PDB-8oha: Crystal structure of Leptospira interrogans GAPDH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oha

タイトル

Crystal structure of Leptospira interrogans GAPDH

要素

(Glyceraldehyde-3-phosphate ...) x 2

キーワード

HYDROLASE / GAPDH / Leptospira interrogans / Immune evasion / Innate immunity / Complement system

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Navas-Yuste, S. / de la Paz, K. / Querol-Garcia, J. / Gomez-Quevedo, S. / Rodriguez de Cordoba, S. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C.

資金援助

スペイン, 6件

組織	認可番号	国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	RTI2018-102242-B-I00	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	PID2019-104912RB-I00	スペイン
Autonomous Community of Madrid	S2017/BMD-3673	スペイン
Autonomous Community of Madrid	S2022/BMD-7278	スペイン
Spanish National Research Council	SGL2103020	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	SAF2016-81876-REDT	スペイン

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2023
タイトル: The structure of Leptospira interrogans GAPDH sheds light into an immunoevasion factor that can target the anaphylatoxin C5a of innate immunity.
著者: Navas-Yuste, S. / de la Paz, K. / Querol-Garcia, J. / Gomez-Quevedo, S. / Rodriguez de Cordoba, S. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C.

履歴

登録	2023年3月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oha.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oha.ent.gz	872.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oha.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8oha_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8oha_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	8oha_validation.xml.gz	108.6 KB	表示
CIF形式データ	8oha_validation.cif.gz	143 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8oha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8oha	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

E: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

F: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

G: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

H: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

304 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
153 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

F: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

G: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

H: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
151 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.804, 82.039, 123.182
Angle α, β, γ (deg.)	94.02, 95.15, 112.52
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

-
Glyceraldehyde-3-phosphate ... , 2種, 8分子 ABCDFGHE

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 36855.277 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Cys152 in chains A, B, C, D, F, G, and H has spontaneously oxidized to 3-sulfinoalanine (CSD). 由来: (組換発現) Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 (バクテリア) 遺伝子: gapA / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72QM3
#2: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 36823.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 (バクテリア) 遺伝子: gapA / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72QM3

#1: タンパク質

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

分子量: 36855.277 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cys152 in chains A, B, C, D, F, G, and H has spontaneously oxidized to 3-sulfinoalanine (CSD).
由来: (組換発現)

Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 (バクテリア)
遺伝子: gapA / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72QM3

#2: タンパク質

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

分子量: 36823.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 (バクテリア)
遺伝子: gapA / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72QM3

-
非ポリマー , 5種, 428分子

#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.8 % 解説: Elongated prisms with a dimension of 150-300 micromters in their longest axis
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Bis-Tris buffer, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月5日
放射	モノクロメーター: CHANNEL-CUT SI(111) + KB FOCUSING MIRRORS プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→45.5 Å / Num. obs: 110035 / % possible obs: 94.75 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 51.17 Å² / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1077 / R_pim(I) all: 0.06522 / R_rim(I) all: 0.1262 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2.37→2.455 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 1.285 / Num. unique obs: 10363 / CC_1/2: 0.429 / CC star: 0.775 / R_pim(I) all: 0.7653 / R_rim(I) all: 1.498 / % possible all: 89.71

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_4903: ???)	精密化
XDS	20190315	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.37→45.5 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.234	2008	1.83 %	Random selection
R_work	0.1908	-	-	-
obs	0.1916	109874	94.76 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→45.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20527	0	619	376	21522

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	21510
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.225	29084
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.768	8188
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	3379
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	3648

