+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8oha | |||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of Leptospira interrogans GAPDH | |||||||||||||||||||||
Components | (Glyceraldehyde-3-phosphate ...) x 2 | |||||||||||||||||||||
Keywords | HYDROLASE / GAPDH / Leptospira interrogans / Immune evasion / Innate immunity / Complement system | |||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / Oxidoreductases; Acting on the aldehyde or oxo group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 (bacteria) | |||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.37 Å | |||||||||||||||||||||
Authors | Navas-Yuste, S. / de la Paz, K. / Querol-Garcia, J. / Gomez-Quevedo, S. / Rodriguez de Cordoba, S. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C. | |||||||||||||||||||||
Funding support | Spain, 6items
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Citation | Journal: Front Immunol / Year: 2023 Title: The structure of Leptospira interrogans GAPDH sheds light into an immunoevasion factor that can target the anaphylatoxin C5a of innate immunity. Authors: Navas-Yuste, S. / de la Paz, K. / Querol-Garcia, J. / Gomez-Quevedo, S. / Rodriguez de Cordoba, S. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C. | |||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8oha.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8oha.ent.gz | 872.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8oha.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8oha_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8oha_full_validation.pdf.gz | 2.8 MB | Display | |
Data in XML | 8oha_validation.xml.gz | 108.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8oha_validation.cif.gz | 143 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8oha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8oha | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Glyceraldehyde-3-phosphate ... , 2 types, 8 molecules ABCDFGHE
#1: Protein | Mass: 36855.277 Da / Num. of mol.: 7 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Cys152 in chains A, B, C, D, F, G, and H has spontaneously oxidized to 3-sulfinoalanine (CSD). Source: (gene. exp.) Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 (bacteria) Gene: gapA / Plasmid: pETM-11 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q72QM3 #2: Protein | | Mass: 36823.277 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 (bacteria) Gene: gapA / Plasmid: pETM-11 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q72QM3 |
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-Non-polymers , 5 types, 428 molecules
#3: Chemical | ChemComp-PEG / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-PO4 / #6: Chemical | ChemComp-NAD / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.8 % Description: Elongated prisms with a dimension of 150-300 micromters in their longest axis |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: Bis-Tris buffer, PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: May 5, 2019 |
Radiation | Monochromator: CHANNEL-CUT SI(111) + KB FOCUSING MIRRORS / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.37→45.5 Å / Num. obs: 110035 / % possible obs: 94.75 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 51.17 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1077 / Rpim(I) all: 0.06522 / Rrim(I) all: 0.1262 / Net I/σ(I): 8.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.37→2.455 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.285 / Num. unique obs: 10363 / CC1/2: 0.429 / CC star: 0.775 / Rpim(I) all: 0.7653 / Rrim(I) all: 1.498 / % possible all: 89.71 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.37→45.5 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 25.53 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.37→45.5 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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