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- PDB-8oge: Structure of cobalt(II) substituted double mutant human carbonic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oge
タイトルStructure of cobalt(II) substituted double mutant human carbonic anhydrase II bound to thiocyanate
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Inhibitor / thiocyanate / cobalt
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / zinc ion binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 4-(HYDROXYMERCURY)BENZOIC ACID / THIOCYANATE ION / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Silva, J.M. / Cerofolini, L. / Carvalho, A.L. / Ravera, E. / Fragai, M. / Parigi, G. / Macedo, A.L. / Geraldes, C.F.G.C. / Luchinat, C.
資金援助 イタリア, ポルトガル, 11件
組織認可番号国
Other government イタリア
Florence Instruct-ERIC Center イタリア
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaUIDP/04378/2020 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaUIDB/04378/2020 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaLA/P/0140/2020 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPD/BD/135180/2017 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPD/00065/2013 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaRECI/BBBBEP/0124/2012 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaROTEIRO/0031/2013PINFRA/22161/2016 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaUIDB/00313/2020 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaUIDP/00313/2020 ポルトガル
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2023
タイトル: Elucidating the concentration-dependent effects of thiocyanate binding to carbonic anhydrase.
著者: Silva, J.M. / Cerofolini, L. / Carvalho, A.L. / Ravera, E. / Fragai, M. / Parigi, G. / Macedo, A.L. / Geraldes, C.F.G.C. / Luchinat, C.
履歴
登録2023年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6974
ポリマ－29,2411
非ポリマー4563
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel filtration results are consistent with a monomer in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area600 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11630 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.185, 41.343, 72.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide ...Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide hydratase CA2


分子量: 29240.973 Da / 分子数: 1 / 変異: H3N, H4N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase, cyanamide hydratase
#2: 化合物 ChemComp-HGB / 4-(HYDROXYMERCURY)BENZOIC ACID / p-ヒドロキシメルクリ安息香酸


分子量: 338.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6HgO3
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES, 2.9 M Ammonium Sulfate, 1 mM 4-hidroxymercuric benzoic acid sodium salt

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.608 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.608 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→40.85 Å / Num. obs: 60302 / % possible obs: 84.11 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 13.75 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 22.87
反射 シェル解像度: 1.46→1.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.136 / Num. unique obs: 749 / CC1/2: 0.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
TRUNCATEデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.46→40.85 Å / SU ML: 0.1051 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 17.9617
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1623 3156 5.23 %
Rwork0.1349 57146 -
obs0.1364 60302 73.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→40.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2047 0 14 293 2354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02242164
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.03642936
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1334305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0174382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.4397278
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.46-1.490.3365100.2665176X-RAY DIFFRACTION5.25
1.49-1.510.2259290.2004474X-RAY DIFFRACTION13.95
1.51-1.530.2432330.164805X-RAY DIFFRACTION24.28
1.53-1.560.1868620.16161232X-RAY DIFFRACTION36.14
1.56-1.590.1954800.15011644X-RAY DIFFRACTION48.39
1.59-1.620.15791100.15412147X-RAY DIFFRACTION63.9
1.62-1.650.19121370.14492731X-RAY DIFFRACTION80.25
1.65-1.690.19732000.14332918X-RAY DIFFRACTION86.56
1.69-1.730.17511590.14082909X-RAY DIFFRACTION87.58
1.73-1.770.17071400.13862967X-RAY DIFFRACTION86.93
1.77-1.820.19211600.13762916X-RAY DIFFRACTION87.09
1.82-1.870.18041740.13722971X-RAY DIFFRACTION88.34
1.87-1.930.16891600.13372937X-RAY DIFFRACTION87.71
1.93-20.14121590.12852949X-RAY DIFFRACTION87.62
2-2.080.15611590.12793006X-RAY DIFFRACTION88.19
2.08-2.180.14211790.12483001X-RAY DIFFRACTION89.38
2.18-2.290.16641480.1323013X-RAY DIFFRACTION88.99
2.29-2.430.16831870.13112992X-RAY DIFFRACTION88.95
2.43-2.620.17751570.14093060X-RAY DIFFRACTION91.08
2.62-2.890.18491310.14093115X-RAY DIFFRACTION91.93
2.89-3.30.14791840.14023030X-RAY DIFFRACTION90.66
3.3-4.160.15422060.12013075X-RAY DIFFRACTION91.65
4.16-40.850.15091920.13853078X-RAY DIFFRACTION92.01
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -30.5703056359 Å / Origin y: -1.76231123386 Å / Origin z: 16.2637377871 Å
111213212223313233
T0.0641160030041 Å2-0.00294689813383 Å2-0.00218728972096 Å2-0.0569242629533 Å20.0106346807776 Å2--0.077181067828 Å2
L0.822615723473 °2-0.149119195342 °20.0518517953723 °2-0.871760895811 °20.132898438683 °2--1.27340909519 °2
S-0.0129508555077 Å °-0.0202000148274 Å °0.035274251591 Å °-0.0356800350545 Å °0.00969005113369 Å °0.0136604542871 Å °-0.010071503453 Å °0.00233161801008 Å °0.00210510356593 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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