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.37-2.43	0.3429	131	0.3197	7117	X-RAY DIFFRACTION	87
2.43-2.5	0.3429	153	0.295	7851	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5-2.57	0.3272	137	0.2712	7779	X-RAY DIFFRACTION	96
2.57-2.65	0.2976	151	0.2553	7733	X-RAY DIFFRACTION	96
2.65-2.75	0.3055	143	0.2471	7680	X-RAY DIFFRACTION	95
2.75-2.86	0.3004	151	0.2366	7819	X-RAY DIFFRACTION	96
2.86-2.99	0.2701	149	0.2286	7795	X-RAY DIFFRACTION	96
2.99-3.14	0.2654	148	0.1976	7808	X-RAY DIFFRACTION	96
3.14-3.34	0.2168	141	0.1836	7690	X-RAY DIFFRACTION	94
3.34-3.6	0.2091	146	0.1762	7792	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6-3.96	0.2121	135	0.1707	7771	X-RAY DIFFRACTION	96
3.96-4.53	0.2082	141	0.1486	7604	X-RAY DIFFRACTION	93
4.53-5.71	0.1943	140	0.1646	7813	X-RAY DIFFRACTION	96
5.71-45.5	0.2223	142	0.1853	7614	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3643	0.0186	-0.9769	2.0996	0.3052	1.7505	-0.2359	0.3352	-0.5866	-0.0187	-0.0498	0.1289	0.4479	-0.2771	0.2421	0.4779	-0.1186	0.0097	0.4372	-0.027	0.5291	63.6567	28.2106	41.643
2	1.0002	-0.4415	-1.0559	0.7555	0.1718	1.6354	-0.0132	0.0112	-0.0466	0.0055	-0.0175	0.1709	0.0672	-0.267	0.0299	0.2976	-0.077	-0.0307	0.4311	0.0017	0.4259	58.1175	50.1154	51.9368
3	1.6688	-0.3307	-0.7396	2.832	0.8757	2.0218	0.2194	-0.1049	0.2567	-0.122	-0.0045	-0.241	-0.4176	0.2283	-0.2308	0.4962	-0.0865	0.1322	0.3497	-0.0073	0.5191	79.8274	86.5535	46.8353
4	1.1192	-0.3049	-0.4162	1.5852	-0.0625	1.486	0.1271	0.034	0.1038	-0.0796	-0.0384	0.0783	-0.2402	-0.208	-0.0744	0.3137	-0.0014	0.0044	0.361	0.0259	0.3715	60.9536	71.1262	44.9274
5	3.1382	0.1483	0.5461	1.705	0.5488	2.5011	-0.0608	-0.3465	-0.1711	0.3223	0.1406	0.208	-0.1059	0.027	-0.049	0.3704	0.0399	-0.0038	0.5385	0.0152	0.4278	88.618	51.54	69.2215
6	1.012	0.5157	0.7574	1.3587	-0.9115	3.0528	0.179	-0.2985	0.3419	0.2157	-0.0219	0.2507	0.0029	-0.2226	-0.2258	0.4404	-0.0652	0.0207	0.5351	-0.0112	0.4936	79.7204	49.8987	69.3675
7	2.9908	-0.938	-0.3302	2.0072	0.7873	3.4046	-0.0631	-0.7018	0.587	0.264	0.4723	-0.6444	-0.3026	0.6482	-0.3876	0.5059	-0.0057	-0.0455	0.8081	-0.1851	0.6376	95.5974	58.3141	75.7276
8	0.5027	-0.2607	0.4423	1.773	1.5881	2.4275	0.0573	-0.6892	1.0723	0.0313	0.2721	-0.6668	-0.5188	0.8889	-0.277	0.4724	-0.1454	-0.0507	0.9664	-0.2557	0.8158	105.0366	59.8027	65.6586
9	0.7737	-0.6483	-0.6733	1.5989	0.009	1.0899	0.0187	-0.4449	0.1649	0.1223	0.1121	-0.1639	0.0935	0.3079	-0.1268	0.284	0.0015	-0.0671	0.6672	-0.0311	0.5148	107.6407	46.2315	52.283
10	2.2396	-0.7142	-1.9934	4.8825	-2.9058	4.6891	0.0944	-0.8703	0.8731	0.1332	-0.151	-0.9381	-0.5898	0.8629	0.0355	0.4068	-0.1058	0.0504	0.6003	-0.0782	0.62	91.0587	66.9651	46.5257
11	3.5004	-2.0723	0.9065	1.8069	-0.4896	0.4828	-0.1275	-0.3177	0.5254	0.5296	0.0291	-0.4367	-0.292	0.4609	-0.0064	0.4126	-0.0848	-0.0702	0.706	0.0104	0.6278	102.3515	55.4597	44.8096
12	1.904	-1.7592	-0.2609	2.4326	0.0514	0.6326	0.187	0.2667	0.0637	-0.3381	-0.2256	-0.2109	-0.0774	0.1506	0.0341	0.3357	-0.0073	-0.0325	0.4817	0.0037	0.5493	101.2764	47.6899	39.9221
13	3.464	-0.642	-0.4477	2.3719	0.3368	2.077	-0.0094	0.093	-0.4999	-0.2454	-0.0566	-0.3983	0.151	0.3174	0.0212	0.4	0.0254	0.0094	0.4179	-0.0184	0.6313	99.5694	32.8133	44.8662
14	2.2087	-0.5524	-2.0244	1.2885	0.6484	3.0334	-0.0345	0.2718	-0.198	-0.1341	-0.0143	-0.0989	0.078	-0.1319	0.0792	0.3485	0.0218	-0.0354	0.4287	0.0059	0.5602	96.676	39.5127	41.3447
15	1.3409	0.1709	-0.1193	1.6286	0.6683	2.795	-0.0415	-0.2176	-0.0595	0.0828	0.0507	-0.2236	-0.0315	0.144	0.038	0.3661	-0.0176	-0.0045	0.5113	-0.0164	0.4666	99.4566	44.0818	55.3368
16	2.7055	-0.712	-0.5022	1.1842	0.6783	2.1228	0.2604	0.1645	-0.2064	-0.359	-0.1422	0.0317	-0.0376	-0.1091	-0.1096	0.5657	0.0502	-0.0065	0.3725	0.0594	0.4572	75.9827	54.0042	10.8725
17	0.9378	-0.2317	0.053	1.4212	-0.1009	1.1406	0.1253	0.0428	0.1441	-0.3041	-0.0268	-0.3454	-0.1042	0.2738	-0.1018	0.3453	-0.0334	0.1101	0.3957	-0.0104	0.453	95.7339	55.442	25.7216
