PDB-8oh8: Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8oh8

タイトル

Crystal structure of the cysteine-rich Gallus gallus urate oxidase in complex with the 8-azaxanthine inhibitor under reducing conditions (space group P 21 21 21)

要素

Uricase

尿酸オキシダーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / COFACTOR-FREE OXIDASE /

INHIBITOR (酵素阻害剤) /

DIOXYGEN BINDING /

CYSTEINE (システイン)

機能・相同性

機能・相同性情報

factor-independent urate hydroxylase / purine nucleobase metabolic process /

ペルオキシソーム /

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Di Palma, M. / Chegkazi, M. / Bui, S. / Mori, G. / Percudani, R. / Steiner, R.A.

資金援助

英国,

イタリア, 2件

引用

ジャーナル: Mol.Biol.Evol. / 年: 2023
タイトル: Cysteine Enrichment Mediates Co-Option of Uricase in Reptilian Skin and Transition to Uricotelism.
著者: Mori, G. / Liuzzi, A. / Ronda, L. / Di Palma, M. / Chegkazi, M.S. / Bui, S. / Garcia-Maya, M. / Ragazzini, J. / Malatesta, M. / Della Monica, E. / Rivetti, C. / Antin, P.B. / Bettati, S. / ...

履歴

登録	2023年3月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8oh8.cif.gz	483.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8oh8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8oh8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8oh8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/8oh8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8ofkC 8oihC 8oiwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (3) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (3)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Uricase

BBB: Uricase

CCC: Uricase

DDD: Uricase

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.220, 124.400, 125.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	AAA	A	4 - 299	27 - 322
2	1	1	ALA	ALA	BBB	B	4 - 299	27 - 322
3	2	2	ALA	ALA	AAA	A	4 - 299	27 - 322
4	2	2	ALA	ALA	CCC	C	4 - 299	27 - 322
5	3	3	SER	SER	AAA	A	4 - 301	27 - 324
6	3	3	SER	SER	DDD	D	4 - 301	27 - 324
7	4	4	ALA	ALA	BBB	B	4 - 299	27 - 322
8	4	4	ALA	ALA	CCC	C	4 - 299	27 - 322
9	5	5	ALA	ALA	BBB	B	4 - 299	27 - 322
10	5	5	ALA	ALA	DDD	D	4 - 299	27 - 322
11	6	6	ALA	ALA	CCC	C	4 - 299	27 - 322
12	6	6	ALA	ALA	DDD	D	4 - 299	27 - 322

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Uricase / 尿酸オキシダーゼ / Urate oxidase 分子量: 39109.887 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LOC101747367 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: A0A8V0ZED1, factor-independent urate hydroxylase

-
非ポリマー , 6種, 467分子

#2: 化合物	ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE / 8-アザキサンチン分子量: 153.099 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸 / 酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#5: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド / 酸素分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with 0. ...詳細: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with 0.8M K/Na tartrate tetrahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5

結晶

マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.87 %

結晶化

温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: His6-tagged GgUOX at approx. 22 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 1 mM TCEP-HCl was incubated with a 20-fold molar excess of AZA. Crystals were obtained by mixing the protein with 0. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→66.88 Å / Num. obs: 91505 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.186 / R_pim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2.12→2.16 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 2.54 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4515 / CC_1/2: 0.363 / R_pim(I) all: 0.934 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.12→66.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 14.269 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.16 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2141	4563	4.991 %
R_work	0.1854	86858	-
all	0.187	-	-
obs	-	91421	99.963 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.57 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.935 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.365 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→66.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9602	0	162	434	10198

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	10171
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	9563
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.451	1.651	13737
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.25	1.579	22056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.574	5	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.374	22.431	547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.226	15	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.7	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11656
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	1463
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	8283
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	4690
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	4988
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.194	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.564	3.238	4885
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.564	3.238	4884
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.492	4.849	6136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.492	4.85	6137
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.091	3.524	5286
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.087	3.524	5285
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.251	5.15	7601
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.25	5.15	7601
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.123	36.639	10454
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.09	36.474	10398
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.06	0.05	9229
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.063	0.05	9186
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.057	0.05	9282
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.063	0.05	9298
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.054	0.05	9324
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.055	0.05	9337

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05973	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05973	0.05009
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06299	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06299	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05674	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05674	0.05009
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06301	0.05009
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06301	0.05009
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05392	0.05009
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05392	0.05009
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05526	0.05009
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05526	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.12-2.175	0.365	322	0.357	6388	X-RAY DIFFRACTION	99.9404
2.175-2.235	0.356	315	0.339	6164	X-RAY DIFFRACTION	99.9691
2.235-2.299	0.345	308	0.326	6062	X-RAY DIFFRACTION	100
2.299-2.37	0.323	331	0.297	5808	X-RAY DIFFRACTION	99.9837
2.37-2.448	0.314	291	0.284	5671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.448-2.533	0.303	263	0.256	5531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.533-2.629	0.254	269	0.224	5332	X-RAY DIFFRACTION	100
2.629-2.736	0.238	278	0.203	5095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.736-2.857	0.24	274	0.2	4907	X-RAY DIFFRACTION	99.9421
2.857-2.997	0.223	278	0.177	4673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.997-3.158	0.179	235	0.158	4483	X-RAY DIFFRACTION	100
3.158-3.349	0.188	200	0.153	4265	X-RAY DIFFRACTION	99.9105
3.349-3.58	0.179	184	0.157	4032	X-RAY DIFFRACTION	99.9052
3.58-3.866	0.183	192	0.145	3731	X-RAY DIFFRACTION	99.949
3.866-4.234	0.203	162	0.149	3470	X-RAY DIFFRACTION	100
4.234-4.731	0.167	188	0.127	3121	X-RAY DIFFRACTION	99.9396
4.731-5.458	0.174	144	0.142	2785	X-RAY DIFFRACTION	99.9659
5.458-6.674	0.231	157	0.191	2358	X-RAY DIFFRACTION	100
6.674-9.392	0.168	107	0.149	1872	X-RAY DIFFRACTION	99.9495
9.392-66.88	0.164	65	0.216	1110	X-RAY DIFFRACTION	99.4078

