PDB-8ogg: Crystal structure of FutA after an accumulated dose of 5 kGy

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ogg

タイトル

Crystal structure of FutA after an accumulated dose of 5 kGy

要素

Putative iron ABC transporter, substrate binding protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Periplasmic iron-binding protein / metal ion binding / iron homeostasis

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein / Ferric binding protein / iron ion transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding / : / Putative iron ABC transporter, substrate binding protein

機能・相同性情報

生物種

Prochlorococcus marinus subsp. pastoris str. CCMP1986 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Bolton, R. / Tews, I.

資金援助

2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: A redox switch allows binding of Fe(II) and Fe(III) ions in the cyanobacterial iron-binding protein FutA from Prochlorococcus.
著者: Bolton, R. / Machelett, M.M. / Stubbs, J. / Axford, D. / Caramello, N. / Catapano, L. / Maly, M. / Rodrigues, M.J. / Cordery, C. / Tizzard, G.J. / MacMillan, F. / Engilberge, S. / von ...

履歴

登録	2023年3月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ogg.cif.gz	81.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ogg.ent.gz	57 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ogg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ogg_validation.pdf.gz	911.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ogg_full_validation.pdf.gz	912 KB	表示
XML形式データ	8ogg_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	8ogg_validation.cif.gz	18 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/8ogg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/8ogg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c4yC 8oeiC 8oemC 8rk1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative iron ABC transporter, substrate binding protein

ヘテロ分子

35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.718, 78.660, 48.382
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.788, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative iron ABC transporter, substrate binding protein 分子量: 35219.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Prochlorococcus marinus subsp. pastoris str. CCMP1986 (バクテリア) 遺伝子: futA,sfuA, idiA, PMM1164 / プラスミド: pET- 24b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7V0T9
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.27 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: batch mode 詳細: Purified protein, diluted crystal seeds, and crystallisation buffer were mixed at a 1:1.5:1.5 ratio. Crystallisation buffer was 25% PEG 3350, 200 mM sodium thiocyanate. Crystal seed stock was ...詳細: Purified protein, diluted crystal seeds, and crystallisation buffer were mixed at a 1:1.5:1.5 ratio. Crystallisation buffer was 25% PEG 3350, 200 mM sodium thiocyanate. Crystal seed stock was diluted 1:20 in 25% PEG 3350.

結晶

マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.27 %

結晶化

温度: 294 K / 手法: batch mode
詳細: Purified protein, diluted crystal seeds, and crystallisation buffer were mixed at a 1:1.5:1.5 ratio. Crystallisation buffer was 25% PEG 3350, 200 mM sodium thiocyanate. Crystal seed stock was ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 294 K / Serial crystal experiment: Y

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.968 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.968 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.76→40.97 Å / Num. obs: 29256 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.23 % / CC_1/2: 0.923 / R split: 0.235 / R_merge(I) obs: 0.931 / Net I/σ(I): 3.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R split
4.77-40.97	48.54	1.032	12.88	1509	0.906	0.206
1.76-1.79	19.1	0.93	0.41	1467	0.431	0.684

Serial crystallography sample delivery

手法: fixed target

Serial crystallography sample delivery fixed target

解説: Silicon nitride chip / 詳細: 25600 apertures / Sample dehydration prevention: Sealed with a Mylar film

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
cctbx.prime		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.76→40.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 6.216 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.132 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2413	1503	5.137 %
R_work	0.2017	27753	-
all	0.204	-	-
obs	-	29256	99.956 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.339 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.187 Å²	0 Å²	-0.219 Å²
2-	-	-0.089 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.037 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→40.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2462	0	1	81	2544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2502
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.029	0.1	257
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.413	1.641	3458
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.202	1.588	5772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.515	5	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.678	23.101	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.53	15	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.817	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	338
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2928
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	586
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	2094
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.106	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.22	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.1	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.871	3.06	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.862	3.061	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.889	4.585	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.889	4.585	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.835	3.469	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.834	3.468	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.547	5.029	1848
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.546	5.029	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.948	44.878	2970
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.95	44.902	2960

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.806	0.38	111	0.373	2066	X-RAY DIFFRACTION	99.9082
1.806-1.855	0.322	112	0.35	1969	X-RAY DIFFRACTION	100
1.855-1.909	0.363	99	0.334	1934	X-RAY DIFFRACTION	100
1.909-1.968	0.338	102	0.31	1872	X-RAY DIFFRACTION	100
1.968-2.032	0.325	96	0.3	1831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.032-2.103	0.281	90	0.27	1811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.103-2.183	0.293	85	0.26	1676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.183-2.272	0.268	88	0.236	1629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.272-2.373	0.218	85	0.207	1586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.373-2.488	0.265	78	0.211	1519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.488-2.623	0.273	74	0.204	1422	X-RAY DIFFRACTION	100
2.623-2.782	0.229	71	0.191	1366	X-RAY DIFFRACTION	100
2.782-2.973	0.277	68	0.193	1263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.973-3.211	0.23	77	0.175	1193	X-RAY DIFFRACTION	100
3.211-3.517	0.215	60	0.173	1098	X-RAY DIFFRACTION	100
3.517-3.931	0.217	55	0.155	992	X-RAY DIFFRACTION	100
3.931-4.538	0.181	45	0.145	883	X-RAY DIFFRACTION	100
4.538-5.553	0.221	43	0.154	744	X-RAY DIFFRACTION	100
5.553-7.834	0.233	42	0.171	575	X-RAY DIFFRACTION	100
7.834-40.97	0.154	22	0.153	324	X-RAY DIFFRACTION	99.7118

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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