18	1.8227	0.4648	-0.1094	2.1637	1.6181	2.4416	0.0777	-0.01	0.1662	0.0403	-0.3733	0.4747	-0.2921	-0.8585	0.2817	0.5503	0.1974	-0.0424	0.7856	-0.0195	0.542	30.6615	90.163	98.5768
19	1.3008	0.0411	0.0102	1.6464	1.0192	2.0643	-0.0448	0.1599	-0.0275	-0.0301	-0.038	0.0127	-0.0085	-0.5223	0.1087	0.3942	-0.048	0.0013	0.492	0.0181	0.3075	44.1743	71.4824	89.4945
20	2.5372	-0.8495	-0.5839	1.8959	0.576	2.2199	-0.1641	-0.1492	0.0025	0.1464	0.2334	-0.4163	0.381	0.4666	-0.0702	0.5945	0.1403	-0.0548	0.5611	-0.0441	0.5224	85.5947	64.0816	107.3818
21	1.9203	-0.1615	0.1292	0.4256	0.3555	1.2639	0.0308	0.2433	-0.2367	-0.1176	0.0066	-0.1567	0.5815	0.1904	-0.032	0.8101	0.1326	0.0173	0.4397	-0.0248	0.4937	71.3507	51.6789	94.4601
22	0.6738	0.7605	0.2119	2.0995	-0.0619	0.4239	-0.0704	0.1924	-0.1146	-0.1466	0.1432	-0.4582	0.1991	0.1563	-0.0567	0.5882	0.0059	0.0097	0.4669	-0.03	0.4588	64.6375	67.5016	90.2591
23	1.2797	-0.2434	-0.0286	0.8312	0.1921	2.4627	-0.0826	-0.0264	-0.139	0.1473	0.0266	0.0655	0.6647	-0.143	0.0662	0.6734	-0.0526	0.0369	0.3372	0.025	0.3691	57.7747	55.2051	103.1376
24	2.3887	0.3367	-0.441	1.8276	0.2337	3.4236	0.0535	-0.0218	0.1029	-0.1725	0.1172	-0.3489	-0.4172	0.4914	-0.1656	0.6044	-0.0904	0.0465	0.4971	-0.0072	0.5206	76.1851	95.7492	82.3169
25	0.941	-0.0883	-0.4228	1.4817	-0.1698	1.977	0.054	-0.048	0.2666	0.0586	0.0426	-0.1512	-0.7197	0.1635	-0.0844	0.6521	-0.054	0.0302	0.3583	-0.0461	0.4995	69.2333	102.4799	104.9172
26	2.238	0.3601	-0.2107	2.4944	0.5223	2.3681	-0.1446	-0.2649	0.0206	0.4703	0.1559	0.1175	0.2825	-0.136	-0.0309	0.5882	0.1274	-0.0289	0.4476	0.0388	0.3617	49.6994	77.159	133.619
27	0.7914	-0.028	-0.1907	0.872	0.0419	1.9023	0.0065	-0.2208	0.1175	0.0872	0.1215	-0.227	-0.2384	0.2938	-0.0985	0.541	0.0427	-0.0501	0.4603	-0.0906	0.4858	67.8008	91.0188	124.1257

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 151 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 153 through 334 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid -1 through 153 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 154 through 334 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 1 through 45 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 46 through 68 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 69 through 94 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 95 through 128 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 129 through 180 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 181 through 199 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 200 through 227 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 228 through 254 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 255 through 282 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 283 through 306 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 307 through 334 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 1 through 153 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 154 through 333 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 1 through 151 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 152 through 334 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 0 through 101 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 102 through 180 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 181 through 227 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 228 through 334 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'G' and (resid 1 through 153 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'G' and (resid 154 through 334 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'H' and (resid 0 through 153 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'H' and (resid 154 through 333 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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