパク質 | 分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21243 |
---|
-タンパク質 , 1種, 2分子 FT
#6: タンパク質 | 分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21242 |
---|
-Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 HVIWJXKYLZMaNb
#8: タンパク質 | 分子量: 25114.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #9: タンパク質 | 分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25451 #10: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22141 #11: タンパク質 | 分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex #12: タンパク質 | 分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23724 #13: タンパク質 | 分子量: 27200.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30657 #14: タンパク質 | 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex |
---|
-非ポリマー , 4種, 208分子
#15: 化合物 | ChemComp-MG / #16: 化合物 | ChemComp-VOT / ( #17: 化合物 | #18: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.79 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月28日 |
放射 | モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT. SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→30 Å / Num. obs: 294565 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.75 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.655 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 31654 / % possible all: 95.9 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 32.438 / SU ML: 0.265 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 76.385 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.65→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|