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.281	0.7114	3.1218	3.4374	3.264	13.0151	0.2254	-0.3062	0.0295	0.0898	0.337	0.3414	-0.2516	-0.1619	-0.5624	0.2961	-0.03	0.0533	0.269	-0.0208	0.3001	21.401	14.8076	56.7814
2	2.4678	1.7215	2.9181	5.041	4.9777	10.3022	0.1225	0.1603	-0.0186	0.0848	0.2304	-0.1373	0.0811	0.3056	-0.3529	0.0316	0.0208	0.0475	0.0217	0.0189	0.1022	11.4283	-1.4172	28.9406
3	1.7221	1.2401	2.1805	4.4939	3.9749	9.1534	0.0158	0.3887	0.083	-0.1094	-0.0394	0.172	-0.0369	-0.1101	0.0236	0.1294	0.0124	0.0281	0.1568	0.0293	0.1628	6.5588	-7.2099	8.5352
4	0.4057	-0.3842	-0.7822	3.2402	3.4479	7.176	0.0806	-0.0369	0.0767	0.2115	-0.0288	-0.3584	-0.1261	-0.1484	-0.0519	0.1218	0.0259	-0.0033	0.0263	0.0012	0.1196	13.812	7.0191	38.3976
5	1.0828	0.1538	0.0752	1.0438	1.6055	7.4652	-0.1047	0.0438	-0.0441	0.0046	-0.1018	0.1513	-0.1065	-0.2957	0.2065	0.0902	0.0399	0.0021	0.048	0.0113	0.1669	5.271	4.9431	32.8643
6	7.0018	-4.6871	-6.6978	4.99	5.7851	9.9202	-0.091	-0.0552	0.1716	-0.1826	0.2196	0.0013	-0.4151	0.0781	-0.1286	0.1078	-0.0005	-0.0178	0.0294	0.032	0.1316	11.5468	9.8304	24.8747
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80	5.8713	5.3523	-2.9989	13.4629	-0.2659	2.2414	-0.3162	0.0081	-0.4228	0.444	-0.1232	0.3976	0.37	-0.0458	0.4394	0.4531	-0.0194	0.0162	0.3988	-0.001	0.4922	17.9286	-51.166	13.0768

精密化 TLSグループ

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7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	{ AAA\|99-111 }
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11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	{ AAA\|148-164 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	ALL	{ AAA\|165-181 }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	ALL	{ AAA\|182-195 }
14	X-RAY DIFFRACTION	14	ALL	{ AAA\|196-199 }
15	X-RAY DIFFRACTION	15	ALL	{ AAA\|200-210 }
16	X-RAY DIFFRACTION	16	ALL	{ AAA\|211-225 }
17	X-RAY DIFFRACTION	17	ALL	{ AAA\|226-258 }
18	X-RAY DIFFRACTION	18	ALL	{ AAA\|259-280 }
19	X-RAY DIFFRACTION	19	ALL	{ AAA\|281-294 }
20	X-RAY DIFFRACTION	20	ALL	{ AAA\|295-299 }
21	X-RAY DIFFRACTION	21	ALL	{ BBB\|-2-6 }
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26	X-RAY DIFFRACTION	26	ALL	{ BBB\|49-89 }
27	X-RAY DIFFRACTION	27	ALL	{ BBB\|90-126 }
28	X-RAY DIFFRACTION	28	ALL	{ BBB\|127-136 }
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30	X-RAY DIFFRACTION	30	ALL	{ BBB\|148-165 }
31	X-RAY DIFFRACTION	31	ALL	{ BBB\|166-181 }
32	X-RAY DIFFRACTION	32	ALL	{ BBB\|182-193 }
33	X-RAY DIFFRACTION	33	ALL	{ BBB\|194-199 }
34	X-RAY DIFFRACTION	34	ALL	{ BBB\|200-217 }
35	X-RAY DIFFRACTION	35	ALL	{ BBB\|218-225 }
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	ALL	{ BBB\|254-266 }
38	X-RAY DIFFRACTION	38	ALL	{ BBB\|267-280 }
39	X-RAY DIFFRACTION	39	ALL	{ BBB\|281-294 }
40	X-RAY DIFFRACTION	40	ALL	{ BBB\|295-299 }
41	X-RAY DIFFRACTION	41	ALL	{ CCC\|4-12 }
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70	X-RAY DIFFRACTION	70	ALL	{ DDD\|137-147 }
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75	X-RAY DIFFRACTION	75	ALL	{ DDD\|201-217 }
76	X-RAY DIFFRACTION	76	ALL	{ DDD\|218-229 }
77	X-RAY DIFFRACTION	77	ALL	{ DDD\|230-258 }
78	X-RAY DIFFRACTION	78	ALL	{ DDD\|259-280 }
79	X-RAY DIFFRACTION	79	ALL	{ DDD\|281-294 }
80	X-RAY DIFFRACTION	80	ALL	{ DDD\|295-301 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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